Разумовский был одним из самых деятельных участников переворота, приведшего Екатерину II к власти. Это давало надежду на благосклонность императрицы. Гетман получил для Украинского гетманства разрешение на беспошлинный ввоз леса из Польши, было запрещено пропускать оттуда вино в Запорожскую Сечь и т. д.
Осенью 1763 г. состоялась старшинская рада в Глухове, на которой были одобрены статьи «Прошение малороссийского шляхетства и старшины о восстановлении разных старинных прав Малороссии». Добиваясь расширения автономии, старшина ссылалась на «Статьи Богдана Хмельницкого» и заявляла про события присоединения Украины к России в 1654 г.: «Сие добровольное подданство учинил он на договорах… Оные договоры от времени до времени при постановлении каждого гетмана поновляемы и подтверждаемы были». Речь шла о признании особой судебной и законодательной систем, привилегий казачества, духовенства и мещан, возвращении прав на экспорт продуктов, распространении образования и т. д. Наряду с этим, говорилось также о запрете перехода крестьян от одного владельца к другому (по сути, о введении крепостного права) и о наследственной передаче гетманского звания для Разумовских.
Такие планы совершенно не соотносились с истинными намерениями Екатерины. В своей известной инструкции генерал-прокурору А. А. Вяземскому в 1764 г. она высказала непреклонное решение «привести к обрусению» провинции, имевшие свои местные законы — Украину, Лифляндию и Финляндию. Относительно Украины императрица считала необходимым принять меры к тому, «чтоб век и имя гетманов исчезло, не токмо б персона какая была произведена в оное достоинство».
На позицию Екатерины наложили отпечаток ряд факторов. В 1764 г. она провела секуляризацию монастырских владений, что привело к серьезному конфликту с духовенством — прежде всего, с украинским. столь близким гетману. В частности, с критикой действий императрицы выступил епископ А. Мациевич, которого по личному указу Екатерины подвергли жестокому наказанию и заточению.
Летом 1764 г. К. Разумовский оказался косвенно замешан в «заговор Мировича», представителя известного старшинского рода, который попытался освободить и возвести на престол содержавшегося в Шлиссельбурге сверженного императора Иоанна Антоновича. 15 сентября 1764 г. В. Мирович был казнен на площади в Петербурге. Это стало настоящим шоком, собравшиеся ожидали помилования, ведь при Елизавете Петровне смертная казнь была отменена.
В этих обстоятельствах императрица потребовала от гетмана прошения об отставке. Разумовский долго колебался, но вынужден был повиноваться. 10 ноября 1764 г. был опубликован «Манифест малороссийскому народу», извещавший об увольнении Разумовского от гетманских обязанностей и учреждавший правление Малороссийской коллегии во главе с ее президентом и генерал-губернатором графом П. Румянцевым. Коллегия состояла из четырех украинцев и четырех русских, но реальным правителем стал генерал-губернатор Малороссии. Румянцев был известным генералом, прославившимся в годы Семилетней войны. Свое детство он провел в Украине, там же получив начальное образование. Именно ему выпало окончательно ликвидировать украинскую автономию. В инструкции, данной ему императрицей, обращалось внимание на то, что империя не получала доходов из гетманства. Поэтому Румянцеву поручалось произвести ревизию и перепись Украины. Екатерину раздражала сохранявшаяся в Украине практика перехода крестьян от помещика к помещику, и Румянцеву поручалось ее прекратить.
В результате деятельности генерал-губернатора была составлена знаменитая Румянцевская опись. Ее задачей было разграничить казацкое и крестьянское сословия, описать города, казацкие, владельческие, урядные и монастырские имения. Ревизорами были штаб-, обер- и унтер-офицеры, с писарями и рядовыми. Они выгоняли народ, строили его шеренгами и затем составляли перепись.
Большие неприятности доставил Румянцеву «украинский сепаратизм» в 1767 г., когда Екатерина объявила Комиссию для составления Уложения. Украинские сословия наряду с прочими провинциями империи должны были выбрать своих депутатов и снабдить их инструкцией, в которой излагали свои нужды и желания. В украинском обществе при этом с неожиданной силой и единодушием проявились стремления к восстановлению украинской автономии. В инструкциях старшины, мещан и казаков весьма определенно высказывались желания, чтобы Украина была восстановлена в своих старых правах — по «статьям Богдана Хмельницкого», в частности, чтобы был возобновлен выбор гетманов. Просили украинцы и об открытии собственного университета, т. к. «всему свету известно в здешнем народе особливейшая к наукам склонность и охота». Пожелания 1767 г. остались без последствий (правда часть смелых просителей была арестована и предана суду). Императрица не собиралась учитывать мнение украинских сословий.
В последствие любые разговоры и слухи о возможном восстановлении гетманского правления преследовались самым строжайшим образом, расследовались (даже в самых незначительных случаях) лично Екатериной и жестоко казались.
При этом следует отметить, что значительная часть казацкой старшины не только не выражала протеста по поводу ликвидации автономии (в отличие от польской шляхты), но и активно участвовала в этом процессе, став яркими представителями элиты Российской империи, внесшими огромный вклад в ее формирование. Среди таковых можно назвать князей Кочубеев, графов Милорадовичей. П. В. Завадовский стал первым министром народного просвещения России, Г. Полети-ка был создателем самого престижного Морского пажеского корпуса. Ярчайшим представителем этой части старшины был Александр Андреевич Безбородко, сын генерального писаря, получивший образование в Киево-Могилянской академии. В 1765 г. он был назначен правителем канцелярии малороссийского генерал-губернатора Румянцева. Отличившись в ходе русско-турецкой войны, Безбородко в 1784 г. получил звание второго члена министерства иностранных дел. стал графом (при императоре Павле I — князем) и пользовался неограниченным доверием императрицы. Он, в частности, выступал против сохранения структур Украинского гетманства. Массовое и успешное включение украинской элиты в структуры высшей власти Российской империи свидетельствуют о несостоятельности концепции «колонизаторской политики» в отношении Украины. Что касается использования имперских методов, то тут сомнений не возникает.
С развитием Российской империи началось постепенное освоение огромных земельных пространств Дикого Поля, лежавших между Украинским гетманством и Крымом и издавна считавшихся «запорожскими землями». В 1752 г. образовалось первое военно-земледельческое поселение австрийских сербов и венгров, под названием «Новой Сербии». За ними последовали болгары, сербы, волохи и др. Русское правительство охотно принимало их, предоставляя различные пособия и льготы. В 1753 г. пришли сербские полковники И. Шевич и Р. Прерадович, которых поселили между реками Луганью и Бахмутом, по правому берегу Северного Донца.
В результате, край был разделен на две части: Новая Сербия (от Днепра до Синюхи), граничившая с польскими землями и турецко-татарской степью, и Славяносербия, к востоку от Днепра, вдоль Украинской линии, до станиц донских казаков, со столицей в Бахмуте. Управление краем было в руках генерала Глебова. Около 1760 г. население края превышало уже 26 000 человек. В 1764 г. новосербский корпус (все мужское поколение поселенцев было записано в гусарские полки) был преобразован в Новороссийскую губернию, а Славяносербия — в Екатерининскую провинцию, подчиненную Новороссийской губернии. Число поселенцев постоянно росло путем приезда новых колонистов и особенно после дозволения селиться там раскольникам. В 1789 г. в Новороссию прибыли баптисты из Пруссии, что положило начало многочисленным поселениям немецких колонистов.
Решающую роль в дальнейшей судьбе Украины сыграла русско-турецкая война (1768–1774), в которой украинские и запорожские казаки наряду с колонистами приняли активное участие. Запорожцы отличились при взятии Очакова и Кинбурна. предпринимали партизанские набеги на татарские кочевья, их флотилия успешно действовала на Днепре. В 1770 г. запорожский полковник Третяк разбил в устье Дуная турецкую флотилию, потопив 11 кораблей. В 1771 г. другой запорожец Колпак захватил Кафу (Феодосию), в 1773–1774 гг. запорожцы успешно действовали в устье Дуная. За свои заслуги кошевой был награжден медалью с брильянтами, старшина — медалями. В июле 1774 г. был заключен Кучук-Кайнарджирский мир, по которому Россия получила земли между Днепром и Бугом, Большую и Малую Кабарду, Азов, а также Керчь в Крыму. Крым был объявлен независимым от Турции.
Еще в 1769 г., после взятия Азова и Таганрога там были организованы особые казачьи полки из поселенцев, а в следующем году устроена новая Днепровская линия крепостей (св. Петра, Захарьевская, Алексеевская, Кирилловская, Григорьевская, Никитинская и Александровская). Запорожская Сечь таким образом превратилась во внутреннюю территорию Российской империи и ее судьба была решена. Уже в 1736 г. внутри самой Сечи построено было укрепление, в котором находился постоянный русский гарнизон.
Планы устройства новых поселений в южных степях, приведшие к образованию Ново-Сербии и Славяно-Сербии, встречали упорное противодействие со стороны запорожцев, считавших эти земли своей неотъемлемой собственностью. Они трижды направляли в Петербург делегации, добиваясь возврата своих земель. Наоборот, стремление многих влиятельных лиц империи получить богатые земли Новороссии побуждало их создавать отрицательное мнение о казаках. В частности, это относилось к генерал-губернатору Новороссии Г. А. Потемкину. Поддержка запорожцами гайдамаков тоже стало одним из поводов для недовольства. Запорожье было еще необходимо до той поры, пока для России представляло опасность Крымское ханство. После полного разгрома последнего этой необходимости более не существовало.
5 июня 1775 г. генерал-поручик П. А.Текелли с войском, составленным из регулярной пехоты, кавалерии и донских казаков, окружил Сечь и объявил запорожцам, что запорожское казачество упраздняется. После некоторого колебания верх одержали сторонники покорности во главе с кошевым П. Калнышевским. Сечь покорилась, и была разрушена. 5 августа 1775 г. издан был манифест, объявлявший об упразднении запорожского войска с уничтожением самого имени запорожских казаков. Им предоставлено было право зачисляться в карабинерские полки или переходить в крестьянское звание. Кошевого и некоторых других старшин Потемкин отправил в пожизненную ссылку в монастырь. вероятно опасаясь с их стороны какого-либо противодействия своим планам. Не удосужились даже проводить расследование, но Потемкин проявил «милосердие», ходатайствуя перед Екатериной о замене им смертной казни (которой по его мнению они безусловно подлежали) на вечное заточение. Калнышевский человек, ничем перед правительством не провинившийся, содержался в одиночной камере в Соловецком монастыре почти 25 лет. пока не был освобожден Александром I в возрасте 110 лет.
Вслед за ликвидацией Сечи началась щедрая раздача запорожских земель. Г. А. Потемкин. А. А. Прозоровский и А. А. Вяземский получили каждый приблизительно по 100 000 десятин. В 1775 г. Запорожье вошло в состав Новороссийской губернии.
Однако так просто ликвидировать Сечь не удалось. Большинство запорожцев под предлогом рыбной ловли и других промыслов добывали паспорта, проходили через заставы и собирались у Днепровского лимана на турецкой территории. Летом 1776 г. там собралось до 7000 этих запорожцев-беглецов, рассчитывавших основаться там под верховенством Порты. Известие об этом вызвало в Петербурге большую тревогу. Через разных посредников и агентов Потемкин начал склонять беглецов к возвращению в Россию и даже выступил с планом возобновления запорожского войска под властью императрицы на какой-либо другой территории, чтобы привлечь туда беглецов.