1-й отдел ГУКР «Смерш» НКО занимался агентурно-оперативной работой по центральным органам Красной армии, управлениям Наркомата обороны;
2-й отдел вёл работу среди военнопленных, представляющих интерес для органов «Смерш», осуществлял проверку военнослужащих Красной армии, бывших в плену и окружении противника;
3-й отдел отвечал за борьбу с агентурой противника (парашютистами), забрасываемой в наш тыл;
4-й отдел вёл контрразведывательную работу в тылу противника в целях выявления каналов проникновения агентуры противника в части и учреждения Красной армии;
5-й отдел осуществлял руководство работой органов «Смерш» военных округов;
6-й отдел был следственным;
отдел кадров занимался подбором и подготовкой кадров для органов «Смерш», формированием новых органов «Смерш».
На местах были организованы следующие органы «Смерш»: а) управления контрразведки НКО (Смерш) фронтов; б) отделы контрразведки НКО (Смерш) армий, округов, корпусов, дивизий, бригад, запасных полков, гарнизонов, укрепрайонов, учреждений Красной армии.
Структура местных органов «Смерша» была установлена применительно к структуре Главного управления контрразведки НКО (Смерш) и утверждалась народным комиссаром обороны.
Для обеспечения оперативной работы, конвоирования арестованных и их охраны, а также охраны мест заключения в органах «Смерш» формировались воинские подразделения: во фронтовых управлениях — батальон, в армейских отделах — рота, а в отделах контрразведки корпуса, дивизии и бригады — взвод.
Личный состав органов контрразведки «Смерш» комплектовался за счёт оперативного состава бывшего Управления особых отделов НКВД СССР и специального отбора военнослужащих из числа командно-начальствующего и политического состава Красной армии и ВМФ. Подготовка кадров для органов «Смерш» обеспечивалась путём создания специальных школ и курсов при Главном управлении контрразведки НКО (Смерш). Работникам органов контрразведки «Смерш» присваивались воинские звания, установленные в Красной армии. Они носили форму, погоны и другие знаки различия, установленные для соответствующих родов войск Красной армии.
Произошедшие структурные изменения органов контрразведки «Смерш» в 1943 г. обеспечили повышение эффективности и целеустремлённости разведывательной и контрразведывательной работы, всё более широкое применение наступательных методов в борьбе с подрывной деятельностью спецслужб противника. Произведённые изменения в организационно-штатной структуре органов военной контрразведки в 1943 г. оправдали себя и фактически не претерпели существенных изменений до конца войны.
После реорганизации большое внимание было уделено подготовке новых кадров. 15 июня 1943 г. председатель ГКО И.Сталин подписал приказ ГКО об организации школ и курсов ГУКР «Смерш». В частности, были созданы четыре постоянные школы: 1-я Московская — на 600 человек, 2-я Московская — на 200, Ташкентская — на 300, Хабаровская — на 250 человек со сроком обучения от шести до девяти месяцев и курсы с четырёхмесячным сроком обучения в Новосибирске на 200 человек и в Свердловске на 200 человек[203].
В ноябре 1943 г. Новосибирские курсы по подготовке оперативного состава были реорганизованы в школу ГУКР НКО СССР «Смерш» с четырёхмесячным, а в дальнейшем годичным сроком обучения. Всего за годы Великой Отечественной войны в Новосибирске на курсах было подготовлено около 4 тысяч военных контрразведчиков.
Проделанная в этом направлении работа позволила не просто сво-евременно восполнять безвозвратные потери, которые несли органы контрразведки «Смерш» в период войны, но и повысить качество разведывательной и контрразведывательной деятельности в боевых условиях за счёт повышения квалификации сотрудников.
После подготовки и утверждения организационно-кадровых документов председатель ГКО И.В.Сталин поручил В.С.Абакумову принять действенные меры по активизации агентурно-оперативной работы и ликвидации выявившихся в ходе войны недостатков в деятельности следственных подразделений. На основании полученных указаний ГУКР НКО «Смерш» издало необходимые директивы для подчинённых органов, а позднее направило на места инспекционные группы для проверки реализации полученных из Москвы установок.
Совместно с НКГБ ССР Главное управление военной контрразведки подготовило докладную записку в ГКО (№ 82/М от 29 апреля 1943 г.) по итогам предшествующей борьбы с агентурой противника — германской и финской разведок.
В документе отмечалось, что с начала Великой Отечественной войны было задержано 978 агентов-парашютистов. Из них на долю особых отделов приходилось 203, на войска НКВД по охране тыла действующей армии — 70 человек. Остальные были схвачены территориальными и транспортными органами. Приведённые цифры являлись как бы рубежными и отражали работу до проведённой реорганизации. В докладной записке также указывалось, что НКГБ СССР в связи с передачей борьбы с агентами-парашютистами противника в ГУКР НКО «Смерш» дал указание своим периферийным органам незамедлительно передать в военную контрразведку всех содержащихся под арестом лиц данной категории вместе со следственными делами на них[204].
В апреле 1943 г. от НКГБ СССР в ГУКР НКО «Смерш» было передано контрразведывательное обеспечение штабов партизанского движения, включая и Центральный, а также партизанских отрядов и соединений[205]. Руководитель ЦШПД П.К.Пономаренко не воспринял это решение, очевидно не осознав, что оно согласовано с Верховным главнокомандующим и даже более того — является прямым указанием последнего. Он продолжал решать все вопросы с НКГБ и его аппаратами на местах, игнорируя контрразведку «Смерш». В.С.Абакумов вынужден был 20 августа обратиться к П.К.Пономаренко с личным письмом, в котором не преминул указать следующее: «Как Вам известно, по указанию товарища Сталина, оперативное обслуживание штабов партизанского движения и борьба с агентурой противника, проникающей в эти штабы и партизанские отряды, возложена на органы контрразведки «Смерш»… В целях усиления борьбы с агентурой противника, прошу дать указание по линии штабов партизанского движения о следующем: 1. Все поступающие материалы из партизанских отрядов о задержании или явках с повинной шпионов, диверсантов, террористов, захваченных официальных сотрудников и документов немецких разведывательных органов — передавать в органы контрразведки «Смерш»; 2. По требованию органов контрразведки «Смерш» доставлять из тыла противника задержанных шпионов, диверсантов, террористов, а также официальных сотрудников и документы разведывательных и контрразведывательных органов; 3. Сообщать в органы контрразведки «Смерш» о переходах на строну партизан групп и подразделений РОА и других созданных немцами формирований. Лиц из этих формирований, интересующих органы контрразведки, доставлять на нашу сторону по требованию органов контрразведки «Смерш». Руководитель ЦШПД незамедлительно отреагировал, но достаточно своеобразно. В ответном письме В.С.Абаку-мову он указал, что штабы партизанского движения сами ведут борьбу со шпионажем со стороны немецких спецслужб, а «Смерш» пусть работает в войсках.
Противостояние ГУКР НКО «Смерш» и ЦШПД продолжалось несколько месяцев. Конец ему положило решение ГКО. Здесь следует отметить, что на основании информации о серьёзных недостатках в практической и организационной деятельности ЦШПД, подготовленной в основном Главным управлением военной контрразведки, руководство страны посчитало излишним дислоцирование в Москве республиканских штабов партизанского движения, а в середине января 1944 г. ГКО постановил ликвидировать сам Центральный штаб[206]. В последнем случае также не обошлось без информации ГУКР НКО «Смерш».