При этом определенная часть греческого духовенства, в том числе архиереев, первоначально безрезультатно попыталась приспособиться к новым обстоятельствам в их епархиях. Отказ со стороны оккупационных болгарских властей принять предложение о сотрудничестве с руководством местных греческих епархий был явным признаком, что они хотели их удаления или полного подавления. Болгарские власти стремились проводить жесткую религиозную политику в северо-восточной Греции, полностью соответствовавшую планам этнической чистки в этой области.

Согласно плану удаления греческого духовенства из Восточной Македонии и Западной Фракии, сначала – в апреле – июне 1941 г. были высланы все епархиальные архиереи (шесть митрополитов), в большинстве случаев без эксцессов. Напротив, изгнание части приходского духовенства сопровождалось физическим насилием и плохим обращением. Согласно данным, опубликованным спустя пять лет после окончания войны, болгарские оккупационные власти несли ответственность за 95,7 % случаев нанесения ущерба греческим священникам и за 61,1 % случаев убийства священнослужителей в Северной Греции. Остальная, значительно меньшая, часть соответствующих фактов была совершена немецкими и итальянскими властями⁷⁰.

Священный Синод Болгарской Церкви считал, что в отношении занятых территорий она лишь восстанавливает историческую справедливость, возвращая себе то, что принадлежало ей до 1913 г. Однако существенная разница между реальной ситуацией и желанием восстановить свою юрисдикцию на всех занятых территориях препятствовала попыткам Болгарской Церкви проводить там последовательную единообразную политику.

Первый вариант проекта духовной администрации на занятых греческих территориях был принят на чрезвычайном заседании сокращенного состава Синода 25 апреля 1941 г. Он предполагал восстановление существовавшей до 1913 г. структуры Болгарского экзархата – воссоздание четырех епархий: Маронийской (с включением двух городов – Суфлион и Фере, оккупированных немцами), Струмичско-Сереской, Солунской (Салоникской) и Одринской (Эдирненской, Адрианопольской). Это была своего рода программа-максимум, направленная на распространение юрисдикции Болгарской Церкви на все болгарское население Южных Балкан, в том числе на территориях, оккупированных немецкими войсками, и даже в Турции. При этом предписывалось всем болгарским священнослужителям, когда-то эмигрировавшим из Греции, вернуться в свои епархии, а на остальные приходы предполагалось назначить новых священников⁷¹.

Первоначальный проект был представлен на отзыв премьер-министру и в Министерство иностранных и религиозных дел и после критической оценки переработан Синодом. В результате в соответствии с его решением от 29–30 апреля во второй половине мая – начале июня 1941 г. в Западной Фракии и Восточной Македонии были созданы две епархии: Маронийская (временное управление которой поручили митрополиту Пловдивскому Кириллу, назначив ему в помощь викарного епископа Нишавского Илариона) и Струмичско-Драмская (под управлением митрополита Неврокопского Бориса); оккупированная немцами Салоникская, а тем более Эдирненская епархия образованы не были. Однако и в две новоучрежденные епархии вошли некоторые захваченные немецкими войсками территории, что создавало большие сложности; на этих территориях болгарская духовная администрация не могла полноценно функционировать. Принимая второй вариант проекта учреждения духовной администрации, Синод оговорил возможность после стабилизации ситуации в Македонии и Западной Фракии вернуться к данному вопросу и окончательно урегулировать проблему. Однако этого не произошло, учрежденная летом 1941 г. временная духовная администрация в основном сохранялась вплоть до осени 1944 г.⁷².

Священный Синод сразу же решил принять меры для пополнения духовенства на занятых территориях Греции и Югославии, первоначально он рассчитывал командировать туда 200 священников и канцелярских чиновников из Болгарии, а также использовать 500 местных священников (преимущественно македонцев), которые остались окормлять свои приходы. Расходы на устройство новых епархий были определены в 500 тыс. левов, которые предполагалось получить от государства⁷³.

12–16 июня 1941 г. Синод заслушал доклады управляющих новыми епархиями и назначил специальную комиссию из четырех митрополитов для рассмотрения поднятых вопросов, которая вскоре представила доклад «О церковном устройстве и управлении епархиями в новоосвобожденных землях». Его основная идея заключалась в том, что эти епархии станут неотъемлемой частью Болгарской Церкви, и их устройство и управление должно осуществляться на основе устава экзархата⁷⁴.

Значительное место в докладе занимал вопрос об интеграции греческого духовенства в Болгарскую Церковь. В этой связи предлагалось равнять оставшихся на службе в приходах священников новых земель с духовенством «в старых приделах», с тем чтобы они также получали зарплату от болгарского правительства. Освобождаемые от службы, вследствие сокращения числа приходов, священники должны были получать от государства месячные пособия или однократную помощь. Допускались они и в духовные советы (в советы Маронийской и Струмичско-Драмской епархий были назначены по одному члену – греку). В целом в докладе проводилась идея приравнять греческое духовенство в правах к болгарскому. Текст этого документа отличался толерантным духом и хорошо обдуманными мерами, нацеленными на исключение всяких поводов для конфликтов. Однако его реализация на практике столкнулась с большими препятствиями⁷⁵.

На территории возглавляемой митрополитом Кириллом Маронийской епархии ранее находились три греческие епархии: Ксантийская, Комотинская (Гюмюрджинская) и Александруполисская (Дедеагачская). Когда Владыка Кирилл принял управление епархией, в ней еще оставались два греческих митрополита: Александруполисский Мелетий и Комотинский Василий. Оба они находились на свободе до своего отъезда в немецкую зону оккупации – митр. Мелетий уехал в начале июня, а митр. Василий – в начале июля 1941 г. Вместе с ними уехали 28 греческих священников. В результате в епархии оказалось 187 приходов со 182 священниками (по национальности все были греками). Димотишский округ (вблизи греко-турецкой границы) остался под управлением немецкой военной администрации, поэтому Болгарская Церковь не предпринимала попыток установить свою юрисдикцию над греческой Димотишской епархией⁷⁶.

Приехав 30 мая в Западную Фракию, митр. Кирилл устроил свою резиденцию в г. Ксанти, где сформировал Временный Епархиальный духовный совет из командированных болгарских священников и одного грека. Епархия была разделена на три духовных округа: Ксантийский, Александруполисский и Комотинский, общая численность православных верующих в которых составляла 121,9 тыс. человек. В Александруполис и Комотини были назначены архиерейские наместники – болгары, а на острова Тасос и Самотраки – по одному болгарскому священнику. Подавляющее большинство приходов Маронийской епархии остались окормлять прежние греческие священники⁷⁷.

Значительно большая по территории и населению Струмичско-Драмская епархия была образована из двух частей: македонской (входившей до войны в состав Югославии) и греческой, ситуация в которых очень отличалась. Митрополит Борис первоначально устроил свою резиденцию в македонском городе Струмица. В греческой части ранее существовали шесть епархий с центрами в городах: Сере, Драма, Кавала, Демирхисар, Зирнево и Зиляхово. Вместо них митрополит Борис создал четыре духовных округа с центрами в Сере, Драме, Кавале и Правище, в которые назначил болгарских архиерейских наместников из состава клира своей Неврокопской епархии, расположенной в соседних районах Болгарии). В этой части Струмичско-Драмской епархии было 350 греческих прихода и лишь 3 болгарских, что полностью отражало этнический состав региона. Естественно, что подавляющее большинство прихожан встретили впервые приехавшего в Западную Фракию 13–14 мая 1941 г. митр. Бориса без всякой радости и энтузиазма (в отличие от македонской части епархии). Тем не менее, митрополит оставил в полностью греческих селах прежних священников, предоставив им полную свободу служить на греческом языке⁷⁸.

В своем докладе Синоду об итогах первой поездки Владыка Борис отмечал, «что греческое население настроено враждебно ко всему болгарскому». Никого из шести прежних греческих митрополитов он уже не застал – все уехали или были высланы, хотя Сереский митрополит издал окружное послание духовенству своей епархии с указанием поминать болгарского царя и царский дом. Правда, на своих местах еще оставались некоторые греческие протосингелы и архиерейские наместники (вскоре их заменили болгарскими)⁷⁹.

Церковную жизнь на занятых территориях существенно осложняла проводимая болгарским правительством политика дискриминации греков. Как уже говорилось, многие греческие священнослужители были высланы или уехали сами, также активно проводилась болгаризация всех сторон общественной жизни. Если в Македонии, где официально считавшиеся болгарами македонцы составляли подавляющее большинство населения, духовная администрация Болгарской Церкви была встречена местными жителями в основном лояльно, то в Западной Фракии, где преобладало греческое население и духовенство, ситуация оказалась совершенно иной.

В 1918–1926 гг. из Греции в Болгарию были изгнаны 120 тыс. болгар, их земли заселили сотни тысяч греческих беженцев из Малой Азии, и национальная ситуация в Западной Фракии коренным образом изменилась. Так, например, в греческой части Струмичско-Драмской епархии в 1900 г. проживали 240,5 тыс. человек: 99 тыс. болгар, 78,5 тыс. турок и 43,7 тыс. греков, а в 1928 г. уже 305 тыс.: 260,5 тыс. греков, 35,5 тыс. болгар и 1 тыс. турок. Определенные гонения на болгар продолжались и в дальнейшем, особенно в 1940 – начале 1941 г. В это время на острове Хиос находилось в заключении 3 тыс. болгар, а на всех островах – около 10 тыс. (они были освобождены немцами)⁸⁰.

Следует отметить, что в целом Болгарская Церковь занимала гораздо более терпимую позицию по отношению к грекам, чем правительство страны, хотя весной 1941 г. именно министр иностранных и религиозных дел Иван Попов порекомендовал председателю Священного Синода митрополиту Неофиту не совершать действия, которые могли бы негативно отразиться на престиже Церкви.

И все-таки условия жизни для греческих священников были чрезвычайно трудными, так как их в значительной степени оставили без средств к существованию. Многие из священнослужителей были вынуждены или покинуть свои дома и эмигрировать в немецкую зону оккупации, или заняться сельским хозяйством, чтобы добыть пропитание для себя и своих семей. Но даже тех, кто выбрал последнее, затронули многие ограничения и дискриминация.

Оставшиеся на занятой территории священнослужители неболгарского происхождения для продолжения религиозной деятельности должны были подписать декларацию о лояльности Болгарской Церкви. Согласившиеся получали жалование из государственного бюджета наравне с болгарским духовенством. Это было сделано по ходатайству болгарских иерархов, считавших такую меру принципиально важной. В частности, председатель Синода митр. Неофит на встрече с царем Борисом 7 декабря 1941 г. заявил о необходимости введения зарплаты для греческих священников, которые лишены всякого содержания, а также освобождения от налогов церковного и монастырского имущества на новых землях, и царь обещал поговорить по этим вопросам с министром иностранных и религиозных дел. 16 декабря 1941 г. Синод снова обратился к властям страны с ходатайством о введении зарплаты греческим священникам и т. д.⁸¹.

Не подписавшие декларацию греческие иереи могли совершать лишь ограниченное число церковных обрядов на греческом языке: венчание, крещение и отпевание; таким образом, они все-таки получали возможность выжить. В чисто греческих приходах разрешалось служить литургию на их родном языке, в то время как в смешанных – болгарский и греческий языки использовались попеременно, с преобладанием первого (вся официальная корреспонденция в таких приходах велась на болгарском языке). При этом был снова введен юлианский календарь, который тогда использовала Болгарская Церковь (согласно решению Священного Синода от 20 июня 1941 г.).

В августе 1942 г. был принят более жесткий правительственный закон о принудительной натурализации в качестве болгар всех жителей Западной Фракии, который включал раздел со специальными условиями для священников. Согласно этому разделу священнослужители, желавшие изменить свое гражданство, были также обязаны признать юрисдикцию Болгарского экзархата, иначе они подлежали высылке в немецкую зону оккупации. В обмен на принятие данных условий им предлагали должности, как служащим болгарского государства, с соответствующим разрядом и зарплатой, включая нормированные продовольственные пайки и другие привилегии. В областях Ксанти и Сере некоторые греческие священники из оставшихся там после массового изгнания изменили свое гражданство и перешли в Болгарскую Церковь, в то время как в области Кавала даже те, кто попытался заслужить расположение болгарских властей, не избежали высылки.

Некоторые греческие архиереи пытались бороться с экспансионистской политикой Софии. В частности, Салоникский митрополит Геннадиос предпринял пропагандистскую кампанию, чтобы доказать, что территориальные требования Болгарии на Восточную Македонию и Западную Фракию не имеют никаких оснований. Его цель состояла в том, чтобы убедить немецкие власти в несправедливости проводимой по отношению к грекам политики, но митрополит также говорил о риске для выживания греческого населения из-за длительной оккупации и возможной аннексии Восточной Македонии и Западной Фракии болгарским государством. Помимо исторических и этнографических он использовал экономические аргументы, ссылаясь на то, что оккупированные болгарами области до войны давали 35 % общего производства в Греции. Потеря этих областей привела бы к дальнейшему снижению уровня жизни большинства греков, которые и так уже жили ниже существовавшей до начала оккупации черты бедности⁸².