Однако нацисты не позволили поставить себя перед свершившимся фактом. Они не признали акт 30 июня и потребовали его отменить. Когда бандеровцы отказались подчиниться, начались репрессии.
5 июля Стецько и Бандера были арестованы. Бандера был сначала заключен под домашний арест, а позже отправлен в концентрационный лагерь. На время ареста Бандеры его замещал в качестве главы Провода ОУН(Б) Н. Лебедь. I Конференция ОУН(Б) приняла решение уйти в подполье, но пока не вести антинемецкую пропаганду и участвовать в структурах нового порядка.
Несмотря на репрессии против верхушки ОУН, сотрудничество организации с нацистами продолжилось. Ее члены возглавляли ряд областных и городских управ. В. Охримович был главой Тернопольской областной управы, А. Марченко — Волынской.
В соответствии с решением Краевого провода ОУН И. Климов приступил к формированию Украинской национальной революционной армии. При этом Климов требовал составлять «списки поляков, евреев, специалистов, офицеров, проводников и всего вражески настроенного элемента против Украины и Германии». «Сичи» УНРА были разогнаны немцами, после чего Климов стал выступать за начало активной борьбы против Германии.
Еще в 1940 г. на Украину проник Т. Боровец («Бульба») — представитель «правительства УНР в изгнании» во главе с А. Левицким. С началом войны Боровец сумел организовать вооруженные формирования «Украинской повстанческой армии — Полесская Сечь» (УПА). Боровец считал себя командиром сил УНР и предлагал ОУН создать общую Раду как политический орган УНР.
В ноябре 1941 г. немецкое командование распустило УПА. но 16 ноября Боровец ушел подполье, а бойцы УПА спрятали оружие до лучших времен. Весной 1942 г. активность «бульбовцев» возобновилась в Полесье и Ровенской области. В мае 1943 г. Боровец выступил против оуновской политики уничтожения польского населения на Волыни и вообще против претензий ОУН на диктатуру в национальном движении.
Накануне нападения Германии на СССР. 22 июня 1941 г. ведущие украинские политические силы Западной Украины («УНР», ОУН(М), УНДО и др.) создали Украинский национальный комитет (УНК) во главе с «мельниковцем» этнографом В. Кубийовичем. УНК создавался именно как коллаборационистская организация и должен был представлять украинцев в отношениях с Германией. Но ОУН(Б) отказалась подчиняться этому комитету. У нее были свои связи с Германией.
Мельниковцы также развернули на оккупированной территории кипучую деятельность. Они создавали рады, претендовавшие на роль публичных политических структур. 30 августа 1941 г. в Житомире были убиты видные деятели ОУН(М) Е. Сенник и Н. Сциборский. В этом убийстве мельниковцы обвинили бандеровцев, что обострило отношения между двумя организациями. Германские власти усилили репрессии против бандеровцев как более экстремистского крыла украинского национализма, хотя и мельниковцы не были гарантированы от репрессий. В феврале 1942 г. были расстреляны видные мельниковские деятели О. Телига, И. Рогач и др. С 18 сентября 1941 г. германское командование приступило к разоружению созданной националистами милиции. В 1943 г. репрессии ужесточились.
5 октября 1941 г. в Киеве была создана Украинская национальная рада во главе с профессором А. Величковским. которая стремилась организовать сотрудничество националистической общественности и оккупационных властей, использовать институты «нового порядка» в целях новой украинизации. Когда эта рада попробовала сформировать новый Генеральный секретариат, она 17 ноября была запрещена. Однако национальные рады продолжали существовать в Киеве, Львове и в Карпатской Украине, и в апреле 1944 г. они даже заявили о своем слиянии, что уже не имело практического значения.
Киевским обер-бургомистром стал историк А. Оглоблин, который занялся налаживанием городского хозяйства, развитием учреждений культуры и одновременно — содействием карательным мероприятиям нацистов.
В 1943 г. началось формирование дивизии Ваффен СС «Галичина» (14-я Галицкая добровольческая дивизия войск СС, Гренадерская дивизия войск СС), в которую было принято около 13 тыс. человек с Западной Украины. В июле 1944 г. в районе Броды дивизия приняла участие в боях на Восточном фронте, группировка, в составе которой она действовала, была разгромлена, дивизия потеряла около 7000 человек. Дивизия была доукомплектована новобранцами и переброшена на Балканы, где воевала против повстанцев. В апреле 1945 г. дивизия была провозглашена частью Украинской национальной армии и переименована в 1-ю Украинскую, после чего сдалась американцам. Часть ее солдат была выдана СССР, а часть получила возможность остаться на Западе.
Германское командование создавало охранные подразделения, в которых служили украинцы. На Украине было навербовано около 250 тыс. «добровольных помощников» («хиви»), бойцов «украинского освободительного войска», сведенных в батальоны («курени») и др.
На II конференции ОУН(Б) весной 1942 г. было принято решение начать пропаганду против всех оккупантов, включая немцев, однако от прямой борьбы с ними следовало пока уклоняться. ОУН стала бороться против вывоза украинского населения на работы в Германию.
В октябре 1942 г. I Военная Конференция ОУН(Б) приняла решение о переориентации с Германии на США и Великобританию. Несмотря на то, что переход к вооруженной борьбе был признан преждевременным, 14 октября 1942 г. С. Качинский («Остап») создал первый партизанский отряд, подчиненный ОУН(Б).
В марте-апреле 1943 г. на сторону ОУН на Волыни перешло несколько тысяч украинских полицейских. Это позволяло пополнить отряды, которые с апреля назывались Украинская Повстанческая Армия (УПА).
Командующему УПА Д. Клячкивскому («Клим Савур») подчинялись 4 территориальные группы («Север», «Запад» и более слабые «Юг» и «Восток»), В каждую группу входили военные округа, которым подчинялись курени (батальоны) по несколько сотен (рот) каждый. Сотня (до 200 бойцов) состояла из «чет» (взводов). Наименьшим подразделением в 10–15 бойцов был «рой». УПА взяла под контроль небольшие территории, например, Колковская «республика», просуществовавшая с весны по октябрь 1943 г., когда была разгромлена немецкой армией. 18 августа 1943 г. Клячкивский издал приказ о разоружении бульбовцев (с июля 1943 г. они назывались Украинской народно-революционной армией) и мельниковцев. Сопротивлявшиеся расстреливались.
Мобилизация украинской молодежи в УПА позволила нарастить ее численность до 20—4–0 тыс. бойцов. В УПА, в отличие от ОУН, входили не только украинцы, в ней даже воевало 15 национальных куреней.
17-21 февраля 1943 г. состоялась III Конференция ОУН(Б), которая сформировала новую «двухфронтовую» стратегию ОУН, приняла решение о переходе к вооруженной борьбе с оккупантами. Но приоритетом ОУН и УПА оставалась борьба с СССР.
Идеологи ОУН считали Москву «источником вечного неспокойствия в Европе и центром империалистической экспансии на европейский и азиатский континенты». Противостояние «Москвы» и Германии считалось противостоянием двух хищнических империалистических сил.
Обострилось противоборство в руководстве ОУН. Н. Лебедя критиковали за диктаторство и стремление подмять региональных проводников. Ушедший с немецкой службы Р. Шухевич развернул борьбу за лидерство. Весной 1943 г. М. Лебедь сложил полномочия на заседании провода ОУН (вскоре он стал председателем Рады ОУН). По предложению Р. Шухевича на период до созыва III чрезвычайного съезда было создано Бюро Провода ОУН в составе 3-х человек (Р. Шухевич, 3. Мат-ла и Д. Маивский). Р. Шухевич фактически стал первым среди равных в этом триумвирате. В январе 1944 г. Шухевич также возглавил УПА.