Батюшка начал чувствовать особое недомогание зимой 1962–1963 годов. 1 ноября 1962 года он писал:
Чувствую себя слабо, мысли о смерти не отступают от меня. Я вижу, что если доживу до 1963 года, то не проживу его. Лично для меня смерть желанна. Я знаю, что есть будущая жизнь, есть милость Божия к нам, есть для верующих в Господа Иисуса Христа несомненная надежда войти в блаженную, а не мучительную вечную жизнь.
Очень прошу всех родных и близких твердо держаться православной христианской веры и прилагать до смерти все усилия ко спасению души через исполнение евангельских заповедей и частого (не меньше одного раза в год7) исповедания грехов и причащения. В течение моей жизни я находил утешение в самых тяжких обстоятельствах и искушениях лютых — в вере в Господа Иисуса Христа и в молитве.
Прошу жалеть и любить друг друга, помогать взаимно в материальной и духовной нужде. Где мир и любовь — там Бог, там радость и спасение, а вражда и зависть от диавола. Спасайтесь.
13 августа 1963 г.
Под Успение Божией Матери игумен Никон в последний раз исповедовал своих близких. Сам, когда уже не мог дойти до храма, причащался дома. До смерти был в полном и ясном сознании и продолжал наставлять окружающих. Завещал хранить веру всемерным исполнением заповедей и покаянием, во всем следовать советам святителя Игнатия (Брянчанинова), особенно избегать суеты, совершенно опустошающей душу и уводящей от Бога
Скорбящим у его постели говорил:
Меня нечего жалеть. Надо благодарить Бога, что я уже окончил земной путь. Никогда мне не хотелось жить, не видел я ничего интересного в этой жизни и всегда удивлялся, как это другие находят что-то в ней и цепляются за нее из последних сил. Хотя я ничего не сделал за свою жизнь доброго, но искренне всегда стремился к Богу. Поэтому надеюсь всей душой на милость Божию. Не может Господь отринуть человека, который всегда всеми силами стремился к Нему. Мне вас жалко. Что-то вас еще ожидает? Живые будут завидовать мертвым.
Замечательны были те спокойствие и мужество, с которыми батюшка шел к своему смертному часу. У окружающих это часто вызывало едва сдерживаемые слезы. Все видели, что он умирает, но никто не хотел в это верить. Сохранился текст прощального обращения игумена Никона к прихожанам храма Вознесения Господня в г. Гагарине, где он служил в последние годы.
Дорогие прихожане!
Почти 15 лет я служил в этом храме. Несомненно, кого-нибудь обидел, многие, может быть, остались недовольны мною. Вот, я отхожу в вечность и при гробе прошу прощения у всех. Сам я крайне доволен всеми прихожанами, от многих видел искреннюю любовь к себе. Благодарю всех, и любящих, и недовольных, всех благодарю и искренне у всех прошу прощения. Земно кланяюсь вам, простите меня ради Христа, не помяните злом.
Кто может, хоть изредка поминайте о упокоении грешного вашего священника.
Все время я старался от всей души наставить вас на правильный путь. Большинство не понимает христианства. Некоторые поняли; поняли, что самое главное — понуждать себя к деланию заповедей Христовых и каяться в своих недостатках и нарушениях заповедей, каяться всегда, считать себя негодными для Царствия Божия, умолять Господа о милости, как мытарь: «Боже, милостив буди мне, грешнику».
Вот мой завет умирающего: кайтесь, считайте себя, как мытарь, грешниками, умоляйте о милости Божией и жалейте друг друга.
А кто из вас обидел меня, кто ненавидел (были такие) праведно или ложно, да простит вам всем Господь. От искреннего сердца прошу, чтобы Господь всех вас простил и вразумил, и привел ко спасению.
Благословение Божие да будет со всеми вами вовеки. Поминайте меня, грешного. Аминь.
22 августа 1963 г.
Никаких жалоб от него не слышали. «Батюшка, больно? — Нет. Так, кое-когда неприятные ощущения». Купили на смерть тапочки. С веселой улыбкой примерил: «Вот хороши». Сделали покрывало на гроб — посмотрел и нашел ошибку в надписании. Увидел, как понесли гроб для него, и был доволен, что все готово. Так умирают истинные христиане.
Когда спросили батюшку, как и где хоронить, он ответил: «Бесполезно говорить, потому что этого никогда не исполняют». Но когда ближние, уже определив (тайно от него) место для погребения, пришли к его постели, он сразу же спросил их: «Ну, как, нашли мне место?» Вообще, в период последней болезни батюшка особенно часто удивлял своей прозорливостью. За несколько дней до кончины он неожиданно попросил найти и вслух зачитать то место в жизнеописании старца Амвросия Оптинского, где говорится о запахе тления, появившемся от его тела по смерти. Смысл этой странной просьбы открылся вскоре.
Последнее время мы беспокоились, как бы батюшка не умер в наше отсутствие. Но он твердо заверил нас: «Не беспокойтесь, не умру без вас. Когда надо, всех позову». И действительно, когда 7 сентября в полдень он тихо кончался, все собрались около него в эти минуты и со свечами в руках совершили отходные молитвы. Верно, всех он позвал.