Такие поступки Брюховецкого вызывали недовольство и даже возмущение, как среди простых казаков, так и среди старшин. Брюховецкий стал первым из гетманов, кто в официальной переписке с царским правительством именовал себя «холопом». Такое самоуничижение тоже было чуждо украинскому казачеству, а тем более шляхетной старшине, считавшей себя равной стороной в договорных обязательствах с царем.
Летом 1665 г. происходит смена лидера на Правобережье. В августе его уже сместил Петр Дорошенко. Дорошенко происходил из старинного казацкого рода. Его дед был реестровым гетманом, сам он с юных лет казаковал, участвовал в восстание Б. Хмельницкого и прошел путь от рядового казака до гетмана. В череде различных украинских гетманов эпохи Руины он выгодно отличался принципиальностью, умением ставить интересы Украинского гетманства выше личных. Но объективно его политика союза с Турцией обернулась для Украины страшными жертвами и Руиной.
Дорошенко стал гетманом, заручившись поддержкой татарских мурз, как лидер крымско-турецкой оппозиции. Однако некоторое время гетман соблюдал внешнюю верность и польскому королю.
В условиях отъезда Брюховецкого в Москву. Дорошенко начал активно устанавливать свое влияние в тех регионах Правобережья, которые после восстания 1664 г. отошли под власть Левобережного гетмана. К середине сентября начался переход городов на сторону Дорошенко, прежде всего Кальницкого и Брацлавского полков. Силы Дорошенко составляли до 20 тысяч, в Брюховецкий по-прежнему находился в Москве и не занимался вопросами военной помощи Правобережью.
В марте под Белой Церковью Дорошенко провел раду, на которой было прямо заявлено, чтоб в городах польских людей нигде не было, а которые ныне есть, и тех бы вон выслать. Кроме того, было решено со всеми Заднепрскими городами «поклонитца» к хану Крымскому и по весне вместе с ордой идти на Левобережную Украину войной.
К весне положение Брюховецкого сильно ухудшилось. Казаки и старшина были недовольны самовольными расправами гетмана, а также новой системой отправки неугодных в Москву. Кроме того, в соответствии с решениями Московских статей, началась перепись левобережного населения, которую проводили русские воеводы. Надо отметить, что хотя еще по условиям статей Богдана Хмельницкого 1654 г. предусматривалась выплата налогов в царскую казну, Украина так ничего и не платила. Перепись 1666 г. должна была изменить эту ситуацию. Однако вольное население Левобережья восприняло появление переписчиков как покушение на их личную свободу.
Происходят первые восстания на Левобережье, охватившие сначала Переяславский полк. Появление Дорошенко и татар на Левом берегу дали дополнительный толчок восстанию.
К тому же стало известно о готовившемся перемирии между Россией и Речью Посполитой. В условиях отказа царского правительства защищать от Дорошенко прорусски настроенные территории Правобережья и после «воровского» ухода из Запорожья русского отряда (ввиду отказа Московским государством на русско-польских переговорах от Запорожье в пользу поляков), страшное недовольство и бунты охватили все Левобережье. Переяславские казаки убили своего полковника Данилу Ермоленка и осадили город. Русский гарнизон был уничтожен. После этого весь Переяславский полк и представители многих городов объявили о переходе на сторону короля.
Брюховецкий сначала хотел заглушить это недовольство террором — ссылал старшину, советовал сжигать непокорные села и местечки, а население избивать. Но движение становилось все сильнее.
После этого Дорошенко со своими единомышленниками присягнули Крымскому хану на вечное подданство.
В конце января 1667 г. русско-польские переговоры (продолжавшиеся с небольшими перерывами более десяти лет) завершились заключением перемирия сроком на 13,5 лет. Подписано оно было в деревне Андрусово. По его условиям за Россией сохранялись Смоленск, Северщина, Левобережная Украина и Киев на два года. За Речью Посполитой — Белоруссия и Правобережная Украина. Запорожье поступало под совместное управление двух держав.
Таким образом, Андрусовское перемирие де-юре зафиксировало тот раскол, который произошел в Украинском гетманства после его раздела под властью двух различных гетманов. Тем не менее, известие о перемирии было встречено с большим разочарованием сторонниками сильного единого гетманства. По сути, успехи восстания Б. Хмельницкого — изгнание поляков и освобождение от католического гнета — сводились в Правобережье на нет.
Отказ российских властей от Правобережья привел к еще большему усилению традиционно влиятельной в Украине прокрымской группировки в лице Дорошенко.
Гетман стал автором весьма амбициозного и смелого плана объединения гетманства. Его ближайшим соратником и духовным советником стал Киевский митрополит Иосиф Тукальский. Учитывая реалии Андрусовского перемирия, Дорошенко разработал сложную внешнеполитическую комбинацию. Опираясь на поддержку татар и Турции, он намеревался добиться от Речи Посполитой отказа от притязаний на Правобережную Украину, а затем объединить гетманство под булавой единого гетмана. Дорошенко даже не считал обязательным условием, чтобы этим единым кандидатом был он сам. Но зато он полагал, что после объединения следует признать верховенство Москвы, правда при условии гарантий автономии Украины. А уступок от Московского государства он планировал добиваться, шантажируя его своим союзом с Турцией и Крымом.
Прежде всего, Дорошенко закрепил свое положение на Правобережье. Казаки совместно с татарскими отрядами совершали рейды по Подолии и Волыни. В августе был захвачен Чигиринский замок и начата осада Белой Церкви.
В конце 1667 г. гетман отправил посольство в Стамбул, подтверждая свою готовность принять турецкое подданство. Параллельно в начале 1668 г. на переговорах с русскими воеводами Дорошенко высказал свое желание принять протекцию царя, но с известными условиями. Речь, прежде всего, шла о выводе русских воевод, отказе собирать с Украины налоги, восстановлении казацких вольностей. Поскольку Алексей Михайлович отказался выполнять эти условия, Дорошенко перешел к своему сложному плану.
Поход на Левобережную Украину стал первым этапом в его осуществлении. В конце мая 1668 г. казаки Дорошенко вместе с татарами переправились через Днепр.