За период своего существования военно-полевые суды вынесли 1102 смертных приговора, что почти в два раза больше, чем все суды России за предшествующие 80 лет (с 1825 по 1905 года было вынесено 625 смертных приговоров по политическим преступлениям). За период же с 1906 по 1911 годы военно-полевые и военные суды совместно вынесли 5735 смертных приговоров, порядка 66 тысяч человек приговорили к каторжным работам. В радикально настроенных кругах широко распространилось устойчивое выражение «столыпинский галстук». Оно означало веревку с петлей для виселицы, поскольку смертные приговоры приводились в исполнение преимущественно через повешение. Эти слова подчеркивали бескомпромиссную жесткость методов председателя имперского правительства.
На других преобразованиях Столыпина так или иначе лежал отпечаток первой русской революции. Даже в программной реформе крестьянского землевладения звучал мотив снизить радикальные настроения среди сельских жителей. Так, разрушение общины и выделение домохозяевам части общинных земель стимулировало их проявлять большую заботу и радение за своим хутором или отрубом и снижало интерес к участию в антиправительственных выступлениях. Взятый государством курс на переселение части крестьянства на пахотные земли Сибири также способствовал некоторой разрядке социального напряжения в центральных регионах страны. Предпринимаемые правительством меры лишали опоры радикально настроенные политические группы. Критика при этом раздавалась как с левого, так и правого краев политической системы. Социалисты оказались недовольны ускользающей возможностью разжечь огонь революции. Монархисты, в свою очередь, высказывали претензии к ограничению прав высшего сословия на управление и собственность в угоду низшим слоям населения.
Столыпин оказался между молотом и наковальней. Его фигура стала объектом вооруженного преследования. В целях предотвращения нападений ему пришлось принимать срочные меры. Благодаря жесткому контролю за подрывной деятельностью, попытки «боевых дружин» и «летучих отрядов» устранить председателя Совета министров во многом предотвращались задолго до активных действий с их стороны. Исключение составило покушение в Киеве. Оно отличалось от предыдущих нападений тем, что его готовил одиночка. Это позволило скрыть подготовительную работу и остаться в глазах органов безопасности незамеченным.
В конце августа 1911 года император Николай II с семьей прибыл в Киев по случаю открытия памятника Александру II в рамках мероприятий, посвященных 50-летнему юбилею крестьянской реформы 1861 года. Его сопровождали служащие императорского двора и члены российского правительства во главе со Столыпиным. 30 августа (12 сентября) 1911 года был открыт памятник деду Николая II, со следующего дня недалеко от Киева планировались военные маневры. В роковой день 1 (14) сентября вечером после маневров и военного смотра Николай II со свитой отправился в городской оперный театр.
В период нахождения Николая II в Киеве активизировалось охранное отделение Министерства внутренних дел Российской империи. Перед охранкой стояла задача по выявлению и нейтрализации политических преступников. Общее руководство охранкой в то время осуществлял товарищ (заместитель) министра внутренних дел, руководитель департамента полиции генерал-лейтенант П. Г. Курлов. Обязанности вице-директора департамента полиции исполнял М. Н. Веригин. Охраной безопасности царственной фамилии занималась императорская дворцовая полиция под руководством А. И. Спиридовича. Во главе киевской охранки стоял подполковник Н. Н. Кулябко. Как оказалось, все они тем или иным образом были задействованы в истории покушения на Столыпина.
Для ведения политического сыска охранка имела разветвленную агентурную сеть. По информации от доверенных агентов в Киеве должен был произойти террористический акт. С целью его предотвращения царя и его окружение повсюду сопровождали сотрудники и тайные агенты охранного отделения. Городской театр не стал исключением. Начальник киевской охранки Кулябко распространил более 30 билетов на спектакль среди своих сотрудников в надежде на месте изобличить и обезвредить преступника. Однако его просчет в организации безопасности высоких гостей оказался решающим.
Во время второго антракта Столыпин общался с министром двора бароном В. Б. Фредериксом, прислонившись к рампе, отделявшей партер от оркестровой ямы. В этот момент к нему подошел неизвестный молодой человек. Вынув из правого кармана браунинг, он произвел два выстрела в Столыпина и быстро направился к выходу. У дверей в коридор его настигли и обезоружили. В личности преступника Кулябко опознал своего самого надежного и проверенного агентурного работника 24-летнего Дмитрия Григорьевича (Мордко Гершковича) Богрова.
Работая под агентурным псевдонимом Аленский, Богров действительно несколько лет передавал охранке ценные сведения о планах и замыслах подпольных анархистских и эсеровских групп. Поначалу он увлекался различными анархистскими учениями и даже стал членом киевской группы анархистов-коммунистов, но вскоре изменил свою позицию. Богров добровольно предложил свои услуги осведомителя Киевскому отделению охранки, и по его наводке было арестовано несколько анархистов и эсеров. Агентурная работа приносила ему неплохой заработок, он числился на хорошем счету у руководства Киевского охранного отделения.
В 1910 году Богров устроился помощником присяжного поверенного в Санкт-Петербурге и прекратил всякие связи с охранным отделением. На следующий год 26 августа (8 сентября) 1911 года Богров появился в Киевском отделении охранки и рассказал историю о готовящемся покушении на членов правительства Российской империи. По всей видимости, история была им выдумана, так как каких-либо свидетельств ее достоверности не существует. Согласно его версии событий, к нему на дачу под Кременчугом прибыл некий Николай Яковлевич, с которым он познакомился в Санкт-Петербурге и которого в докладе называл серьезным революционером. В тот короткий приезд Николай Яковлевич пытался узнать условия проведения торжеств во время посещения Киева царем и правительственной делегацией в августе 1911 года.
По словам Богрова, в конце августа, ближе к торжествам по случаю приезда царя и высоких чиновников, Николай Яковлевич прибыл в Киев и потребовал от Богрова собрать точные приметы председателя Совета министров Столыпина и министра народного просвещения Кассо. Богров приходил в отделение еще 31 августа (13 сентября) и в день покушения на Столыпина 1 (14) сентября 1911 года. Он заявил о том, что Николай Яковлевич поселился в его квартире и имел при себе два браунинга. Его спутница, некая Нина Александровна, разместилась в другой квартире, пряча от чужих глаз имевшуюся при ней бомбу. Посетив по билету от Кулябко сад Купеческого собрания, Богров, однако, с его слов, не сумел собрать точных примет Столыпина и Кассо и получил от Николая Яковлевича поручение сделать это во время спектакля в городском театре.
Рассказанная история была похожа на правду — по крайней мере, ранее сведения Богрова отличались достоверностью и точностью. Начальник Киевского отделения охранки поверил ему, выставил наблюдение за домом Богрова и передал ему билет в театр, дабы не вызвать у гостей Богрова подозрительности. Вечером того же дня Богров пришел в театр и по просьбе Кулябко проверить, находится ли еще Николай Яковлевич в квартире, на непродолжительное время отлучался со спектакля. Во втором антракте Кулябко снова настоял на возвращении Богрова на квартиру, чтобы тот контролировал Николая Яковлевича и дал знать, когда его гость соберется выходить. После этого разговора Богров отправился на выход. Однако через несколько минут прозвучали выстрелы, и вбежавший в зрительный зал Кулябко узнал в задержанном своего недавнего собеседника.
Первый допрос Богрова произошел непосредственно в день покушения, и на этом допросе он признал вымышленность «Николая Яковлевича» и «Нины Александровны». На следующий день, на втором допросе, Богров признал себя виновным в покушении на жизнь Столыпина, подчеркнув отсутствие политических мотивов в совершенном преступлении:
«Я не признаю себя виновным в том, что состоял участником преступного сообщества, именующего себя группой анархистов и имеющего целью своей деятельности насильственное ниспровержение установленного Основными законами образа правления, но признаю себя виновным в том, что, задумав заранее лишить жизни председателя Совета министров Столыпина, произвел в него 1-го сентября сего года два выстрела из револьвера браунинга и причинил ему опасные для жизни поранения, — каковое преступление, однако, совершено мною без предварительного уговора с другими лицами и не в качестве участника какой-либо революционной организации.»
7 (20) сентября 1911 года был подготовлен обвинительный акт по делу Богрова, который вобрал в себя все собранные к тому времени доказательства виновности обвиняемого: показания Богрова, Кулябко, Веригина, Спиридовича и других свидетелей, мнение врачей-экспертов, протоколы осмотров места происшествия, тела убитого и вещественных доказательств. В нем содержались некоторые подробности преступления, в частности, сведения о попадании пули в орден Св. Владимира:
Дело было передано на рассмотрение не общегражданского, а военного суда. Причиной этого послужило то, что в связи с посещением императором Киева в прилегающих губерниях было введено исключительное положение в соответствии с требованиями Положения о мерах к охранению государственного порядка и общественного спокойствия 1881 года. В этом случае по распоряжению генерал-губернаторов дело может быть передано на рассмотрение военного суда,
При допросе в судебном заседании Богров неожиданно существенно изменил и дополнил свои показания, данные им на досудебной стадии. Первоначально на следствии мотивами покушения Богров называл то, что Столыпин в его глазах был
«…около 15 августа явился ко мне один анархист, заявил мне, что меня окончательно признали провокатором и грозил об этом напечатать и объявить во всеобщее сведение. Это меня страшно обескуражило, так как у меня много друзей, мнением коих я дорожил. Мне представили такие улики, которых я не мог опровергнуть, а затем предложили, если я хочу избежать опубликования моих поступков, совершить террористический акт. Сначала мне предложили убить Кулябку, потом Государя и, наконец, Столыпина, указав конечный срок для выполнения этого акта — 5 сентября.»
Далее, по словам Богрова, он долго сомневался и до последнего не мог выбрать свою жертву:
По всей видимости, Богров старался заострить взгляд суда на безвыходности ситуации, в которую он попал, а также подчеркнуть тот факт, что обстоятельства вынудили его пойти на преступление. Это могло снять с него часть вины, если бы суд посчитал показания Богрова заслуживающими внимания, но суд словам подсудимого значения не придал.
9 (22) сентября 1911 года приговором Киевского военно-окружного суда Богров был признан