Политика красного террора выражалась в жестоком подавлении контрреволюционных выступлений и мятежей, уничтожении любых попыток сопротивления и саботажа, помещении врагов революции в трудовые лагеря, взятии в заложники представителей буржуазии и их расстрел в случае проведения антибольшевистских акций и других формах массового насилия. Эти меры не являлись особенностью большевистской политической программы. Подобные действия не менее активно практиковались в войсках и тылу как белого движения, так и иностранных интервентов.

Помимо провозглашения политики массового террора, история Фанни Каплан имела и сугубо криминологическое продолжение. Учитывая, что следствие по делу о покушении так и не было окончено, в последующее время стали появляться различные версии случившегося, как имеющие под собой фактологическую основу, так и откровенно фантастические. Здесь стоит остановиться только на тех случаях, которые обогащают или обоснованно опровергают отдельные детали преступления.

Так, скорее домыслом является предположение о соучастии в преступлении председателя ВЦИК Свердлова в качестве главного заказчика. Быстрая публикация якобы заранее подготовленного воззвания ВЦИК, амбиции Свердлова и его стремление к власти являются все-таки косвенными свидетельствами и не могут подтвердить прямую заинтересованность Свердлова в произошедшем.

В числе гипотез, достойных обсуждения, можно отметить мнение о возможной непричастности Каплан к покушению на Ленина. В ее подтверждение обычно приводят аргумент о плохом зрении Каплан и недостаточно хорошей видимости в вечернее время, когда произошли роковые события. Доводы о слабом зрении Каплан опровергаются свидетельствами о перенесенной ею операции на глазах осенью 1917 года, а также о последующей ее работе на крымских курсах по подготовке работников в земства, где ей приходилось иметь дело с документами. Работа с бумагами лишний раз подтверждает улучшение зрения после проведенной операции. Более того, при обыске среди ее личных вещей отсутствовали очки, которые, казалось бы, должны были стать повседневной вещью при возможных проблемах со зрением. Вечернее время также не может поставить под сомнение причастность Каплан к покушению. Покушение, по-видимому, произошло в промежутке с 19.30 по 20.00 часов. С учетом состоявшегося в мае перехода на летнее время в эти часы сумерки еще не наступили, видимость была хорошей.

Следующей деталью, создавшей некоторые сложности при расследовании преступления, стало использованное оружие — браунинг. Оружие не сразу было обнаружено, только 2 сентября, спустя сутки после опубликования в «Известиях» объявления о поисках пистолета, один из рабочих принес его следователям. В семизарядном браунинге оставалось четыре патрона. Картина сложилась: из семи возможных патронов три были расстреляны, в магазине осталось еще четыре. Однако на месте покушения следователи ранее подобрали четыре гильзы, что говорило не о трех выстрелах, а о четырех. Такое вполне могло случиться, так как во время нападения на Ленина громко работал двигатель служебного автомобиля, поскольку Гиль его завел и приготовился к поездке, увидев возвращающегося с митинга Ленина. При работе двигатель издавал резкие звуки, поэтому не причинивший никому вреда четвертый выстрел мог быть попросту не услышан.

Но если выстрелов было четыре, как в семизарядном браунинге могло остаться четыре нерасстрелянных патрона? Эта проблема также была решена. Достаточно знать, что конструкция пистолета позволяла загнать патрон в ствол и дополнить освободившееся место в магазине еще одним патроном. Так браунинг мог вмещать восемь готовых к использованию патронов. Каплан давно знала об этой особенности: при ее задержании после случайного взрыва в киевской гостинице при подготовке к покушению на генерал-губернатора в 1906 году у Каплан обнаружили именно браунинг, заряженный восемью патронами.

История с двумя попавшими в Ленина пулями развивалась неожиданным образом. Согласно медицинскому обследованию, результаты которого были зафиксированы в день покушения в официальном бюллетене № 1 от 30 августа 1918 года в 11 часов вечера, «Констатировано 2 слепых огнестрельных поранения; одна пуля, войдя над левой лопаткой, проникла в грудную полость, повредила верхнюю долю легкого, вызвав кровоизлияние в плевру, и застряла в правой стороне шеи, выше правой ключицы; другая пуля проникла в левое плечо, раздробила кость и застряла под кожей левой плечевой области, имеются налицо явления внутреннего кровоизлияния. Пульс 104. Больной в полном сознании. К лечению привлечены лучшие специалисты-хирурги».

В апреле 1922 года в ходе операции, проведенной в московской Боткинской больнице, одна пуля была извлечена. В описании операции содержится упоминание внешнего вида извлеченной пули: «…пуля, извлеченная из раны, оказалась размером от среднего браунинга (из медзаключения). Пуля крестообразно надрезана через всю толщу оболочки по протяжению всего корпуса… Пуля приложена к делу. Предъявляется сторонам для осмотра. После операции Ленин пожелал ехать домой, однако же врачи уговорили его потерпеть до завтра и определили на второй этаж, в палату № 44».

Крестообразный надрез на свинцовой пуле породил версию о предварительном нанесении на нее некоего яда. В эсеровской террористической практике известны рекомендации использовать яды и заразные бактерии для отравления пуль. Высказывались мнения об использовании при покушении на Ленина яда кураре, приготовляемого из коры южноамериканского растения Strychnos toxifera. Однако наличие надрезов не свидетельствует о том, что их нанесли намеренно: такие царапины вполне могли появиться при прохождении пули в стволе пистолета. Но даже если предположить использование отравленных пуль, после воздействия на них при выстреле высоких температур нанесенный яд мог потерять свои опасные свойства и не причинить вреда.

Новые обстоятельства покушения открылись после издания в феврале 1922 года брошюры «Военная и боевая работа Партии социалистов-революционеров в 1917–18 гг.». Ее автором стал бывший глава центрального боевого отряда партии эсеров Семенов. К тому времени он перебрался в стан большевиков и был привлечен к деятельности разведывательного управления РККА. В брошюре Семенов разоблачал своих бывших соратников по партии эсеров и подробно рассказывал о работе партийной террористической группы в 1918 году. Согласно его информации, после успешного покушения на Володарского внимание группы было сосредоточено на слежке за лидерами большевиков — Лениным и Троцким. Последний находился в постоянных разъездах между фронтом и столицей, поэтому главной целью группы Семенова стал председатель Совнаркома. Террористы хорошо изучили регулярные маршруты его передвижения и только выбирали удачный момент. Организацию нападения на Ленина Семенов возложил на Л. В. Коноплеву, а непосредственным исполнителем покушения стала Каплан.

Вечерами пятницы руководители Советского государства по традиции выезжали на митинги рабочих. Террористам это было известно, поэтому 30 августа 1918 года они распределили основные силы между крупными заводскими митингами столицы. На наиболее вероятное место прибытия Ленина — завод Михельсона — отправили Каплан и проверенного боевика, рабочего В. А. Новикова. По словам Семенова, последнему удалось по окончании митинга создать благоприятные условия для выстрела: «Новиков нарочно споткнулся и застрял в выходной двери, задерживая несколько выходящую публику. На минуту между выходной дверью и автомобилем, к которому направился Ленин, образовалось пустое пространство».

Участие Новикова в покушении косвенно подтвердил и водитель Ленина Гиль, вспомнив неизвестного мужчину, бежавшего к уже лежащему вождю: «В эту секунду поднимаю голову и вижу, что из мастерской бежит к нам какой-то мужчина в матросской фуражке. Левой рукой он неистово размахивал, а правую держал в кармане. Бежал он стремглав, прямо на Владимира Ильича. Его фигура и весь его вид показались мне крайне подозрительными, и я закрыл собой Владимира Ильича, особенно его голову, почти лег на него». Неизвестный за несколько шагов до Ленина и защищавшего его Гиля резко повернул в сторону и скрылся за заводскими воротами. С незнакомцем связывали также боевика Протопопова, которого наряду с Каплан и несколькими другими задержанными арестовали в тот же день (по всей видимости, не на месте преступления). На следующий день Протопопова по неизвестным причинам расстреляли без предъявления обвинения.

Присутствие в момент совершения преступления других эсеров-боевиков породило мнение о том, что в Ленина стреляла не Каплан, а те же Новиков, Протопопов или Коноплева. При этом подчеркивалось, что последняя лучше подходила на роль стрелка, нежели Каплан. Опытная и расчетливая, Коноплева вполне могла сделать несколько выстрелов из обступившей Ленина толпы и скрыться от преследователей. Косвенно такой вариант опять-таки подтвердил Гиль в показаниях, данных им сразу после покушения. В отличие от более поздних свидетельств, выверенных, приглаженных и в точности совпадающих с официальной позицией, в первоначальных показаниях Гиль говорил о «протянувшейся из-за нескольких человек женской руке с браунингом». Гиль стрелявшую не видел, а потому на эту роль вполне могла подойти и Коноплева.

Публикация воспоминаний Семенова вызвала расследование террористической деятельности эсеров. В отношении названных Семеновым партийцев производились аресты и допросы — они становились фигурантами развернувшегося расследования. С 8 июня по 7 августа 1922 года в Колонном зале Дома Союзов проходил процесс над правыми эсерами. Судебное разбирательство вел Верховный революционный трибунал РСФСР. В рамках этого нового процесса дело Каплан значилось в качестве важного свидетельства террористической деятельности эсеров. Среди подсудимых находились зачинатель процесса Семенов и его боевая соратница Коноплева. По итогам разбирательства трибунал приговорил их к расстрелу, но, приняв во внимание раскаяние в совершенных преступлениях, освободил от наказания. Вероятно, на решении сказалась активная работа бывших эсеров в партийных, гражданских и военных советских структурах.

В постсоветское время к расследованию этого громкого преступления вернулись снова. В 1992 году на очередной волне реабилитаций Генеральная прокуратура возобновила проверку причастности Каплан к покушению. В ходе проверки следователи провели разного рода экспертизы, в рамках которых исследовали извлеченные пули, найденный спустя несколько дней после роковых событий браунинг, простреленные пальто и пиджак Ленина, документальные и фотографические материалы дела. В результате проведенных исследований подтвердилось, что калибр пуль соответствовал калибру пистолета, выстрелов было четыре, и все они были произведены из имеющегося браунинга. При таких условиях стрельбу мог вести только один человек. Заслуживающих доверия свидетельств о причастности непосредственно к покушению других лиц, кроме Каплан, следствие не обнаружило.