В ходе допросов следствие выявило бывших партийных оппозиционеров Соколова, Румянцева, Юскина, Ханика, Толмазова и других, которые, по версии следствия, выражали антисоветские взгляды и вели активную подрывную работу. Во многом условно следствие объединило их в «контрреволюционную террористическую подпольную группу», стоявшую на позициях троцкистско-зиновьевского блока. По представлению следователей, в группе действовали Ленинградский и Московский центры, задачей которых стояло устранение ключевых партийных фигур: Кирова в Ленинграде и Сталина в Москве. Так по итогам напряженной работы следствие расчертило роли подозреваемых.

Для лучшего понимания ситуации уместно вспомнить историю внутрипартийной борьбы в 1920-х годах. Еще в последний год жизни Ленина в партии наметилось противостояние Троцкого и триумвирата управленцев — И. В. Сталина, Г. Е. Зиновьева и Л. Б. Каменева. В руках последних находились основные рычаги управления партией и страной. Выступая против такой концентрации власти, в декабре 1923 года Троцкий опубликовал в газете «Правда» несколько статей под общим названием «Новый курс». В них он обосновывал необходимость решать партийные и государственные дела на коллективной основе, высказывался о замене «оказенившейся и обюрократившейся части партаппарата свежими силами». Обновленческая риторика Троцкого вызвала резкое неприятие его противников-сопартийцев, поддерживавших идею о единстве партии и ограничении демократических методов в решении партийных вопросов. На собраниях и съездах партии сторонники Троцкого подверглись острой критике и потерпели поражение.

Вскоре противоречия возникли и внутри правящего триумвирата. Каменев и Зиновьев выразили недовольство подходом к реформации сельского хозяйства и идеей Сталина о построении социализма в отдельной взятой стране. Высказывали они и претензии к порядку руководства партией и страной. Их сторонники открыто порицали процесс бюрократизации партийного аппарата. На почве возникших разногласий последователи Каменева и Зиновьева сблизились с троцкистами и составили объединенную внутрипартийную оппозицию.

Тем не менее на пленумах ЦК партии в июле и октябре 1926 года правящая группировка одержала победу. Троцкий, Зиновьев и Каменев были исключены из ЦК Политбюро. В 1927 году в составе ЦК уже не осталось ни одного сторонника оппозиции, а Троцкий, Зиновьев и Каменев были показательно исключены из партийных рядов: в декабре 1927 года на съезде партии их взгляды были признаны несовместимыми с членством в ВКП(б).

Это решение стало отправной точкой для исключения из партии многих тысяч оппозиционеров. После покаяния членство в ВКП(б) Зиновьева, Каменева и некоторых иных бывших приверженцев оппозиции было восстановлено. Троцкого же принудительно отправили сначала в Алма-Ату, а затем и вовсе выслали за пределы Советского Союза.

К декабрю 1934 года в партийных рядах все еще оставалось немало бывших оппозиционеров, продолжавших высказываться против политического курса партийного руководства. Было очевидно, что они могут в любой момент возобновить противостояние, бросив вызов центральной власти. Руководству партии и страны был нужен только повод, чтобы устранить политических конкурентов. Такой повод у них появился после нападения на Кирова. Обнаружение связей убийцы с приверженцами оппозиционных взглядов позволило целенаправленно развивать версию о происках троцкистско-зиновьевской группы. Тем временем в прессе выстрелы в Смольном практически сразу подавались как провокация, направленная на свержение партийной верхушки.

Судя по протоколам допросов, следствие активно проверяло версию о связях Николаева и его соучастников с консульскими ведомствами иностранных государств. Николаев показал, что несколько раз встречался в Ленинграде с консулом Латвийской Республики Биссенексом. По его словам, в ходе этих встреч он предлагал консулу письменные материалы с описанием положения дел в Советском Союзе, рассчитывая на их публикацию в иностранной печати, просил связать его с Троцким и получил от консула 5000 рублей на контрреволюционную деятельность. С аналогичными намерениями Николаев якобы обращался в Германское и Английское консульства, но по разным причинам его попытки не привели к желаемому результату.

Супруга Николаева, Матильда Драуле, вспомнила на допросе, что Николаев одно время искал старый латвийский паспорт ее умершего отца П. П. Драуле. Паспорт ему был нужен якобы для создания у консула впечатления о своих латвийских корнях. Эти сведения стали достаточным основанием, чтобы потребовать у Риги выслать Биссенекса из пределов СССР в течение 48 часов. Латвийская сторона это требование выполнила, но назвала показания Николаева голословными. Биссенекс был осужден и расстрелян за причастность к убийству Кирова в 1941 году, после того, как Латвия вошла в состав Советского Союза.

Имя супруги Николаева появилось в еще одной версии случившегося. Высказывалось мнение, что мотивы преступления выглядят как банальный «любовный треугольник». Приверженцы этой точки зрения ссылались на известную в народе популярность Кирова у женщин и его взаимную к ним расположенность. Драуле работала в ленинградском обкоме партии и вполне могла приглянуться своему начальнику; в свою очередь, эта связь могла вызвать у Николаева ревность и стать причиной преступления. На самом же деле какое-либо документальное подтверждение этой версии отсутствовало. К тому же она не вписывалась в официальную картину и потому всерьез никогда не рассматривалась. Версия о работе троцкистско-зиновьевской группы в политическом плане выглядела намного более перспективной. Неудивительно, что именно она быстро стала доминировать и легла в основу обвинения.

Ради ускорения рассмотрения дела 1 декабря 1934 года, непосредственно в день убийства, Президиум ЦИК СССР путем опроса принял протокольное постановление об изменении уголовно-процессуальных кодексов союзных республик в части порядка ведения дел о подготовке или совершении террористических актов. Возможно, что на деле это постановление было принято «задним числом», чтобы распространить его действие на расследование убийства первого секретаря Ленинградского обкома.

Постановление содержало пять «убийственных» пунктов: «1. Следствие по этим делам заканчивать в срок не более десяти дней. 2. Обвинительное заключение вручать обвиняемым за одни сутки до рассмотрения дела в суде. 3. Дела слушать без участия сторон. 4. Кассационного обжалования приговоров, как и подачи ходатайств о помиловании, не допускать. 5. Приговор к высшей мере наказания приводить в исполнение немедленно по вынесении приговора». Власти откровенно спешили с наказанием лиц, вовлеченных в убийство Кирова.

28 и 29 декабря 1934 года в Ленинграде военная коллегия Верховного суда СССР под председательством В. В. Ульриха рассмотрела в закрытом судебном заседании дело Николаева и еще 13 подсудимых, обвиняемых в подготовке и совершении террористических актов, направленных против представителей советской власти (ст. 58–8 и 58–11 УК РСФСР). По версии обвинения все подсудимые относились к «Ленинградскому центру» контрреволюционной зиновьевской организации. В обвинительном заключении, подготовленном Прокуратурой СССР, содержалось краткое описание преступных целей подсудимых: «Предварительным следствием установлено, что основной задачей подпольной антисоветской террористической группы являлось стремление дезорганизовать руководство Советского правительства путем террористических актов, направленных против главных руководителей Советской власти, и добиться таким путем изменения нынешней политики в духе так называемой зиновьевско-троцкистской платформы. Потеряв всякую надежду на поддержку масс, представлял собой замкнутую и политически обреченную антисоветскую группу, ее участники, ввиду безнадежности осуществления своих целей, встали на путь прямого террора». По словам подсудимого Ханика, основной целью преступной группы являлась ликвидация высшего советского руководства: Сталина, Молотова, Кагановича и Кирова.

Во время судебного допроса Николаев подтвердил показания, данные им в ходе предварительного следствия, и признал свою вину в участии в антисоветской организации и совершении террористического акта. Большинство подсудимых также подтвердили причастность к контрреволюционной зиновьевской группе, но отрицали вовлеченность в террористическую деятельность. Роль же тех, кто все-таки признался в подготовке террористического акта, на поверку оказалась опосредованной. К примеру, подсудимый Юскин объяснил свою вину тем, что проявил бездействие, услышав слова Николаева о намерении устранить Кирова: «Я не принял мер, когда услышал фразу Николаева, стало быть, я участник преступления».

Категорическое несогласие с обвинением об участии в преступлении высказал подсудимый Котолынов. В последнем слове он призвал суд подробно разобраться в обстоятельствах дела и принять справедливое решение: «Я, товарищи, заявляю с полной ответственностью, что все, что у меня было, все жало [язвительное чувство. — Прим. автора], которое было приобретено, я его выпустил, но в организации убийства т. Кирова, в организации террористической группы я не виноват, я не виноват абсолютно. Сами понимаете — нет смысла мне скрывать это, потому что я прекрасно понимаю, что, если мне суд не поверит, если мне партия не поверит, если пролетарское государство не поверит, я знаю, чем кончится. И несмотря на это, мне либо врать, что была такая группа, что я разговаривал с Николаевым, или сказать правду. Этого у меня не было. Я любую кару могу принять на себя, доказать партии и пролетарскому государству, но ни о какой пощаде я не молю, и я требую сурового наказания, но в этом убийстве я не участвовал, и в этом заключается моя трагедия». По показаниям остальных подсудимых Котолынов непосредственно руководил подготовкой к убийству Кирова.

29 декабря 1934 года суд вынес обвинительный приговор всем подсудимым без исключения и назначил им высшую меру наказания — расстрел. Приговор был приведен в исполнение незамедлительно, спустя всего час после его оглашения.

На судебном процессе неоднократно звучали фамилии Зиновьева и Каменева как идейных вдохновителей и организаторов контрреволюционной работы в партии. Следствие определило их в состав «Московского центра» зиновьевской организации и туда же причислило многих представителей партийной оппозиции второй половины 1920-х годов: Г. Е. Евдокимова, И. П. Бакаева и других.

Суд над членами «Московского центра» состоялся 15 и 16 января 1935 года. В судебном заседании Зиновьев в очередной раз покаялся в надежде максимально смягчить наказание:

«На скамье подсудимых сидит нас много, больше 15 человек, с различными биографиями. Среди нас много таких, которые в рабочем движении участвовали немалое количество лет. Многое они делали по доверию ко мне, и я за это, конечно, должен себя казнить… Свою задачу в этой стадии я вижу в том, чтобы до конца чистосердечно и искренне перед судом рабочего класса раскаяться в том, что я понимаю как ошибку и преступление, и рассказать это так, чтобы это кончилось раз и навсегда с данной группой…»