С собственными детьми о. Михаилу пришлось видеться по ночам, украдкой, уходя рано утром, чтобы никто не заметил. В бывшем церковном доме в Стрельне перед войной помимо сына и дочери батюшки жили его сестры — Серафима Рождественская и переехавшая туда из Перегино Ольга Муравьева со своими детьми. Жена о. Михаила после освобождения в 1935 г. осталась в Коми АССР на вольном поселении и работала там заведующей лагерной аптекой в пос. Железнодорожный. Поскольку батюшка никаких доходов не имел и, по его словам, «жил и питался очень скудно», Елена Петровна ежемесячно высылала на содержание детей 400 рублей[480].

Вернувшись в северную столицу, о. Михаил сразу же установил связь со служившими там тайно другими иосифлянскими священнослужителями, прежде всего с архим. Клавдием (Савинским), с которым он когда-то был вместе осужден и 18 дней ехал в тюремном вагоне в сибирский лагерь. Уже в конце 1937 г. батюшка встретился в городе с архим. Клавдием и исповедовался у него. Прежние прихожане о. Михаила оказывали ему материальную помощь, а он, имея антиминс, совершал у них на квартирах тайные богослужения, исповедовал и причащал. В 1939–1941 гг. протоиерей также встречался с иеромонахом Тихоном (Зориным), которого знал с конца 1920-х гг., и они исповедовали друг друга. В мае-августе 1941 г. о. Михаил жил у сына и дочери, но в день занятия германскими войсками Стрельны поехал служить молебен в Ленинград и остался в городе на период блокады.

Около года — до августа 1942 г. — М. Рождественский жил на ул. Розенштейна, 37, у своей старой прихожанки М. Ф. Панюшиной (до ее эвакуации с семьей в Молотовскую область), затем в августе-декабре 1942 г. — в Чернышевом пер., 16, у Л. В. Масленниковой и в Чернышевом пер., 24 у Н. Н. Крупенниковой и, наконец, в январе 1943 г., до момента ареста — на Софийской ул., 11 у работавшей прачкой в детских яслях А. А. Севастьяновой. Тайные богослужения о. Михаил совершал в основном по большим церковным праздникам: на Рождество, Пасху, Троицу, Крещение в квартирах Панюшиной и Севастьяновой; присутствовало на них в среднем около 20 верующих. Пастырь также исповедовал, причащал, отпевал своих духовных детей, получая за совершение треб небольшое вознаграждение хлебом или деньгами. Пайка он не имел и выжил лишь благодаря помощи верующих. Весной 1942 г. о. Михаил переписывался через А. Севастьянову с архим. Клавдием, они просили друг друга исповедовать. Страшная блокадная зима 1941–42 гг. и массовая эвакуация существенно сократили иосифлянскую паству в Ленинграде, но тайные богослужения продолжались[481].

В конце концов, агенты НКВД «вышли на след» общины о. Михаила. О ней стало известно после ареста 17 июня 1942 г. о. Клавдия (Савинского). На допросе 16 июля архимандрит показал: «Рождественский проживает в городе Ленинграде нелегально, так как по документам ему, имевшему судимость, проживание в Ленинграде запрещено… Во время войны я получил от Рождественского Михаила, через одну верующую из его знакомых, два письма [в марте и мае 1942 г.], в которых, вместе с исповедью, сообщалось о том, что он жив и здоров, находится в Ленинграде, но адреса не сообщалось. Фамилии женщины, передавшей мне письма, я не знаю, а имя ее Агриппина». О тайном служении о. Михаила показала на допросе 12 июля и арестованная вместе с архимандритом послушница А. С. Абрамова.

12 августа 1942 г. архим. Клавдий был расстрелян, а о. М. Рождественский арестован в ночь с 18 на 19 января 1943 г. во время Божественной литургии на Крещение Господне в квартире А. Севастьяновой. Вместе с батюшкой были задержаны все присутствовавшие на богослужении 10 человек. Но обвинительное заключение от 4 марта 1943 г. по делу «антисоветской нелегальной группы церковников-иосифлян, последователей т. н. Истинно-Православной Церкви» было составлено лишь на трех человек: М. Рождественского, А. Севастьянову и бухгалтера кооперативной артели Н. Крупенникову. Следственный материал в отношении еще 19 иосифлян был выделен в особое производство для дополнительного расследования и последующего привлечения этих лиц к уголовной ответственности.

Отец Михаил подвергался допросам 13 раз: с 19 января по 24 февраля. На первом допросе батюшка заявил: «Называть лиц, у которых я нелегально проживал, не буду, так как не желаю подвергать их репрессиям за оказанное мне гостеприимство». Хотя в дальнейшем священник дал довольно обширные показания, он признал лишь один единственный факт сделанного им в январе 1943 г. «антисоветского высказывания»: «Я, узнав из газет, что митрополиты Сергий и Алексий отчислили средства на пожертвование советской власти в фонд обороны страны, заявил своим окружающим, что митрополиты Сергий и Алексий поступили последовательно той Декларации, которую они приняли в 1927 г., и пошли на примирение с советской властью. Одновременно с этим я призывал своих единомышленников не принимать участие в этом пожертвовании и никаких средств от себя не выделять, так как мы, иосифляне, помогать советской власти не должны за ее отношение к религии»[482].

Несомненно, что о. Михаил был бы расстрелян, как архим. Клавдий, если бы не счастливая случайность. Сохранились воспоминания самого священника о его аресте (в изложении духовных детей): «По пути в тюрьму, в „воронке“, следователь вдруг сказал арестованному о. Михаилу: „Михаил Васильевич, какой Вы счастливый!“ „Большое счастье — в тюрьму везут“, — отвечал о. Михаил. Оказалось же, что вчера, 18 января, произошел прорыв блокады, и смертная казнь по этому случаю была отменена! „Если бы Вас успели арестовать еще вчера утром, то непременно бы расстреляли“, — пояснил следователь»[483].

Судебное заседание Военного трибунала войск НКВД Ленинградского округа и охраны тыла Ленфронта состоялось 13 марта 1943 г. На этом суде М. Рождественский так объяснил свое негативное отношение к пожертвованиям верующих в Фонд обороны: «К советской власти я был настроен не сочувственно, говоря против сбора добровольных пожертвований на вооружение, я этим преследовал свои религиозные убеждения. Я думал, что, давая средства на вооружение, я этим поддерживаю советскую власть, у меня были свои идеологические убеждения, вследствие которых я устранился от активной помощи. В первую империалистическую войну Церковь и государство были едины, а сейчас Церковь и государство отделены, почему тогда священники должны играть активную роль? Защищать свое Отечество с оружием в руках, как священник, я не могу». При этом о. Михаил категорически отверг обвинение в сочувствии фашистам: «Успехам немецкой армии я не радовался, т. к. немцы принесли бы религии не лучшее, а худшее, и если бы я ждал немцев, то мог бы остаться в Стрельне, когда они подходили»[484].

Другая обвиняемая, А. Севастьянова, на суде показала, что, когда она на работе сдала деньги в Фонд обороны и поделилась этим с о. Михаилом, он на такое признание ей ничего не сказал. Севастьянова также призналась, что критически говорила знакомым о современной жизни: «С тех пор как свергли царя — Помазанника Божьего, от земли отступила благодать, на людей пошло гонение, церкви все позакрывали, и началась тяжелая жизнь…все трудности даются Богом, и их нужно воспринимать, как кару Господню». В этот же день, 13 марта, трибунал приговорил М. Рождественского и А. Севастьянову к 10 годам лагерей с последующим поражением в правах на 5 лет, а Н. Крупенникову — к 7 годам заключения в лагерь и поражением в правах на 3 года. Отец Михаил отбывал срок заключения в Коми АССР под Воркутой[485].

В 1953 г., после истечения прежнего срока заключения, батюшке «на основании лжесвидетельства» добавили еще 10 лет. В это время он находился в Абези. Вскоре умер Сталин, и начался пересмотр прежних дел. Приехавшая в Воркутлаг комиссия, отметив дистрофическое состояние 52-летнего заключенного, определила «отпустить его на поруки» к детям. Лишь после того, как сын о. Михаила Сергей Рождественский, живший в г. Печора Коми АССР, приехал и оформил необходимые документы, батюшка 7 октября 1955 г. был освобожден из лагеря. Два года ему пришлось жить в Печоре в землянке, тайно служить в домовой церкви и регулярно отмечаться у оперуполномоченного. В 1957 г. батюшка смог наконец переехать из лагерных мест в Брянскую область, где по-прежнему оставался под надзором властей. Несмотря на нелегкую жизнь, хозяйственные заботы, о. Михаил неопустительно совершал на дому богослужения. В 1962 г. — в период «хрущевских гонений» на Церковь — вновь нависла угроза репрессий. К священнику пришли с обыском: искали рацию и пытались обвинить в убийстве одной старушки. Когда проводившие обыск не нашли ничего, что можно было бы поставить в вину пожилому иерею, они, уходя, сказали: «Молись — хоть лоб разбей. Но чтоб не было ни одного человека. А если застанем — обижайся на себя!» Служение на дому пришлось временно прекратить. Два раза в год о. Михаил уезжал — как будто к сыну — а на самом деле совершать требы в различных местах, так как катакомбных священников в стране оставалось все меньше. «Необходима была великая осторожность, чтобы и сына не подвести. Поэтому не знали, как войти, как выйти из дома, чтоб никто не видел — все делалось под большим страхом»[486].

Из Брянской области батюшка ездил на Северо-Запад России, в Поволжье (в частности, соборовал в г. Бугульма катакомбного иеромонаха Евгения (Ушакова)), на Украину и в Белоруссию. Проживавшая в Липецкой области истинно-православная христианка Алевтина Владимировна Белгородская вспоминала о некоторых наставлениях о. Михаила: «Ваш подвиг был очень хороший, как монашеский, любовь была, но только недоставало вам священников… В советскую церковь ходить нельзя, потому что Декларацию подписали…; там, в советской церкви, вы погибнете, а здесь спасетесь, потому что кто в советскую церковь ходит по незнанию, тот может быть и получает благодать, а кто, зная, приобщается, то это в осуждение. Но не все погибнут там, и не все спасутся здесь, на Суде будут дела спрашивать и любовь… Пока я жив, со мной, а потом, если Господь время продлит, то Он вам пошлет священника православного»[487].

Во время богослужений батюшка неизменно совершал возношение имен Первоиерархов Русской Православной Церкви за границей. Он приветствовал решение Зарубежного Архиерейского Синода о восстановлении в 1982 г. на территории СССР церковной иерархии, не признававшей Московскую Патриархию, и даже дал согласие на свою епископскую хиротонию (к этому времени о. Михаил уже давно овдовел). Однако, по ряду причин, тайно хиротонисан во епископа Тамбовского и Моршанского для катакомбных общин был архимандрит Лазарь (Журбенко), которого о. М. Рождественский, по одним сведениям, признал, а по другим — нет. Весной 1985 г., находясь у своих духовных чад в Гомельской области Белоруссии, батюшка пережил аварию на Чернобыльской атомной станции, после которой у него наступило резкое ухудшение здоровья[488].

Однако о. Михаил продолжал окормлять свою паству на большей части европейской территории страны. Так, 7 декабря 1985 г. он отпевал в одном из сел Харьковской области скончавшегося там катакомбного священника Никиту Лехана. Несмотря на тяжелую болезнь — у батюшки определили рак легких — до конца своих дней о. Михаил продолжал служить, совершать требы, никому не отказывая в духовной помощи. 16/29 августа 1988 г., на праздник перенесения Нерукотворного Образа, он совершил свою последнюю Божественную литургию, а через десять дней слег. 28 августа/10 сентября, в одиннадцать часов, батюшка скончался в возрасте 87 лет. Перед смертью он говорил: «А может быть, Господь пошлет вам еще священника…» На возражение, что это невозможно, о. Михаил ответил: «У людей невозможно, а у Бога все возможно. Кими же веси судьбами…»[489] Похоронили батюшку на Вревском кладбище Луги, вблизи полуразрушенной церкви свт. Николая Чудотворца (могила сохранилась). В Петербурге, в Центральном Черноземье России, на Украине и в Белоруссии и сейчас еще живы люди, благоговейно хранящие память о последнем истинно-православном священнике, рукоположенном когда-то самим митрополитом Иосифом и лишь три года не дожившем до падения советской власти.