Под влиянием непопулярного Чудновского договора в гетманстве происходит раскол. Два шурина Б. Хмельницкого —
Почти три года на Левобережье продолжалась борьба за власть и волнения черни. Московские власти, не располагая после Чудновской катастрофы достаточным военным ресурсом, занимала выжидательную позицию, оттягивая избрание гетмана в надежде на обращение Ю. Хмельницкого или на мир с Речью Посполитой. Но пока Сомко и Золоторенко боролись за булаву, очерняя друг друга в глазах русских воевод, нашелся еще один кандидат в гетманы — Иван Брюховецкий, кошевой атаман, выходец из гетманских слуг. Ему удалось зарекомендовать себя в глазах московских воевод как преданного сторонника русской партии.
Играя на настроениях показаченных масс, Брюховецкий потребовал всеобщей «черной» рады для избрания гетмана. Она состоялась 26–27 июня 1663 г. в Нежине. При попустительстве русских воевод (у князя Д. Великого-Гагина имелось 8 тысяч стрельцов, чтобы контро-лировать ситуацию) сторонники Сомко и Золоторенко были убиты, а самих полковников приговорили к смертной казни. Брюховецкий был провозглашен гетманом Левобережной Украины. Анархическое крыло одержало победу.
После провала попытки летом 1662 г. силой подчинить себе Левобережье, Юрий Хмельницкий был морально сломлен, отказался от булавы и принял постриг. В январе 1663 г. на Чигиринской раде Правобережным гетманом был избран Павел Тетеря, блестяще образованный юрист пропольской ориентации. Для усиления своего положения в феврале 1663 г. он женился на дочери Б.Хмельницкого, Елене. В марте его признало польское правительство, и Тетеря начал планировать поход на Левобережную Украину для объединения ее под единой булавой.
В этой последней попытке силой захватить Левый берег Украины, приняли участие польские войска под командованием самого короля Яна Казимира (35 тысяч), а также казаки Правого берега (15 тысяч). Тетеря в поход не пошел, но назначил наказным гетманом (т. е. командующим в условиях похода) знаменитого И. Богуна.
Начало похода ознаменовалось для поляков огромными военными успехами. К ним присоединился крымский хан (20 тысяч), а казацким войскам под командой Богуна охотно сдавались украинские местечки.
Но за внешними успехами поляков скрывался тайный заговор правобережной старшины. Они намеренно призывали горожан Левобережья легко «сдаваться», оставляли в городах только небольшие польские гарнизоны и создавали плацдарм для восстания. Первым неприятным для поляков сигналом стало избрание в ноябре 1663 г. киевским митрополитом враждебно к ним настроенного Иосифа Тукальского. А уже через несколько недель антипольское восстание охватило не только Правобережье, но и те Левобережные земли, на которые уже вступили войска Яна Казимира.
23 января 1664 г. началась осада Глухова. Город отчаянно сопротивлялся. Как потом стало известно. Богун тайно снабжал защитников порохом, сообщал им о подкопах и времени атак. В результате штурма поляки потеряли около 4000 человек и 200 офицеров. Осада Глухова затянулась на две недели и остановила продвижение всех коронных войск. Именно эта задержка позволила разгореться восстанию на Левобережье. создав крайне тяжелую ситуацию в тылу у поляков. 24 января Ян Казимир начал отступление. Во время остановки под Новгород Северским, в деревне Комань во время попытки ареста поляками был убит Иван Богун.
В то время как на Левобережье разворачивался эпилог военной части похода, на Правобережье тоже полыхало восстание. В нем участвовали многие известные казацкие лидеры, но особая роль принадлежала бывшему гетману И. Выговскому. Забыв обиды и разногласия, он активно подключился к борьбе. После раскрытия заговора, 16 марта 1664 года, несмотря на свое звание сенатора Речи Посполитой, Выговский был расстрелян поляками без суда и следствия.
Отступление поляков из Левобережной Украины происходило очень тяжело, под постоянными нападениями. 13 апреля Ян Казимир прибыл в Могилев, а в первых числах мая — в Вильно.
Правобережная старшина, та, что уцелела после расправы поляков, выдвинула на польский сейм наказ, тринадцать пунктов которого касались положения православной религии, возвращения имений и церквей, забранных униатами, православного статуса академии и школ в Киеве, подчинении киевского митрополита Константинопольскому патриарху. В нескольких других пунктах содержалась попытка приблизить положения казаков до шляхетского. Во всем остальном влияние гетманской власти на Правобережье сводились до минимальных размеров.
Ракош Е. Любомирского (т. е. заговор против короля), который уже весной 1665 г. привел к военным действиям между коронными войсками и конфедератами, стали окончательным толчком для П. Тетери, чтобы отказаться для дальнейших попыток удержать булаву. Он понимал, что в этих условиях рассчитывать на военную поддержку со стороны Польши не приходилось.
И.Брюховецкий воспользовался провалом Левобережного похода поляков и усилил свое положение в Москве. Отправившись к царю, он не только подписал новые Московские статьи, но и предложил новую концепцию русско-украинских отношений.
Прежде всего, речь шла об избрании одного из русских иерархов киевским митрополитом. План Брюховецкого переподчинить украинскую православную церковь московскому патриарху вскоре стала причиной острого конфликта гетмана с украинским духовенством.
Брюховецкий и старшина «дарили» Украину царю, предлагая русским воеводам самим собирать там все доходы. Идея «дара» не могла не понравиться. Алексей Михайлович велел Брюховецкого «милостиво похвалить» и в благодарность пожаловал ему боярство. В тот же день бывшие в Москве старшины — обозный, полковники и есаулы — были произведены в дворяне. Это был первый случай «но-билитации» старшины царем, практики, широко распространенной в Речи Посполитой.
В соответствии с предложением И. Брюховецкого при воеводах в городах должны были располагаться русские ратные люди — в Киеве 5 тысяч, в Переяславле — 2 тысячи, в Чернигове и Нежине — по тысяче двести, в Новгороде-Северском и Кременчуге — по триста, в Полтаве — пятьсот, тысяча человек на Запорожье и сто человек при гетмане. Гетману запрещались сношения с крымским ханом и другими иностранными государями.
После подписания статей Брюховецкий посватался к дочери Д. А. Долгорукого (племяннице Ю. А. Долгорукого) и впервые в истории Украины женился на представительнице высшей московской знати.