Руководство Элладской Церкви в свою очередь активно выступало с официальными заявлениями протеста, в том числе после смены Афинского архиепископа. В начале июня 1941 г. архиеп. Хрисанф передал официальный протест полномочному представителю III рейха в Греции Гюнтеру Альтенбургу по поводу политики болгарских властей в отношении Элладской Церкви в Северо-Восточной Греции. Он осудил их требование совершать богослужение на церковно-славянском языке, так же как и смещении греческих митрополитов с их кафедр. Насаждение болгарского языка нарушало закон и свободу религиозной совести, так как болгарский язык был полностью неизвестен греческому духовенству и мирянам. Подчинение духовенства Западной Фракии Болгарскому Священному Синоду, по утверждению архиеп. Хрисанфа, полностью противоречило церковному праву, потому что Болгарская Церковь была «раскольнической» и не состояла в духовном общении ни с одной из других Поместных Православных Церквей. Впрочем, руководство Элладской Церкви признавало, что сущность вопроса была, прежде всего, политической. Именно поэтому первоначально оно считало, что преследование греческого духовенства в болгарской зоне является не его заботой, а скорее «светским» вопросом, которым должно заниматься, прежде всего, греческое оккупационное правительство⁸³.

В середине августа 1941 г. новый Афинский архиепископ Дамаскин в официальном заявлении похвалил религиозную политику немецких властей в Северо-Восточной Греции и осудил соответствующую политику болгар, прибегнув к тем же обвинениям, что и его предшественник. К этому времени в оккупированные епархии уже были назначены болгарские архиереи, вводилось принудительное участие болгарских священников в совершении литургии, во многих церквах греческие надписи заменялись на болгарские, некоторые греческие духовные книги оказались сожжены, были отменены лицензии, выданные греческими митрополитами для совершения венчаний. Почти все храмы, Епархиальные дома и большинство монастырей были захвачены, церковная собственность конфискована и, наконец, все греческие митрополиты и многие священники высланы. В июне 1942 г. архиепископ Дамаскин прекратил осуждать меры, предпринятые болгарскими властями в отношении греческого духовенства, так как, по его оценке, Элладская Церковь в этом регионе прекратила существовать⁸⁴.

Когда в июле 1943 г. болгарская армия вошла в Центральную Македонию, которой управляла немецкая администрация, Афинский архиепископ снова начал резкую антиболгарскую агитацию. Он предупредил, что болгарские провокации в отношении греческого населения вызовут ответную реакцию, принимающую форму конфликтов между местными жителями и немецкими властями, и будут сопровождаться нападениями на немцев. В связи с этим Владыка просил, чтобы немецкие власти придерживались существующего статуса Элладской Церкви в Центральной Македонии и категорически отвергли все претензии болгар изменить его (опасения не оправдались).

В октябре 1943 г. архиеп. Дамаскин, президент Академии Афин, ректоры Афинского университета и политехнического института, президенты Палат промышленности, торговли и профессий и Общей конфедерации рабочих Греции передали официальную жалобу полномочным представителям Германии и Италии, а также представителям Международного Красного Креста. В данном протесте они осудили болгарскую политику этнической чистки, которой были подвергнуты более 700 тыс. греков в Македонии и Фракии. В это время представители всех важнейших институтов греческого общества выразили свою поддержку и согласие с политикой, проводимой предыдущие два года церковным руководством в отношении этнической чистки в болгарской зоне оккупации. Фактически они косвенно выразили явное неодобрение слабой реакции греческих оккупационных правительств на болгарскую политику в Македонии и Фракии, однако упустили тот факт, что политика Элладской Церкви в отношении национальных дел до начала 1943 г. была по существу одобрена первыми двумя оккупационными правительствами, так как эти правительства считали, что обращения церковного руководства к немецким властям являются более эффективными, чем их собственные обращения⁸⁵.

В конце концов, немецкие оккупационные власти признали правильной точку зрения советника по религиозным делам немецкого Министерства иностранных дел Е. Герстенмайера, который считал антиболгарские обвинения греческих иерархов хотя и преувеличенными, но не лишенными определенных оснований. Еще 24 сентября 1941 г. он предлагал руководству своего отдела МИДа порекомендовать болгарским союзникам Берлина проявить, по крайней мере, в религиозных делах определенную мягкость и терпимость⁸⁶.

Более терпимое отношение болгарских иерархов по сравнению с властями своей страны во многом было следствием их нежелания портить отношения с руководством Элладской Православной Церкви и Константинопольского Патриархата, от которых зависело решение вопроса о снятии с Болгарской Церкви схизмы (уже в июне 1941 г. Священный Синод отмечал, что наступил благоприятный момент для отмены схизмы, и в этой связи предполагалось прибегнуть к посредничеству немецкого правительства и провести переговоры с Константинопольским Патриархом и руководством греческого государства).

В сентябре 1941 г. болгарские иерархи попросили Е. Герстенмайера и германского посла в Софии Беккерле ходатайствовать перед Элладской Церковью, чтобы та убедила Константинопольский Патриархат отменить болгарскую схизму и признать Патриарха Болгарской Церкви, которого вскоре планировалось избрать. Болгарские митрополиты обещали в обмен на заступничество Элладской Церкви продемонстрировать «великодушное» отношение к православным грекам и избегать притеснения греческого «меньшинства» во Фракии. Германские власти согласились оказать давление на Элладскую Церковь при условии, что Болгарская Церковь будет активно участвовать в борьбе против коммунизма. Однако, как уже говорилось, Афинский архиепископ Дамаскин не уступил немецкому давлению, сославшись на то, что болгарские архиереи активно участвуют в реализации планов своего правительства по болгаризации северных областей Греции⁸⁷.

Следует отметить, что относительно толерантная позиция руководства Болгарской Церкви не встречала поддержку у правительства в Софии, которое хотело выслать не подписавших декларацию о лояльности греческих священников вместе с семьями или поместить их в отдаленные монастыри.

Вопреки намерениям митрополитов Кирилла и Бориса оставить на службе желавших этого греческих священников, правительство выступало за «крайнюю национальную и государственную необходимость назначить на все приходы священников болгарского происхождения». Это было в приказном тоне заявлено в секретном письме Министерства иностранных и религиозных дел, заслушанном на заседании Синода 20 марта 1942 г. В нем на основании доклада областного управителя Клечкова утверждалось, что в Беломорской (Западной) Фракии имеется 210 греческих священников, из которых 104 – «молодые, энергичные, крайние националисты, опасные для спокойствия в этой области», а 106 – «достаточно возрастные, бездеятельные и исполняющие все распоряжения власти». Первых правительство поручило Синоду отправить в монастыри на территории Болгарии для их «обезвреживания», угрожая тем, что в противном случае областной управитель сам их интернирует. Примерно 40 священников из второй категории, готовых подписать декларацию о честной и преданной службе болгарскому государству и Церкви, предлагалось оставить на приходах с постоянной оплатой. Остальных планировалось отправить на покой с небольшим ежемесячным финансовым вознаграждением. Министерство также просило как можно быстрее назначить в Беломорскую Фракию священников – болгар из других епархий⁸⁸.

Это письмо вызвало бурную дискуссию среди членов Синода. Намерение правительства поддержал лишь один митрополит Варненский Иосиф, считавший выселение греческого духовенства полезной мерой для церковно-национального единства. Остальные болгарские архиереи категорически выступили против. Митрополит Кирилл заявил о невозможности поместить в монастыри более 100 священников вместе с членами их семей, а без семей они будут страдать. По его мнению, было бы целесообразно, «учитывая вселенский престиж» Болгарской Церкви, принять желающих на службу в епархиях. Результаты дискуссии обобщил митрополит Паисий: «Для нас вопрос состоит не в том, чтобы оторвать его население [Западной Фракии] от греческих священников, а в наиболее целесообразной организации там церковной жизни». В итоге Синод принял предложение митрополита Кирилла предоставить управляющим фракийскими епархиями право по своему усмотрению решать вопрос – сколько и каких греческих священников принимать на службу, исходя из нужд епархий. Синод также категорично отклонил требование правительства препятствовать смешанным бракам между болгарами и греками⁸⁹.

Управлявшие епархиями в Западной Фракии митрополиты Кирилл и Борис даже спасли жизнь некоторых греческих священников, обвиненных в поддержке партизан и приговоренных к смерти. В частности, Владыка Борис спас от расстрела священника с. Алистрати. Во время голода Владыка Кирилл просил областного управителя Беломорской (Западной) Фракии Клечкова увеличить пищевое снабжение греческого населения, приравняв его к болгарскому, а также отменить или сократить вечером время комендантского часа для греков⁹⁰.

Владыка Борис в свою очередь демонстративно проявлял уважение к канонам и не занимал архиерейский трон при совершении литургии в тех храмах, где он не был избран приходским советом правящим архиереем. Благодаря усилиям этих митрополитов на занятых территориях были частично сохранены греческие и старославянские надписи на церковных изображениях и греческие богослужебные книги в храмах. Здания церквей поддерживались в относительно хорошем состоянии, а некоторые даже ремонтировались и обновлялись. Сильно пострадал лишь монастырь Пресвятой Богородицы в Кушнице, служивший базой для партизан и частично разрушенный в ходе боев⁹¹.

Позиция болгарских архиереев позволила некоторому количеству греческих священнослужителей (значительно большему, чем хотел областной управитель) остаться и окормлять своих соотечественников в Западной Фракии. Осенью 1942 г. из 87 укрупненных приходов Маронийской епархии 34 были заняты болгарскими священниками (24 на постоянной службе и 10 командированных из Пловдивской епархии), а 53 – греческими. В 1943 г. в Драмской епархии на приходах служили 26 греческих священников, и на их зарплату уже было истрачено 1720 тыс. левов, в том числе в качестве ежемесячной помощи в размере 5 тыс. левов – проживавшему в Драме в преклонном возрасте Родополскому митрополиту Кириллу (Пападопуло), бывшему архиерею Константинопольского Патриархата. До сентября 1944 г. греческому духовенству в Драмской епархии было выплачено еще 1174 тыс. левов. Митр. Борис старался помочь и лишенному своих приходов греческому духовенству – периодически они получали небольшие пособия⁹².

За май 1941 – сентябрь 1944 г. в качестве жалования и пенсий греческому духовенству в Маронийской и Драмской епархиях было выплачено 9641 тыс. левов, а всего на содержание храмов и духовенства в занятых Македонии (в том числе югославской) и Западной Фракии Болгарская Церковь потратила 109 597,5 тыс. левов, в том числе в Драмской епархии – 19 103,6 тыс. (из них 3 млн. на ремонт и содержание храмов) и в Маронийской – 15 269,7 тыс. Устройство церковной жизни на новых землях требовало больших финансовых затрат, на которые Болгарская Церковь не была способна без государственной поддержки. В этой связи в августе 1941 г. Народное собрание выделило дополнительный бюджетный кредит на церковные нужды в занятых областях⁹³.

На заседании 3 июля 1941 г. Синод обсудил дополнительно собранные сведения о нуждах новых епархий. Оказалось, что там имеется 1153 прихода, в том числе в составе Струмичско-Драмской епархии – 420 и Маронийской – 265 (вероятно, вместе с приходами греческой Димотишской епархии, которая фактически осталась самостоятельной). Часть из них (особенно в Западной Фракии) подлежала укрупнению, и Синод посчитал, что для нормальной церковной жизни на новых землях нужно 800 священников. Поэтому вместе с оплатой 60 дополнительных иереев для вакантных приходов старой части Синод запланировал в бюджете на 1942 г. увеличение расходов почти на 37 млн. левов (с 95 650 тыс. в 1941 г. до 132 370 тыс. левов). Таким образом, общее число священнослужителей экзархата должно было вырасти с 2564 до 3454. Кроме того, планировалось принять на учебу в Духовные семинарии всех болгар и македонцев, не завершивших свою учебу в семинариях Югославии, Греции и Румынии⁹⁴.

Со временем стало ясно, что первоначальные границы образованных в Западной Фракии епархий были установлены ошибочно. Струмичско-Драмская епархия состояла из двух совершенно различных и практически ничем не связанных между собой частей – македонской и греческой, а Маронийская епархия – слишком мала и поэтому нежизнеспособна. Этот вопрос рассматривался на заседании Болгарского Синода 19 ноября 1942 г. Митр. Борис предложил перенести центр управляемой им епархии в г. Драма, а митрополит Кирилл – передать в состав Маронийской епархии г. Кавала и Саряшабанский административный округ (всего 15 приходов)⁹⁵.

В результате состоявшегося в тот же день решения Синода Струмичско-Драмская епархия с 1 января 1943 г. претерпела значительную реорганизацию: пять ее северных духовных округов, входивших до войны в состав Югославии и населенных в основном македонцами, передали в состав других епархий, один округ присоединили к Маронийской епархии, а оставшиеся три (Драмский, Сереский и Демирхисарский) выделили в самостоятельную Драмскую епархию, которой по-прежнему управлял митрополит Борис. Владыка устроил свою резиденцию в г. Драма (местный греческий митрополит Василий уехал еще в мае 1941 г.). В новой епархии после проведенного укрупнения осталось 135 приходов, причем 70 не имели священников. Драмский округ был разделен на 24 приходских участка, а Сереский – на 10. В них участковыми священниками служили болгары, которые руководили греческим духовенством, не знавшим болгарского языка и «славянского богослужения». В Демирхисарском округе, разделенном на 18 приходских участков, к началу 1943 г. уже вообще не было греческих священников⁹⁶.

Постепенно высланных и отправленных на покой греческих священнослужителей все больше заменяли присланными из Болгарии, многие из которых были на стороне болгарских националистов. В своих проповедях присланные священники обычно оправдывали национальные претензии болгарского правительства и доказывали, что македонцы и уроженцы Фракии имеют болгарское происхождение⁹⁷. Подобную пропаганду вела и издаваемая в Софии ежемесячная газета Болгарской Церкви, «Духовная культура».

В то же время заполнение вакантных священнических мест являлось хронической трудностью Болгарской Церкви и в старых границах. Вскоре стало ясно, что только возвращением прежнего клира экзархата в новые епархии проблему не решить. Поэтому уже с лета 1941 г. туда стали командировать священников, ранее никогда не служивших в новых епархиях. В данной связи Народное собрание одобрило выделение еще одного кредита для оплаты 375 болгарских священников и диаконов, которые были распределены по приходам и монастырям в бывшей югославской Македонии (280) и Западной Фракии (95).

Эти священнослужители в обязательном порядке временно командировались из Болгарии для контроля над местным духовенством (многие из них входили в состав образованных архиерейских наместничеств) и через четыре-пять месяцев должны были заменяться новыми (в качестве материального стимула они получали жалование на 10 % больше, чем в Болгарии). Следует отметить, что среди присланных священнослужителей было немало русских священников, поселившихся в Болгарии после окончания гражданской войны в России. Конечно, не все иереи хотели временно оставлять свои приходы в Болгарии, и в целом эта акция создавала условия для кадровой текучки и беспорядков. Чтобы навести дисциплину, Синод 1 июля 1943 г. возложил на митрополитов Бориса, Филарета и Евлогия задачу систематизировать правила пополнения клира в Македонии и Западной Фракии.