В результате политики дискриминации и ассимиляции около 150 тыс. греков бежали из болгарской в итальянскую и немецкую зоны оккупации. Однако и в этих зонах вывоз продовольственных ресурсов в Германию привел к тому, что зимой 1941–1942 гг. умерли от голода около 350 тыс. человек. В результате в стране быстро возникли и получили сильное распространение различные формы сопротивления захватчикам.

На Крите с первых дней оккупации партизанскую войну начали отряды генерала Мандакаса. Осенью 1941 г. при участии коммунистов и левых социалистов был создан Народно-освободительный фронт Греции (ЭАМ); по решению фронта и VIII пленума ЦК коммунистической партии 16 февраля 1942 г. появилась декларация о создании Народно-освободительной армии Греции (ЭЛАС), а в мае начал действовать первый отряд этой армии, организованной генералом Закариадисом. Кроме того, существовали возглавляемые генералом Н. Зервасом вооруженные формирования монархического Национально-демократического союза Греции (ЭДЕС), поддерживаемые королевским правительством в эмиграции и англичанами. В результате «актов возмездия» за действия партизан от рук оккупантов погибла 21 тысяча мирных жителей Греции.

В целом оккупационные части не имели постоянного присутствия в Центральной Греции из-за гористого рельефа, и также из-за ограниченного стратегического интереса к этой территории. Здесь, в так называемых «свободных зонах» ЭЛАС создала учреждения общественной администрации, которые действовали в качестве правительственной власти.

Большое распространение среди греков получили различные предания о помощи Божией Матери в их борьбе с оккупантами. Первые подобные свидетельства относятся еще к зиме 1940/1941 г. Так, например, рассказывали, что в январе 1941 г. солдаты из батареи майора Петракича на Роденском хребте не знали, где находятся обстреливавшие их итальянские орудия, пока не увидели на небе видение Божией Матери прямо над местом вражеской батареи, которую тут же уничтожили. Еще одно видение Божией Матери греческим солдатам в это время было перед их успешной атакой на горные позиции итальянцев в Албании у г. Корица.

Когда в 1944 г. немцы обстреливали и бомбили старинный монастырь Фанеромени на о. Саламине, они разрушили все, кроме восточной стены у часовни св. пророка Илии, в нише которой было изображение Божией Матери. После многократных неудачных попыток попасть в нее оккупанты так поразились, что восстановили разрушенную часовню. Подобным же образом Прусская икона Божией Матери спасла от уничтожения немцами в 1944 г. храм Прусского монастыря в горах Эвритании. В июне 1944 г. отряд немецких карателей, уже уничтоживший свыше 600 человек в с. Дистимо, двигался с целью уничтожить жителей городка Лимни на о. Эвбея, но их остановило видение руки, загородившей вход в городок, и внезапно раздавшийся голос: «Это место – Мое! Не приближайтесь сюда!» Отряд карателей ушел, а жители стали особенно торжественно отмечать ежегодный праздник спасшей их чудотворной иконы Божией Матери «Лимния»⁴¹.

Особенную известность приобрела история, произошедшая в сентябре 1943 г. с жителями городка Орхоменос в Беотии. Они стали требовать сдачи оружия у солдат итальянского поста, однако те отказались и известили немцев, которые решили уничтожить городок вместе с жителями. 10 сентября полк карателей захватил в плен 600 горожан и повел их на расстрел. Неожиданно у древнего храма Успения Пресвятой Богородицы Скрипского монастыря на дороге перед колонной немецких танков встала величественная женщина с поднятой вверх рукой, преградив им путь. Командир полка Хоффман узнал в женщине Святую Деву Марию, изображенную на Скрипской иконе Божией Матери, и приказал освободить всех пленников. С этого времени 10 сентября стало для местных жителей праздничным днем, а Хоффман почти ежегодно, вплоть до своей смерти, приезжал на этот праздник и дал денег на написание иконы с изображением чуда – явления Божией Матери у Скрипского монастыря⁴². Подобные предания ярко свидетельствуют об отношении паствы Элладской Церкви к захватчикам.

Положение же самой Элладской Православной Церкви в годы войны оказалось довольно противоречивым. Значительная часть ее священнослужителей поддерживала освободительную борьбу своего народа после оккупации страны вермахтом и подвергалась репрессиям. Так, например, два греческих церковных деятеля были отправлены в немецкий концлагерь Дахау (в Баварии). К лету 1942 г. в Афинах оказалось арестовано 30 православных священников, а в сентябре того же года гестапо арестовало Критского архиепископа. 20 апреля 1943 г. нацистами по обвинению в участии в греческом народно-освободительном движении был расстрелян священник Константин Ангелакис и т. д.⁴³.

В ноябре 1941 г. оккупантами был отстранен от своего поста секретарь Синода иеромонах Иероним, и вскоре оказались запрещены выходивший с 1923 г. официальный печатный орган Священного Синода «Екклесия» и газета богословского факультета Афинского университета «Теология». Вместо них оккупационные власти в июле 1942 г. разрешили издание ежемесячного церковного листка «Движение Цое»⁴⁴. Богословский факультет в период оккупации продолжил свою работу. Так, 1 января 1943 г. там завершили учебу и получили дипломы два стипендиата Священного Синода Сербской Православной Церкви⁴⁵.

Гонениям подверглись и некоторые греческие приходы за границей, прежде всего в Германии. Так, например, летом 1941 г. была закрыта греческая церковь Пресв. Троицы на Салваторплатц, д. 2 в Мюнхене. Здание храма являлось собственностью Баварского министерства просвещения и церковных дел, и 24 марта 1943 г. это ведомство обратилось с письмом к русскому приходу свт. Николая, предложив взять опечатанную церковь в свое пользование. В апреле с согласия греческой общины храм был передан мюнхенскому приходу Русской Православной Церкви за границей для удовлетворения духовных нужд всех православных жителей города, в том числе греков. 22 мая в Троицкой церкви состоялось первое русское богослужение, с 1944 г. в ней служил, в числе других членов причта, грек из России священник Арсений Григориас. Русский приход пользовался Троицким храмом до февраля 1946 г., когда ключи от него были переданы греческому архимандриту Мелетию (Галанопулу)⁴⁶. Следует упомянуть также, что в нижнем храме свв. вмч. Екатерины и кн. Александра Невского русской церкви Архангела Михаила в Каннах была погребена гречанка Элен Вальяно, расстрелянная нацистами в этом городе в 1944 г.

Активно поддерживавший борьбу греческой армии с агрессорами архиепископ Хрисанф после ее поражения занял, по свидетельству греческого церковного историка И.-Х. Константинидиса, «отважную позицию против немецких захватчиков и установленного ими правительства генерала Цолакоглу», отказавшись привести министров этого марионеточного правительства к присяге. Архиепископ бесстрашно ответил оккупантам: «Нет, отказываюсь их привести к присяге. Нет. Я приведу к присяге только то правительство, которое назначит греческий Король. Нет, не подчинюсь. Если уступлю, что скажут Патриархи Константинопольский и Александрийский, Король? Нет, отказываюсь»⁴⁷.

Этот отказ оскорбил премьер-министра первого коллаборационистского правительства Г. Цолакоглу. За отказ сотрудничать с ним 2 июля 1941 г. Владыка Хрисанф был под давлением немцев низложен, и архиепископом Афинским и всей Эллады вскоре стал бывший Коринфский митрополит Дамаскин (Папандреу), пользовавшийся определенным авторитетом и уважением верующих. В мае 1941 г. он освободился из ссылки в Мегару. Архиерейский Собор Элладской Церкви 5 июля объявил выборы архиепископа Хрисанфа недействительными, его предстоятельство незаконным и официально возвел на архиепископский престол Владыку Дамаскина. На следующий день состоялась его интронизация⁴⁸.

Полномочный представитель рейха в Греции фон Граевенитц (которого вскоре сменил на этом посту Г. Альтенбург) дал полное согласие греческому оккупационному правительству на удаление архиеп. Хрисанфа и возведение на престол архиеп. Дамаскина⁴⁹. Следует упомянуть, что духовенство немецкой евангелистской церкви в Афинах было против замены архиепископа, вероятно, потому что Владыка Дамаскин поддерживал хорошие отношения с католическими прелатами (среди них выделялся папский нунций в Греции Анжело Ронкалли, позже ставший Римским Папой Иоанном XXIII)⁵⁰.

Фон Граевенитц объяснял замену архиепископа попыткой правительства Г. Цолакоглу устранить из общественной жизни все последствия правления довоенного проанглийского режима И. Метаксаса. Немецкое одобрение данной акции означало признание того, что архиеп. Хрисанф и его ближайшие помощники являлись сторонниками этого режима. Смена Первоиерарха была представлена в качестве акта «чистки» англофильских элементов в греческом церковном руководстве⁵¹.

По мнению современного греческого историка Григориоса Псаллидаса, сохранение во главе Элладской Церкви архиеп. Хрисанфа, вероятно, привело бы к отношениям между этой Церковью и оккупационными властями, подобным тем, которые нанесли тяжелый урон Сербской Православной Церкви в 1941–1944 гг. Смена Афинского архиепископа предотвратила такое развитие событий. Фактически немецким властям удалось разрешить архиепископский вопрос к собственной выгоде; с июля 1941 г. в Элладской Церкви было несколько архиереев, которые участвовали в смещении Владыки Хрисанфа, и это побуждало их к пассивному сотрудничеству с завоевателями⁵².

Немецкие оккупационные власти, согласно докладу Г. Альтенбурга в МИД от 10 июля 1941 г., полагали, что замена Афинского архиепископа имела политический характер, и после проведения этой акции «в текущей ситуации в Греции, так как королевская власть в качестве национального фактора объединения отсутствует, а слабое правительство не имеет свободы действия из-за полной оккупации страны, значение Православной Церкви выросло». При этом архиепископ Дамаскин расценивался как более сильный «вождь», чем Владыка Хрисанф. Имперский уполномоченный отмечал, что итальянцы первоначально пытались воспрепятствовать новым выборам и поэтому объявили сбор архиереев из различных частей страны нецелесообразным, однако германские власти указали им на необходимость перевыборов, и итальянцы уступили. Несмотря на сильнейшее давление правительства Цолакоглу и популярность Владыки Дамаскина, за его избрание Афинским архиепископом проголосовало 37 архиереев, а против 30⁵³.

В целом, к осени 1941 г. III рейх смог в определенной степени включить Элладскую Церковь в сферу своего влияния. В первые два года оккупации архиепископ Дамаскин и другие руководители Церкви полагали, что поведение немецких властей по отношению к ней «было набожным и дискретным», так как верующим разрешили свободно исповедовать веру, греческий характер храмов уважался, и духовенству не препятствовали в осуществлении их обязанностей. Относительно хорошие отношения между церковным руководством и немецкими оккупационными чиновниками в Афинах во многом объяснялись ограниченным интересом германского правительства к Греции и ее Православной Церкви⁵⁴.

Немецкие цели в отношении Православных Церквей на Балканах во время Второй мировой войны были направлены, прежде всего, на ограничение их влияния в качестве национальных Церквей и стремлении использовать в своих интересах. Германские оккупационные власти пытались достичь этих целей, главным образом, путем подавления антинемецких внутренних тенденций и внешних влияний (англо-американского и советского). В этой связи Министерство иностранных дел попыталось сформулировать новые принципы политики, согласно которым немецкие оккупационные силы должны были проявлять терпимость к Православным Церквам Юго-Восточной Европы⁵⁵. Желая сблизиться с Православными Церквами на Балканах, германский МИД первоначально использовал услуги Немецкой Евангелистской Церкви, в особенности ее консисторского советника по делам иностранных конфессий Евгения (Ойгена) Герстенмайера.

В сентябре 1941 г. Герстенмайер посетил союзные немцам и оккупированные страны Балкан. Цель его миссии состояла в том, чтобы установить отношения с религиозными лидерами этих стран и привлечь молодых православных богословов на учебу в Германию. В это время Немецкая Евангелистская Церковь выдвигала идею учредить православное отделение в одном из университетов Германии. По итогам поездки Е. Герстенмайер 24 сентября 1941 г. написал для своего отдела отчет «Православные национальные Церкви в Юго-Восточной Европе», в котором представил всестороннюю картину ситуации в Церквах Сербии, Болгарии, Греции и Румынии. В нем выражалось беспокойство, что в славянском Православии на Балканах развиваются интенсивные панславистские тенденции, и предлагалось использовать национальные Церкви этого региона в борьбе против коммунизма⁵⁶.

Во время своего пребывания в Афинах 12–16 сентября Герстенмайер несколько раз встречался с Владыкой Дамаскином для обсуждения различных проблем, «не оставив архиепископу сомнений в том, что наш [германский] взгляд направлен на Экуменический Константинопольский Патриархат и с этим на все Православие»⁵⁷.

По вопросу ликвидации болгарской схизмы (признания самовольного провозглашения Болгарской Церковью автокефалии) Владыка Дамаскин заявил, что это дело всего Православия и его должен решить Константинопольский Патриарх с участием всех Православных Церквей. У Герстенмайера сложилось впечатление, что Элладская Церковь не хочет вступиться за болгарское Православие, наоборот, архиеп. Дамаскин выразил желание, чтобы Германия высказалась против притеснения греческого Православия болгарскими архиереями (в северо-восточной Греции). В соответствии с достигнутой в сентябре договоренностью, в декабре 1941 г. четыре молодых греческих священника приехали в III рейх в качестве стипендиатов научного фонда⁵⁸.