Гетман в своем правлении опирался на важнейших чиновников Украинского гетманства — генеральную старшину (генеральный обозный, генеральный писарь, генеральный судья и генеральный есаул), отвечавших за важнейшие направления деятельности административно-судебной системы. Вместе они управляли как войском, так и всей страной.
Как очень точно писал В. Мякотин, этот строй «не был установлен каким-либо декретом, каким-нибудь общим законодательным актом, а сложился, под непрерывный почти звон оружия, путем постепенного, хотя и очень быстро совершившегося приспособления страны к новым условиям жизни».
Украинское гетманство было старшинско-казацкой республикой, где старшина и казачество представляли собой элитарную верхушку, пользующуюся всеми привилегиями республиканского правления. Если в самом начале восстания идеалы казацкой вольности преобладали. то уже очень скоро начался отход от них. Выборность полковников сменилась назначением их гетманами, всеобщая рада все чаще заменялась старшинской — а порой и просто единоличным решением гетмана и доверенных ему лиц.
Хотя территория гетманства по Зборовскому договору и была ограничена тремя воеводствами, но гетманы часто заявляли о границах «по Вислу», и. в частности, настаивали на подчинение своей власти Подольского, Волынского и Руського воеводств. Кроме того. Б. Хмельницкий и его преемники высказывали серьезные претензии на ряд областей Белоруссии.
Глобальные изменения претерпела социальная структура общества. В результате восстания Б. Хмельницкого земельные владения польской шляхты в целом в гетманстве резко сократились, а на Левобережье были практически полностью ликвидированы и перешли в собственность Войска Запорожского. Из старых владельцев землю сохранили практически только православные монастыри. По подсчетам Т. Г. Таировой-Яковлевой в 50-е годы свободные войсковые села на территории Левобережья составляли 77 %. В некоторых полках эта цифра доходила до 95 %. Населявшие «свободные войсковые» села крестьяне, избавившись от частной зависимости, находились «под правлением сотенным, в ведомстве полковом и в диспозиции гетманской». Институт крепостной зависимости перестал существовать на Левобережье и был восстановлен там только в самом конце XVIII в. реформами Екатерины II. На Правобережье, причем не только на территориях, вошедших в состав гетманства, положение крестьян также изменилось коренным образом.
Возможность «показачиться», стать свободным и привилегированным членом общества изменила менталитет украинского крестьянства на века. Более того, сложилась такая система, согласно которой даже «владельческие посполитые», т. е. крестьяне помещиков, считали, что они имеют неоспоримое право на свои наделы земли («предковские земли, на которых сидят»), и могут сохранять эти земли за собой, даже выходя из-под власти владельца имения. Крестьяне, населявшие эти помещичьи имения, являлись теперь собственниками своих земельных участков, и могли не только передавать их по наследству, но и закладывать, продавать и т. д.
Массовое «показачивание» крестьян, начавшееся в первые же месяцы восстания, приводило и к негативным последствиям. В 1654 г. казаки составляли в разных полках от 50 до 82 % населения гетманства. В абсолютных цифрах число «казаков», явно превышало 100 тысяч. Б. Хмельницкий оказался в положении, сходном с тем, в котором был П. Сагайдачный в начале своих реформ, только масштаб проблемы вырос с тех пор в 2–3 раза. Военная ситуация позволяла временно использовать огромную армию «показаченных», формально признавая их казаками, но не выплачивая им жалованья, полагавшегося реестровым. Однако в первый же мирный период неуправляемая толпа «показачив-шихся» стала с одной стороны тормозом на пути завершения государственного строительства гетманства, а с другой — тем порохом, которым были готовы воспользоваться боровшиеся за власть группировки старшины и иностранные державы. Следует заметить, что эта ситуация отнюдь не была уникальной. Проблема возвращения населения к мирному труду и ментальной переориентации существует после любой войны или социального потрясения.
Исполнение статей Зборовского договора проходило непросто. Обе стороны не были готовы к новым реалиям. Многие казаки были недовольны границей, не желая отдавать полякам такие города, как Острог, Бар и др. Не меньшие трудности вызывало и создание 40-тысячного реестра, в условиях, когда войско Хмельницкого насчитывало почти 150 тысяч. Еще сложнее было заставить крестьян снова превратиться в послушных подданных польской шляхты. Во многих поветах Подольского воеводство доходило до вооруженного сопротивления. Люди тысячами переселялись на территорию Украинского гетманства. Многие по решению старшинской рады остались при реестровых в качестве обозных и слуг.
Воспользовавшись военной передышкой, которую давал Зборовский договор, Хмельницкий занялся укреплением внешнеполитического авторитета и влияния гетманства. Он вел усиленные переговоры с Москвой, Турцией и Крымом. Одновременно летом 1650 года Хмельницкий предпринял поход на Молдавию. Это было уже не только актом своеволия по отношению к польскому королю, но и первым примером вмешательства в дела соседнего государства. Официально казаки мстили за лояльное отношение молдаван к полякам. При этом Богдан преследовал и династические планы. Посылая казацкие войска на Яссы, он добивался от молдавского господаря Лупу согласия на брак дочери Лупу, Розанды, со своим старшим сыном Тимофеем. Таким образом, он рассчитывал заручиться влиянием в этом регионе. Казацкая дума, написанная в этот период, гласила: «так-то Хмельницкий хорошо сделал: Польшу победил, Волощину засмутил. Гетьманщину взвселил».
Наступивший 1651 г. заставил гетмана поплатиться за попытку заняться внешней политикой, не разобравшись с внутренними проблемами. В феврале 1651 г., нарушив Зборовский договор, польское войско под командованием М. Калиновского и С. Лянцкорунского вторглось в Брацлавщину. Знаменитый полковник Д. Нечай оказался не готовым к военным действиям и погиб при защите местечка Красное. После упорной обороны местечко было сожжено поляками, а все жители, включая женщин и детей, убиты. На фоне ужаса, овладевшего Брацлавщпной после гибели их любимого полковника, единственным, способным организовать отпор, оказался Иван Богун — один из самых талантливых полководцев Украины казацкого периода. При обороне Винниц, своего полкового города, ему удалось нанести психологический удар полякам. Сымитировав паническое бегство передового отряда, выставленного на льду Буга перед городом, Богун заманил поляков в прорубленные им заранее полыньи. Десятки солдат погибли, сам С. Ляндцкорунекий едва выбрался из проруби. Уверенность поляков в своей непобедимости пропала, а казаки наоборот воспрянули духом и, несмотря на многократно превосходившие их силы противника, не только отразили все нападения, но и сами совершали под руководством Богуна удачные вылазки. Приближение спешно направленных к Виннице казацких полков вынудило поляков отступить.
После этого на фоне вяло текущих военных действий обе стороны готовились к генеральному сражению. Личная трагедия — казнь любимой жены (Елены) по сомнительному обвинению в измене — деморализовала Хмельницкого. К тому же, он терял драгоценное время, ожидая подхода хана. Только в конце июня войска встретились под Берестечко. В распоряжении Хмельницкого имелось более 100 тысяч казаков, но из них только половину составляли опытные и организованные. У хана Ислам Гирея было около 40 тысяч. В разгар сражения татары отступили и захватили с собой пытавшегося их остановить Хмельницкого. Вместе с И. Выговским он более 10 дней находился в плену, и дальнейшие события битвы разворачивались уже без него. Наказным гетманом на место безвольного Ф. Джеджалии был избран И.Богун, который сумел организовать серьезное сопротивление полякам. Но в ночь на 10 июля во время очередной вылазки в казацком таборе началась паника, спровоцированная «показаченными». Они кричали, что старшины их бросили. Люди начали беспорядочно отступать через болото, плотины проломились, и множество казаков утонуло. Только Богуну удалось организованно отвести часть казаков.
Хмельницкий не успел вернуться из плена, как пришло известие о вторжении великого гетмана литовского (т. е. главнокомандующего литовскими войсками) Я. Радзивилла. Литовские войска вступили в Черниговщину. разгромили казацкий полк М. Небабы (полковник погиб) и 6 августа захватили Киев. Киевский митрополит Коссов и архимандрит Киево-Печерской лавры заняли предательскую позицию, пригласив Радзивилла в Киев и устроив ему торжественную встречу. Но их надежды остаться в стороне от борьбы рухнули. Литовские солдаты начали грабить не только мещан, но также киевские церкви и монастыри.
Катастрофическое положение в условии, что казацкие полки были рассеяны после Берестечко, чудом спас опять же И. Богун, который организовал сопротивление наступающей армии поляков.
В условиях начавшегося крестьянского восстания в Польше, Яну Казимиру пришлось пойти на подписание нового Белоцерковского договора. По этому соглашению территория Украинского гетманства была сокращена до размеров Киевского воеводства, реестр уменьшился вдвое — до 20 000 человек. Однако, гетманская власть хоть и в урезанном виде, но сохранялась, что давало основания надеяться на ее расширение в недалеком будущем.
Условия Белоцерковского договора внедрялись еще сложнее, чем Зборовского. Казаки Брацлавского. Кальницкого и Уманского полков сопротивлялись своему расформированию. Население Черниговского воеводства в массовом порядке переселялись в Мигрородский, Полтавский и др. поветы, остававшиеся под казацким контролем.
Воспользовавшись мирной передышкой, Хмельницкий приложил усилия к укреплению собственного положения. Под предлогом наказания полковников, противившихся возвращению поляков в свои прежние имения, он казнил целую группу старшины, выступавшую против усиления его власти. В его ближайшем окружении все большую роль начинают играть образованные шляхтичи И. Выговский, П. Тетеря, И. Нечай. и зажиточные мещане — братья Золоторенко.
Не менее успешно укреплялся Богдан и на внешнеполитическом фронте, возобновив свой союз с Крымом. Совместно с татарами Ти-мош Хмельницкий совершил поход на Молдавию. По дороге, в конце мая 1652 г. он с помощью отца разбил под Батогом польного гетмана М. Калиновского. В этой блистательном сражении полегло почти 10 тысяч поляков. Победа под Батогом стала сигналом к ликвидации условий ненавистного Белоцерковского договора. По сути, он так и не был легитимирован, т. к. польский сейм, на котором должны были ратифицировать договор, был сорван (на нем впервые применили принцип «liberum veto», впоследствии погубивший Речь Посполитую). В Брацлавском, Черниговском и Киевском воеводствах началось массовое восстание. Поляков, которые вернулись было в свои имения, избивали и изгоняли.
Внешнеполитическое влияние гетманства тоже усилилось — Тимош Хмельницкий женился на дочери молдавского господаря Лупу.