Украинские деятели, в том числе — религиозные — были теперь у Петра под постоянным подозрением, особенно после того как в дело царевича Алексея оказались замешанными Стефан Яворский, киевский митрополит Иосаф Краковский, архимандрит Иоанникий Сенютович. Алексей даже признал, что писал к митрополиту Иосафу в Киев, прося его поднять восстание в Украине.
Тем не менее, украинское казачество приняло активное участие в военных походах Петра I: в 1711 г. — в Прутском, в 1722 г. — в Персидском. В последнем наказным гетманом 10-тысячного казацкого корпуса был Д. Апостол. Именно его оперативные действия спасли русский отряд под командой бригадира Ветерани, занявшего резиденцию черкасского султана Махмута и оказавшегося в тяжелейшей ситуации. В награду Апостол получил от Петра портрет, украшенный бриллиантами.
После объявления о создании в 1721 г. Российской империи, в 1722 г. Петр начал реформу управления Украинского гетманства, согласно которой учреждалась Малороссийская коллегия во главе с бригадиром С. Веньяминовым. Она получала права высшего апелля-цпонного суда, а также должна была осуществлять контроль над гетманской администрацией и финансами. Украинское гетманство переводилось из ведомства Коллегии иностранных дел непосредственно в управление Сената, который распоряжался всеми российскими территориями. Украина, таким образом, формально теряла автономный статус. Новая коллегия беспрерывно вводила новые налоги — на пчельники и табачное производство, мед, воск и прочее.
Скоропадский тяжело переживал эти репрессии и умер 3 июля 1722 г. После его смерти Петр запретил избирать нового гетмана. Заявление императора было резким и безапелляционным: «Всем ведомо, что с Богдана Хмельницкого до Скоропадского все гетманы являлись изменниками, от чего много потерпело государство Русское, особенно Малороссия, и потому надобно приискать в гетманы верного и надежного человека, а пока такой найдется, определено правительство, которому надлежит повиноваться и не докучать насчет гетманского выбора».
Малороссийская коллегия во главе с Вельяминовым получила абсолютную власть. Вельяминов запрещал Черниговскому полковнику П. Полуботку, исполнявшему обязанности гетмана, без ведома коллегии посылать какие-либо универсалы к народу. Практика назначения русских офицеров на полковничьи должности получила в этот период массовый характер. Готовилось введение общеимперских законов во все учреждения Украинского гетманства. Были введены институты российских комендантов, дублирующих полномочия старшины. Продолжалась и практика использования казаков на строительных работах.
Полуботок возглавил тех, кто не был согласен с таким положением дел. Следует отметить, что левобережная старшина имела тесные родственные связи. После Полтавы украинское общество оказалось расколотым. Почти в каждой семье имелись близкие или дальние родственники «мазепинцы» — сосланные в Сибирь или находившиеся в эмиграции. Поэтому сочувствие к идеям автономистов было весьма распространено в среде старшины.
Вместе с рядом ключевых старшин Полуботок подписал челобитную к Петру с просьбой назначить выборы нового гетмана, прося также отменить сборы, введенные Малороссийской коллегией. Такое «своеволие» вывело Петра из себя. Он приказал вызвать Полуботка и его сторонников в Петербург, а там, после получения очередной петиции — бросить их в казематы Петропавловской крепости. Их имения были конфискованы, в них прошел обыск. Румянцеву было поручено провести розыск в Украинском гетманстве. Хотя он установил, что в составлении петиции рядовые казаки и население не принимали участия и таким образом старшина не могла рассчитывать на широкую поддержку, Петр желал строго наказать своевольную старшину. Высший суд готовил показательные процесс (сравнимый с делом царевича Алексея), который должен был поставить точку на автономии Украины. Но, не дождавшись суда, в декабре 1724 г. Полуботок умер от воспаления легких.
В январе 1725 г. умер и император Петр I. Его супруга Екатерина, провозглашенная императрицей, значительно смягчила положение узников. Их освободили из крепости, им вернули конфискованное имущество, но оставили в Петербурге вместе с семьями, без права выезда в Украину". Малороссийская Коллегия продолжала управлять краем, чиня серьезные злоупотребления. Взяточничество и произвол стали нормой. Впоследствии во время проведенной ревизии выяснилось, что почти половина всех доходов с Украины оседала в карманах чиновников Коллегии.
Находясь в Петербурге без права выезда. Апостол использовал время для усиления своих позиций. Он постоянно наносил визиты А. Д. Меншикову и другим влиятельным вельможам. Его сын, Павел, был в приятельских отношениях с сыном Меншикова, они даже учились в одной школе при Императорской Академии наук. Кроме того, Апостол пользовался покровительством Феофана Прокоповича, украинского духовного деятеля, епископа и вице-президента Синода.
Наконец в мае 1726 г. Екатерина согласилась отпустить Апостола на Украину. Его сын Павел остался в Петербурге заложником, а сам он был вынужден принести присягу верности в Троицком соборе.
Серьезные перемены произошли только при новом императоре Петре II. Этому способствовала внешняя ситуация. Французский король Людовик XV женился на дочери изгнанного польского короля С. Лещинского. Порта, подогреваемая Орликом, занимала враждебную России позицию, равно как и европейская коалиция (Франция, Пруссия, Голландия и Дания). Все это подтолкнуло членов Верховного Тайного Совета пойти на некоторые уступки украинской автономии. Было предложено избрать гетмана, отменить все налоги кроме тех. которые собирались на войско, а также вернуть все судебные тяжбы в украинские суды.
В начале июня 1727 г. был издан указ о перенесении управления украинскими делами из Сената обратно в Министерство Иностранных дел. Кроме того, были отменены все налоги, введенные Малороссийской коллегией. Все должно было теперь быть «по пунктам Богдана Хмельницкого». Интересно, что в Глухов это известие пришло одновременно с новостью о смерти Екатерины I и о вступлении на престол императора Петра II. Все эти новости были встречены с восторгом. Состоялся благодарственный молебен, стреляли из пушек.
Вскоре последовали новые «милости». Был введен запрет для русских вельмож приобретать землю в Украине. Кроме того. П. Толстой был снят с должности неженского полковника.
29 сентября 1727 г. была ликвидирована ненавистная всем Малороссийская коллегия и объявлен указ императора об избрании нового гетмана. Член Верховного совета Ф. Наумов должен был выехать в Украину для участия в выборах гетмана. Была подготовлена серебряная булава, инструкция, императорская грамота и форма присяги. В инструкции Наумову ситуация объяснялась без обиняков. «Что Его Императорское Величество указал в Малой России выбрать гетмана по прежнему обыкновению, однако сие от того Малороссийского народа избрание написано от лица (т. е. для вида). А в самом деле Его Императорского Величества соизволение быть гетманом миргородскому полковнику Данилу Апостолу, и чаем, что от народу не иной кто. но он Апостол по старшенству и по заслугам и ради имеющего у них кредиту избран будет… Ежели ж бы некоторые из того народа о ином ком намерение имели в гетманы обирать, в током случае ему Наумову того предостерегать, и путь к тому предуготовить, чтоб конечно его Данила Апостола, а не иного кого в гетманы народ избрал».
1 октября в Глухове состоялись формальные выборы, на которых гетманом был единогласно утвержден Данило Апостол, полковник Миргородский, бывший «мазепинец». сторонник «автономистов».
При его избрании никаких статей не подписывали. При гетмане восстановили должность резидента, с которым он был обязан совещаться в вопросах управления. В военных делах гетман был подчинен генерал-фельдмаршалу российских войск. Для большей уверенности, один из сыновей Апостола остался в Петербурге в качестве заложника.
Апостол оказался далеко не худшим кандидатом для Украины. Несмотря на преклонный возраст (ему было 73 года), он искренне хотел добиться перемен в Украинском гетманстве и по возможности восстановить автономию. Выборы гетмана вызвали большую радость в Украине. Ликвидация Малороссийской коллегии и восстановление гетманского правления воспринимались всеми как возврат к принципам, заложенным еще при Богдане Хмельницком. Украинский поэт Яков Галяховский написал поэму «Эхо радости и приветствия и благодар-ствия».
Уже 5 октября гетман провел назначение генеральных старшин (которых, правда, должен был еще утвердить император), а 9 октября в Петербург выехала делегация гетмана, которая сообщила императору о подробностях избрания и получила богатые подарки. Но. как оказалось, Апостол не собирался на этом останавливаться. Он понимал, что само восстановление гетманства даже в условиях ликвидации Малороссийской коллегии не создавало основ для новой ситуации в Украине. Ведь договорных статей, как бывало раньше при избрании гетманов, составлено не было. И было неясно, на каких условиях будет управлять гетман.