Продолжавшееся восстание на Левобережье и наступление Дорошенко. привели к тому, что И. Брюховецкий, с легкостью карьериста. повернул на 180 градусов и после всех верноподданнических клятв Москве, после всех полученных милостей, сам возглавил антирусское восстание. На раде 19 января 1668 г. Брюховецкий объявил о разрыве с Россией и призвал к изгнанию воевод. После этого он вошел в контакт с Дорошенко. По приказу Брюховецкого русские гарнизоны в левобережных городах изгонялись и избивались. Однако такие действия Брюховецкого не сделали его более популярным среди казаков.
В июне, имея значительное численное превосходство, Брюховецкий прибыл в лагерь к Дорошенко. Но его схватили собственные казаки и силой привели к шатру Правобережного гетмана. Неверно понятый знак рукой, поданный Дорошенко, привел к тому, что казаки растерзали Брюховецкого. Казацкая рада избрала Петра Дорошенко единым гетманом. И. Тукальский приказал поминать в церквях «благочестивого и Богом данного гетмана Петра».
Это был самый большой успех Дорошенко и апогей его славы. Однако внешние условия не способствовали объединению Украины. Личные обстоятельства тоже сыграли свою роль. Получив известие об измене жены, Дорошенко бросил армию и спешно уехал в Чигирин. К семейным проблемам добавилось известие о вторжении польских отрядов на территорию Кальницкого и Паволоцкого полков. Командование Дорошенко поручил Демьяну Многогрешному, которого назначил наказным гетманом.
Воспользовавшись этими обстоятельствами, Г. Г. Ромодановский двинулся в Северские земли. Ему удалось захватить Нежин, а 5 октября 1668 г. — Чернигов. Суховея поддержал крымский хан. В этих условиях Многогрешный под влиянием Черниговского архиепископа Лазаря Барановича начал переговоры с российскими воеводами. При этом он выступал как независимый «гетман Северский».
Многогрешный тоже выдвигал требования значительных уступок со стороны российских властей. Речь шла о возвращении к «Статьям Богдана Хмельницкого», о выводе воевод из городов и восстановлении более широких полномочий гетмана. В случае отказа Москвы принять эти условия. Многогрешный угрожал пойти в подданство к Турции.
Вывод воевод стало главным требованием казачества. Наследие политики И. Брюховецкого давало о себе знать. Бунты, происшедшие вследствие переписи 1666 г., напугали и старшину. Поэтому Многогрешный опасался уступать в переговорах с царем, тем более, что русские воеводы продолжали свои контакты с Дорошенко.
В марте 1669 г. состоялась рада в Глухове. На ней Многогрешный утвердил новые, «Глуховские статьи», которые регулировали отношения между Россией и гетманством. Статьи стали результатом компромисса. Воеводы сохранялись в Киеве, Переяславле, Нежине, Чернигове и Остре, но их роль ограничивалась командованием российскими гарнизонами. Таким образом. Московские статьи, устанавливавшие российскую администрацию и йодатный сбор в царскую казну, были отменены. Хотя гетманам запрещались контакты с иностранными государствами, однако казацким депутатам предоставлялось право участвовать в международных переговорах Московского государства, затрагивавших интересы Украины.
Дорошенко, несмотря на личную обиду, продолжал поддерживать отношения с Многогрешным, стремясь любой ценой сохранить единство гетманства. Объединял их и вопрос относительно положения Киева, который по условиям Андрусовского перемирия оставался за Москвой только на два года, а потом должен был быть отдан Польше. Возможная потеря Киева очень тревожила жителей Украины. То, что в нарушение Глуховских статей, казацкие депутаты не были допущены на русско-польские переговоры, еще больше обостряло ситуацию и порождало панические слухи.
В марте 1669 г. на Правобережье состоялась расширенная старшинская рада, которая приняла решение о принятии турецкого подданства. После этого Дорошенко заключил окончательный договор с Турцией, признав себя вассалом султана и получив в ответ обещание помощи для освобождения Украины «от Севска до Перемышля». Присяга состоялась 2 февраля 1670 г.
Однако союз с Турцией был непопулярен среди казачества. Особенно вызывали возмущение частые опустошения Украины союзными татарами. С другой стороны, Турция тянула с началом войны, и Дорошенко тоже был вынужден выжидать, затягивая время путем переговоров с Речью Посполитой.
Украину продолжали раздирать внутренние смуты. Пользуясь недовольством русских воевод весьма жесткой позицией Д. Многогрешного, старшинская оппозиция устроила очередной заговор. В марте 1672 г. по соглашению с российском отрядом, находившимся при гетмане, он был схвачен и отослан в Москву. Его обвинили в измене царю и просили разрешения выбрать нового гетмана.
Хотя обвинения были совершенно надуманными. Многогрешного подвергли в Москве пытке и, несмотря на отсутствие улик, приговорили к смертной казни, но царь Алексей Михайлович проявил «милосердие» и Многогрешный вместе с семьей и ближайшими сторонниками сослали в Сибирь, где он впоследствии получил статус сына боярского и служил в Селингинском остроге и умер только в 1703 году.
Это был первый случай расправы над гетманом российскими властями. Украину охватили возмущение и паника, а старшина под охраной московского войска избрала новым гетманом генерального судью Ивана Самойловича. Он происходил из семьи священника, был умным и дипломатичным политиком, представителем старшинских интересов.
При избрании Самойловича гетманом были подтверждены Глухов-ские статьи, из которых, однако, изъяли пункт об участии казацких делегатов в международных переговорах. Власть гетмана над старшиной также была значительно ограничена.
В отличие от Многогрешного, Самойлович не поддерживал с Дорошенко тесных контактов, и наоборот считал его своим конкурентом, опасаясь, как бы в Москве, в поиске кандидата на единого гетмана, не сделали выбор в пользу Правобережного гетмана.
Захват поляками Брацлавщины, предпринятый весной 1671 г. и настоятельные требования Дорошенко, чтобы турецкий султан выполнил свои обязательства, возымело, наконец, действие. В конце 1671 г. султан Магомет IV решил начать поход, обвинив Речь Посполитую в нападениях на территорию «своего вассала» Дорошенко. В мае 1672 г. огромная турецкая армия выступила против поляков.