После образования генерального секретариата УГВР Лебедь занял пост генерального секретаря по иностранным делам, после чего выехал в Братиславу для установления контактов с западными союзниками.
Украинские националисты провели от имени своей новой власти мобилизацию сельской молодежи в УПА, доведя ее численность до 50–80 тысяч бойцов (хотя встречаются и оценки численности УПА в 300 тысяч, но армия таких размеров в реальных боях себя не проявила).
Переговоры с немцами продолжались. От имени УПА их вел И. Грпньох («Герасимовский»), Германской стороной были переданы повстанцам города Камень-Каширский, Любешев, Ратно. УПА получала также боеприпасы и фураж. УПА соглашалась помогать германскому командованию разведданными. В УПА вливались оказавшиеся в окружении отряды немецких солдат с вооружением. В январе 1944 г. командиры партизанских соединений А. Федоров и Н. Дружинин докладывали, что националисты нападают на партизан, не ведут боевых действий против немцев, а напротив, «агитируют население о сдаче 50 % поставок немцам и 50 % им, т. е. националистам, категорически предупреждая население об ответственности за какую-либо помощь партизанам».
С марта 1944 г. немцы стали передавать УПА оружие и боеприпасы, в отрядах УПА стали действовать немецкие инструкторы. Немецкое командование передало УПА по советским данным 700 орудий и минометов, около 10 тыс. пулеметов, 26 тыс. автоматов, 72 тыс. винтовок, 22 тыс. пистолетов. 100 тыс. гранат.
18 августа 1944 г. начальник штаба группы армий «Северная Украина» генерал Р. фон Ксиландер предписывал не атаковать отряды УПА, если те не нападут первыми. Отдельные стычки между отрядами УПА и немцами все же происходили, но основные усилия УПА направляла на борьбу с «Советами».
На территориях, оккупированных немцами, развернулось движение сопротивления. Тысячи людей уходили в леса, там вооружались и становились партизанами. Среди них были и солдаты, оказавшиеся в окружении, и беглые военнопленные, и сотрудники НКВД, перебрасывавшиеся по воздуху для диверсионной деятельности.
В 1941 г. во вражеский тыл было заброшено 2500 диверсионных и партизанских групп, но к весне 1942 г. уцелела только десятая часть. Осенью 1941 г. из оставленных на оккупированной территории Украины и заброшенных через линию фронта партизан и диверсантов было создано 2 полка, 883 отряда. 1700 диверсионных групп общей численностью в 35 тыс. человек. К июню 1942 г. связь сохранялась только с 30 отрядами численностью около 4 тыс. человек.
Оплотом украинских партизан были леса и болота северо-западнее Сум и Черкасс, примыкавшие к Белоруссии, северные районы Черниговской и Сумской областей, южная часть Брянских лесов. Оккупанты приступили к систематическому уничтожению партизанских отрядов, из первоначально созданных в этих местах 1314 отрядов и групп к маю 1942 г. сохранились около 200 численностью около 12 000 бойцов. По 1–4 тысячи партизан насчитывали отряды С. Ковпака, А. Федорова, А. Сабурова, В. Бегмы, С. Маликова, М. Наумова.
22 сентября свой приказ № 1, определяющий структуру отряда, издал предисполкома г. Путивля С. Ковпак. Отряд Ковпака опирался на заранее подготовленную инфраструктуру, действовал осторожно, начал с диверсий на дорогах, «притягивал» в свой состав более мелкие группы (в том числе С. Руднева, который стал комиссаром Ковпака). Когда против 73 партизан отряда были брошены значительно превосходящие силы противника, ковпаковцы в декабре ушли из района Путивля в Брянские леса. По дороге партизаны продолжали диверсии, нападения на небольшие группы солдат и полицаев, громили комендатуры в селах. В Брянских лесах образовался не контролируемый оккупантами партизанский край. Было установлено воздушное сообщение с Большой землей, проводились совещания партизанских командиров из России и Украины.
15 мая 1942 г. партизанская колонна в 750 человек под командованием Ковпака покинула Брянские леса и двинулась в рейд по Левобережной Украине. Разгромив небольшие венгерские гарнизоны и отряды хиви. ковпаковцы 26 мая ненадолго заняли Путивль, а затем действовали в окрестных лесах. В июле, с трудом вырвавшись из окружения, отряд вернулся в Брянские леса, имея уже 1300 бойцов. 29 июля ковпаковцы разгромили венгерский гарнизон в Старой Гуте и восстановили в ней советскую власть. По отчету Ковпака, за время рейда по Сумской области отряд прошел более 6000 км и уничтожил более 4000 солдат и офицеров противника (включая полицаев).
1 сентября 1942 г. на встрече с партизанскими командирами Сталин поставил перед соединениями С. Ковпака и А. Сабурова задачу рейда на правобережье, который и был осуществлен в ноябре 1942 — июне 1943 гг. по территории Украины и Белоруссии. Численность рейдирующих соединений выросла более чем в два раза. Партизанским соединениям Ковпака и Сабурова удалось создать партизанский край в зоне Олевск — Овруч — Мозырь — Туров на территории 14 районов УССР и БССР с населением около 200 тыс. жителей. В феврале 1943 г. соединение М. Наумова прошло рейдом по степной Украине, переправилось через Днепр и затем через Одесскую область вышло под Житомир.
В июне 1943 г. ковпаковцы были направлены на юг — на Карпаты, с заданием нанести удар по нефтепромыслам Дрогобыча. Прорвавшись на Западную Украину в июле, двухтысячная группа Ковпака оказалась под ударами как немецких войск, так и отрядов УПА. Здесь у советских партизан была гораздо меньшая поддержка местного населения. Преодолев горные склоны и реки, выйдя из-под ударов противника — в том числе воздушных, партизаны прорвались к нефтеносным промыслам Яблонова и Биткува, дававшим около 100 тыс. т нефти в год. Было уничтожено 40 нефтяных вышек. 13 нефтехранилищ и три нефтеперегонных завода.
Партизаны были окружены немецко-венгерскими войсками. 5 августа 1943 г. Ковпак рассредоточил свою дивизию на несколько отрядов. которые с большими потерями пробились из окружения самостоятельно и затем соединились вновь в начале октября. В этом рейде ковпаковцы потеряли более 500 бойцов. 23 февраля 1944 г. соединение Ковпака было преобразовано в Первую Украинскую повстанческую дивизию имени С. А. Ковпака. Комдивом стал П. Вершигора. так как сам Ковпак был отозван в тыл. Дивизия продолжала действовать до августа 1944 г., после чего ее бойцы влились в РККА и силы НКВД и НКГБ. действовавшие против УПА.
Москва оказывала партизанам помощь оружием и боеприпасами, в отряды были присланы комиссары, и партизанское движение было взято под строгий контроль центра. 30 мая 1942 г. был создан центральный штаб партизанского движения. Украинский штаб партизанского движения возглавил генерал Т. Строкач.
Партизаны наносили болезненные удары по врагу, взрывая железнодорожные пути, мосты и поезда, убивая представителей нацистской власти и тех, кто сотрудничал с новым режимом.
В 1941 г. украинские партизаны подорвали 23 поезда, в 1942 г. — 232, в 1943 — 3666, в 1944 гг. — еще свыше тысячи. В ходе операции «Концерт» 3 августа — 19 сентября 1943 г. партизаны нанесли удар по железнодорожному сообщению в тылу группы армий «Юг», облегчив выход советских войск к Днепру.
В 1941–1942 гг. партизаны по их данным уничтожили более 42 тыс. солдат и офицеров противника и еще более 3700 предателей и полицаев.
За каждого убитого немецкого солдата в соответствии с приказом Кейтеля следовало казнить по 50-100 коммунистов. Поскольку реальных коммунистов для таких расправ явно не хватало, заложниками становилось все местное население. За убитых солдат и офицеров сжигали целые деревни вместе с жителями.
По официальным данным, в партизанском движении на Украине участвовало более 200 тыс. человек. Но реальное число бойцов отрядов, связанных с советским командованием, было значительно меньше.