Первое восстание произошло всего через несколько дней после переворота, когда нуристанцы узнали, что НДПА убила Абдул-Кадыра Нуристани, министра внутренних дел и члена их общины. Национальные политические организации в сельской местности практически отсутствовали, и большая часть восстаний начиналась традиционным способом. В ответ на какие-либо действия режима влиятельный мулла или другой религиозный деятель произносил проповедь, призывающую к джихаду, после чего местные мужчины собирали все оружие, которое могли найти. Затем они захватывали местные правительственные учреждения – такие, как полицейские посты и школы.
Для поддержания этих восстаний требовалась внешняя помощь, которая поступала в основном от афганских группировок, созданных в соседних районах Пакистана. Большая часть политического руководства располагалась в Пешаваре, столице Северо-Западной пограничной провинции Пакистана, ныне называемой Хайбер-Пахтунхва.
Исламистские группировки из Афганистана искали в Пакистане убежища от репрессий президента Дауда еще в начале 1970-х гг. и по наущению Пакистана организовали в 1975 г. неудачное восстание. Пакистан и после этого приберегал исламистских лидеров на случай нужды.
Ядром этого политического течения стало изгнанное руководство исламистского движения из Кабульского университета, возглавляемое Бурхануддином Раббани, преподавателем шариата. Основную часть студенческого движения составляла организация «Джаванан-и мусульман» («Мусульманская молодежь»), в то время как Раббани возглавлял преподавателей и прочих своих последователей, объединенных в организацию «Джамиат-и ислами» («Исламское общество»). Главными военными лидерами, осевшими в Пакистане, были Гульбеддин Хекматияр, пуштун, принадлежащий к племени хароти из провинции Кундуз на границе с Таджикистаном, студент инженерного факультета, и Ахмад-шах Масуд из Политехнического института, таджик из Панджшерской долины. Хекматияр, который провел несколько лет в тюрьме за убийство сокурсника-маоиста, порвал с Раббани, чтобы основать свою собственную организацию «Хизб-и ислами» («Исламская партия»), оставив «Джамиат» преимущественно таджикской партией. Среди других лидеров в пакистанском изгнании были Мавлавис Юнус Халис и Джалалуддин Хаккани, которые окончили медресе Хаккания в Северо-Западной пограничной провинции Пакистана, центре воинствующего крыла деобандистского движения. Оба были из Восточного Афганистана: Халис – хугиани из Нангархара, а Хаккани принадлежал к племени задран в Хосте.
Пока премьер-министром Пакистана был Зульфикар Али Бхутто, боевиками руководил министр внутренних дел Насирулла Бабар, близкий друг Бхутто, но после того, как в июле 1977 г. генерал Зия успешно осуществил правительственный переворот, он поставил афганских боевиков под надзор Межведомственной разведки ISI, возглавляемой генералом Ахтаром Абдулом Рахманом.
Эти исламистские политические группы почти полностью состояли из молодых людей, родившихся в сельской местности и получивших образование в столице. После переворота они начали посылать эмиссаров с оружием для организации восстаний в своих родных сельских районах. В одних местах они развивали или брали под контроль уже начавшиеся восстания, в других возглавляли мятежи с самого начала.
На востоке и юге восстания в основном организовывались племенами под руководством священнослужителей, и за организацией и поддержкой они обращались к духовным лидерам. Две наиболее важные суфийские семьи обосновались в Пешаваре и Исламабаде: Сайид Ахмад Гайлани, потомок Абдул-Кадира Гайлани (аль-Джилани), основателя ордена, названного в честь него в двенадцатом веке, был пиром (духовным лидером) ордена Кадирийя. В 1905 г. его отец эмигрировал из Османской Месопотамии (Ирак) в Афганистан по приглашению эмира Хабибуллы, который предоставил ему землю в Нангархаре. Он назвал свою организацию (танзим) Национальным исламским фронтом (Махаз) за свободу (Азади) Афганистана (НИФА). Дочь Гайлани, Фатима, стала единственной женщиной, которая представляла афганских моджахедов публично и на международном уровне. В 2004 г. она стала президентом Афганского общества Красного Полумесяца, а позже присоединила его к Международной федерации обществ Красного Креста и Красного Полумесяца (МФКК).
Семья Себгатуллы Моджаддеди, почти полностью уничтоженная халькистами, возглавляла орден Накшбанди. Старший член семьи Моджаддеди всегда занимал пост Хазрат-и Шор Базар, главы медресе на Шор Базаре в Кабуле. До создания шариатского факультета Кабульского университета это было самое влиятельное исламское учебное заведение страны. Глава этого медресе традиционно подтверждал исламскую легитимность правителей Афганистана. Группа Моджаддеди, в которую входила семья Карзай, взяла название Национальный исламский фронт (Джаб-ха) за спасение (Ниджат) Афганистана. Чтобы добавить путаницы – партия Гайлани была известна на английском языке под аббревиатурой NIFA, в то время как партия Моджаддеди называлась сокращением на персидском/пушту «Джабха».
Другим ресурсом боевиков были сельские частные медресе, в основном деобандистского толка, ученики которых во главе со своими учителями сформировали «Талибан» (множественное число от арабского слова «студент»). Некоторые из них, такие как мулла Мухаммад Омар, позже возглавили движение «Талибан». Мавлави Мухаммад Наби Мухаммади, глава важного деобандистского медресе в провинции Логар, возглавлял организацию, имевшую название Движение исламской революции («Харакат-и инкилаб») Афганистана. «Харакат-и инкилаб» представлял интересы сельских улемов и талибов. Когда США решили предоставлять через партии моджахедов помощь в области здравоохранения и образования, они попросили их совместно управлять соответствующими программами, чтобы сократить административные расходы. Эти три группы (Гайлани, Моджаддеди, Мухаммади) объединились в «умеренные националистические» организации, обычно называемые «Иттихад-и сех», «Союз трех».
Юнус Халис основал воинствующую группировку деобандистов, отколовшуюся от группы Хекматияра, которая была известна как «Хизб-и ислами» (Халис). У нее было два крыла: племенное и духовное. Ее главным духовным лидером был Джалалуддин Хаккани. Халис был руководителем молитвенных собраний и проповедником в мечети клана Ареала, ведущей семьи ветви Джаббархель племени ахмадзай, на которую долгое время возлагалась ответственность за обеспечение безопасности участка дороги Пешавар – Кабул вокруг Джелалабада. Лидеры этого клана стали влиятельными полевыми командирами. Один из его членов, Абдул Хак, казненный талибами в 2001 г., действовал как в Нангархаре, так и в Кабуле, где организовал подпольную сеть. Старший брат Хака, Хаджи Абдул Кадир, участвовал в переговорах в Бонне (до того, как вышел из них в знак протеста против «недопредставленности» пуштунов) и занимал пост первого вице-президента у президента Карзая, пока не был убит неизвестными, напавшими на него в июле 2002 г. Хаджи Дин Мухаммад, еще один брат, который затем взял на себя руководство семьей, был назначен губернатором Нангархара, потом провинции Кабул, а затем стал исполняющим обязанности главы Высшего совета мира.
Сын Хаккани Сираджуддин стал в июле 2015 г. заместителем лидера талибов после объявления о смерти муллы Омара (сообщается, что Омар погиб в апреле 2013 г.). Когда афганская правительственная делегация встретилась для ведения переговоров с делегацией талибов в Мурри (Пакистан) в июле 2015 г., Дин Мухаммад возглавлял правительственную делегацию, в то время как младший брат Джалалуддина Хаккани, Ибрагим, был одним из трех делегатов талибов.
И, наконец, Абд аль-Рабб аль-Расул Сайяф, получивший саудовское образование преподаватель с факультета шариата Кабульского университета, исповедовавший салафитский («ваххабитский») ислам, сформировал финансируемую в основном из Саудовской Аравии партию, известную как «Иттихад-и ислами» («Исламский союз»). Сегодня «ваххабитская» принадлежность Сайяфа сошла на нет, и он является в Кабуле видным политиком и парламентарием, известным своими исламскими обвинениями в адрес талибов. Эти четыре партии – «Хизб» (Хекматияр), «Хизб» (Халис), «Джамиат» и «Иттихад» – объединились в «исламистскую» партийную коалицию, известную как «Иттихад-и чахр», «Союз четырех».
Таковы были семь суннитских организаций, официально признанных Пакистаном. Пакистан публично обращался с ними как с представителями афганских беженцев, в то время как разведывательная служба ISI использовала их в качестве каналов для поставок моджахедам оружия и другого снабжения.
В Хазараджате спешно сформированные подразделения под командованием Саида Джаграна, майора армии в отставке, в 1979 г. отразили попытки халькистов войти в этот район. Хазарейцы создали свою собственную администрацию, первоначально возглавляемую местной знатью и духовенством. Они назвали ее «Шура-и иттифак-и ислами» («Совет исламского единства»). Молодым активистам, вдохновленным иранской революцией и поддержанным Тегераном, в конце концов удалось вытеснить большую часть традиционалистов. Они распространили свое влияние на общины хазарейцев в Кабуле и Мазари-Шарифе, однако шиитские партии приобрели национальную известность в основном после вывода советских войск. В Хазараджате происходило не так много боевых действий, поскольку в нем нет ни одного крупного города, к тому же он находится далеко от кольцевой дороги. Некоторые маршруты снабжения моджахедов, шедшие из Пакистана в Северный Афганистан, пересекали этот регион, и местные власти получали прибыль, взимая соответствующие налоги.
Небольшая, но эффективная группа городских шиитов – но не хазарейцы, а в основном кызылбаши и сайиды, основала Исламское движение («Харакат-и ислами») Афганистана, возглавляемое аятоллой Мухаммедом Асифом Мухсини из Кандагара, который до своей смерти в 2019 г. был в Кабуле видным лидером и ректором финансируемого Ираном университета. Исламское движение участвовало в городских операциях во главе со своим командиром Сайидом Хусейном Анвари, который участвовал в Боннской конференции в качестве члена делегации Объединенного фронта, а затем некоторое время занимал пост губернатора Герата. Анвари сорвал Лойя Джиргу, созванную Наджибуллой в 1987 г., выпустив по ней ракету.
Традиционные группы хазарейцев имели штаб-квартиру в Кветте (Пакистан), где проживает значительное хазарейское население, состоящее в основном из потомков хазарейцев, бежавших от порабощения Хазараджата эмиром Абдуррахман-ханом в конце XIX в. Группы шиитских моджахедов также имели некоторое представительство в Иране, но во время советского присутствия в Афганистане Иран был занят защитой страны и революции от войны, развязанной иракским режимом Саддама Хусейна, которого поддерживали как суннитские арабские государства, так и США. Только после окончания ирано-иракской войны в августе 1988 г., когда советские войска уже выводились, Иран обратил свое внимание на Афганистан. С помощью Тегерана шиитские партии стали играть после вывода советских войск заметную роль в Кабуле и Мазари-Шарифе, став там влиятельными политическими акторами. В то время, в преддверии переговоров о новом правительстве в Кабуле, Тегеран спонсировал коалицию из восьми групп, которые впоследствии объединились в «Хизб-и вахдат» («Партия единства»). Ее первый лидер, Абдул Али Мазари, в июле 1995 года умер при невыясненных обстоятельствах в тюрьме у талибов. Его преемниками стали Карим Халили, лидер из Бамиана, который занимал пост вице-президента как при Хамиде Карзае, так и при Ашрафе Гани, и Мухаммад Мухаккик, член парламента и кандидат в вице-президенты вместе с доктором Абдуллой Абдуллой. После 2014 г. Мухаккик стал заместителем Абдуллы.
Что примечательно, так это отсутствие какой-либо организации, представляющей афганский национализм. Пуштунская националистическая партия «Афган меллат» («Афганская нация») скромно присутствовала в Пешаваре под покровительством Гайлани. Анвар-уль-Хак Ахади, женившийся на Фатиме Гайлани, был лидером партии в течение нескольких лет. Супруги участвовали в Боннских переговорах в качестве членов Пешаварской группы. Ахади, который работал банкиром и профессором политологии в США, позже занимал посты президента Центрального банка, министра финансов и министра транспорта.
В 1983 году группа афганских интеллектуалов и высокопоставленных представителей племен попыталась созвать в Пешаваре Лойя Джиргу. Они хотели, чтобы Захир-шах председательствовал на этом собрании и возглавил национальное сопротивление. Пакистан, однако, запретил открытую афганскую националистическую деятельность, включая попытки созвать Лойя Джиргу, и отказался выдавать визы любым членам королевской семьи.
Афганский национализм неотделим от воспоминаний о том, как британцы лишили эмира Якуб-хана земель к востоку от линии Дюранда и как Пакистан, «выдуманное» государство, включил их в состав своей территории. Пакистан, в особенности после потери Восточного Пакистана в 1971 г., не был готов допустить, чтобы в его пределах действовало какое-либо движение с ирредентистскими устремлениями. Напротив, он стремился использовать полученные ресурсы, чтобы помочь США противостоять Советскому Союзу и превратить Афганистан из националистического государства, находящегося в конфликте с Пакистаном, в исламское государство, являющееся клиентом Пакистана.
Доктрина, в соответствии с которой служба ISI осуществляла эту стратегию, заключалась в поиске стратегического тыла для Пакистана в его противостоянии с Индией. В соответствии с доктриной «стратегической глубины», если Индия нападет на Пенджаб и пакистанской армии придется отступить, она сможет использовать Афганистан в качестве тыловой базы или даже перебросить туда некоторые активы. (Часто говорят, что развитие ядерного сдерживания между Индией и Пакистаном сделало «стратегическую глубину» неуместной, но элементы этой доктрины сохраняются до сих пор.) Следовательно, Пакистан хотел поддержать сильное исламское движение сопротивления против СССР, получающее помощь от США, Саудовской Аравии и Китая, возглавляемое религиозными или исламскими лидерами и отличающееся предпочтительно панисламистскими тенденциями. Он предпочитал радикальных лидеров, выступающих против восстановления королевского режима или предоставления какой-либо роли в текущей борьбе бывшему королю, поскольку их не занимали обиды на Пакистан, братскую мусульманскую страну.