В поперечном вертикальном сечении культурные отложения напоминают трапецию с приблизительно одинаковыми сторонами. Такой силуэт античных напластований объясняется прежде всего тем, что они накапливались внутри периметра крепостных стен, в дальнейшем почти полностью разобранных. Поскольку, как выяснилось в процессе раскопок, Керкинитида являлась сырцово-каменным городом (основным строительным материалом служил сырцовый кирпич), культурные отложения памятника представляют собой мощные развалы сырцовых кладок, разделенные глинобитными полами, утоптанными золистыми поверхностями, каменными и галечными вымостками и строительным отесом. Причем подобные напластования накапливались не перманентно, а в результате периодического и сознательного разрушения обветшалых стен и нивелирования их продуктов. Разравнивание сырцовых развалов каждый раз приводило к значительному повышению дневной поверхности квартала — на 0,6—0,8 м. Эти завалы преимущественно желтого цвета, реже светло-серого оттенка. Их цвет меняется в зависимости от времени года и влажности атмосферы.
Снивелированные до единого уровня сырцовые развалы, как правило, достигали поверхности каменных цоколей, которые повсеместно и неоднократно использовались в качестве фундаментов для последующих каменных оснований новых сырцовых построек, поскольку планировка строительных комплексов существенно не менялась. Но и тогда, когда кладки старых цоколей не просматривались над развалами сырца, строители безошибочно возводили над ними новые стены. Во время раскопок обнаружено несколько ярусов каменных кладок, перекрывающих друг друга и полностью сохранивших свою ориентацию.
Во всей толще древних напластований вычленяются два основных культурно-исторических яруса — древнегреческий и скифский, связанных с полной сменой не только населения, но и его материальной и духовной культуры. Они не равнозначны ни по мощности отложений, ни по времени своего накопления. В древнеэллинских отложениях выделяется четыре градостроительных этапа, естественно, не считая локальных перестроек, касающихся отдельных домов или смежных жилых комплексов. Первый горизонт относится ко второй половине VI в. до н. э. — около 470 г. до н. э.; второй — ко времени около 470 — около 400 гг. до н. э.; третий — около 400 — около 325 гг. до н. э.; четвертый горизонт — около 325 г. до н. э. — третья четверть II в. до н. э. Варвары захватили Керкинитиду в период скифо-херсонесских войн и вынуждены были оставить ее результате наступления понтийских войск во главе с полководцем Митридата VI Евпатора — Диофанта — в 113/112 гг. до н. э., когда город был возвращен Херсонесу, но, увы, больше никогда не возрождался. Саму бухту использовали на протяжении всего античного периода, о чем свидетельствуют многочисленные фрагменты керамического боя, постоянно извлекаемого со дна современного Евпаторийского порта. Редкие находки первых веков нашей эры происходят с самого городища, где до сих пор не удалось зафиксировать непотревоженный культурный слой римского времени. Вероятно, на территории Керкинитиды располагалось небольшое поселение (якорная стоянка?), столь незначительное, что пока не удается обнаружить его реальные остатки.
Поселок первых колонистов располагался в южной части памятника и занимал площадь едва ли более 0,8—1 га. Первопоселенцы, их дети и внуки на протяжении 60—70-ти лет ютились в заглубленных на 0,7—1,0 м в песчаный береговой вал прямоугольных полуземлянках, площадью 9—12 кв. м каждая. Их стены были сложены из сырцовых кирпичей поверх каменного бутового цоколя. Пока открыты лишь остатки периферийных построек первоначальной апойкии, ядро которой, вероятно, находилось в юго-западной части памятника. Причем полуземлянки располагались не хаотично по отношению друг к другу, а с выдержанной ориентацией стен, что может свидетельствовать о какой-то регламентации жилой застройки внутри поселения.
Качественный скачок в развитии Керкинитиды произошел в конце первой трети V в. до н. э. (около 470 г. до н. э.), когда территория мыса площадью около 3,2—3,3 га была обнесена мощными оборонительными стенами, а все внутрикрепостное пространство разделено на приблизительно одинаковые участки, застроенные жилыми домами. Этот совпал с выпуском в обращение новой оригинальной монеты-рыбки. Именно с этого периода можно говорить о Керкинитиде как о полностью сложившемся в архитектурно-градостроительном отношении городе. Следовательно, процесс окончательного формирования полиса завершился, эллинская община доказала свою жизнеспособность.
После этого Керкинитида пережила еще две капитальные реконструкции: на рубеже V—IV вв. до н. э. и в третьей четверти IV в. до н. э., что приводило не только к полной перестройке оборонительных сооружений и жилых кварталов, но и увеличивало территорию города сначала до 4,3 га, а затем — до 5,3 га. На протяжении последующих двух столетий, до самого захвата города скифами, площадь городища не изменялась. В 60-е гг. III в. до н. э. жилая застройка была сокращена за счет сноса и нивелировки жилых домов в центральной части города, перегороженной, в связи с возросшей опасностью, новой крепостной стеной. Керкинитида, таким образом, была поделена на приблизительно две одинаковых части — 2,3 и 3 га каждая.