К сожалению, судьба Карбышева сразу сложилась трагически. 8 августа 1941 года при попытке выйти из окружения он был тяжело контужен в бою у деревни Добрейка Шкловского района Могилёвской области, что в Белоруссии. В бессознательном состоянии генерал был захвачен в плен. Немцы очень рассчитывали, что бывший царский офицер, дворянин Карбышев перейдет к ним на службу. Именно он, а не генерал Власов, по замыслу фашистов, должен был возглавить Русскую освободительную армию. Однако Карбышев до последней минуты своей жизни остался верен военной присяге и своей Родине. В февральские дни 1945 года в концлагере Маутхаузен его после зверских пыток раздели догола, вывели на холод, поливали водой, а затем убили. Позже тело генерала сожгли в лагерной печи.

Не уберегла судьба и Ватутина, став для него в 1944 году фатальной. Но тогда, в конце 1920-х годов, он не знал, сколько жизненных верст ему ещё придется пройти. Пока же быстротечное время отсчитывало дни, недели, месяцы и годы, а жизнь — многогранная и многоцветная, заполняла эти дни, как правило, чем-то новым, не похожим на то, что было ещё сегодня или вчера.

Академические будни Ватутина были насыщенными. К тому же учебный процесс постоянно усложнялся. Так, в мае 1927 года Реввоенсовет СССР ввел в действие Положение о высших военно-учебных заведениях, в соответствии с которым на Военную академию им. М. В. Фрунзе возложили задачу по подготовке командиров-единоначальников и штабных офицеров в звене полк—корпус, чего не было раньше. Претерпел изменения и учебный процесс. В частности, были сокращены часы на стратегию и оперативное искусство, зато увеличилось их количество на тактику. Теперь на 1-м курсе изучались действия полка, на 2-м — дивизии, на 3-м — корпуса.

Вновь обратимся к воспоминаниям Р. Я. Малиновского: «Основательно поставленные в академии групповые занятия по тактике на картах и на местности были главной формой изучения прикладной стороны курса тактики. Он охватывал все формы боевых действий в масштабе от батальона до корпуса и все стороны их организации и обеспечения. Большое значение имели также летние подвижные лагеря, где отрабатывались сквозные тактические задачи и проводились военные игры. Преподаватели и слушатели во время этих занятий передвигались в конном строю. Командно-штабные учения и оперативные игры проводились очень поучительно, приближенно к условиям боевой обстановки. Причем руководитель занятий не был связан жестким регламентом методической разработки, что способствовало творческому подходу к делу. Некоторым группам повезло: руководителями у них были заместитель наркома обороны М. Н. Тухачевский и командующий войсками МВО [Московского военного округа] И. П. Уборевич. Это возбуждало большой интерес к занятиям, а главное — способствовало выработке волевых качеств, необходимых командиру».

На курсе, где учился Ватутин, всем слушателям выдали топографические карты командира полка, и с этого момента они вступили в командование воинской частью. Как свидетельствует биограф М. Г. Брагин, Ватутин «получил приказ вышестоящего штаба, определяющий задачу его части, и несколько телеграмм, в которых дополнительно, но весьма неопределенно сообщалось о противнике, которого надо было разведать. Ватутин имел сведения о состоянии дорог и положении тылов, а также метеосводку и прогноз погоды. Такие же материалы получили и другие слушатели. Они составили штаб войсковой части, и начались... боевые действия, не прекращавшиеся в течение всего академического курса. “Противником” были преподаватели, опытные, знающие, требовательные».

Конечно, это была игра. Большая, хорошо организованная, с конкретными целями. Однако из истории войн известно, как важны такого рода игры. Смоделировав заранее предстоящую операцию на карте, на макете местности, командиру легче потом добиться победы над противником, а также избежать напрасных потерь.

Задачи менялись чуть ли не каждый день. «Комполка» Ватутин со своими «батальонами» наступал и оборонялся, форсировал водные преграды и совершал многокилометровые марши... От курса к курсу эти задачи усложнялись. В дальнейшем Ватутину пришлось выступать в роли командира дивизии и вести вперед полки, а затем, в качестве «командира корпуса», и дивизии. В его служебной характеристике того времени записано: «Не признает шаблона. Склонен к ведению маневренного боя. Умеет трезво оценивать самые сложные ситуации и находить оптимальные выходы из них».

Как человек, стремящийся к знаниям, Ватутин перечитал в то время горы различной литературы по военной тематике. Он регулярно посещал библиотеки родной академии, Центрального дома Красной армии (ЦДКА), а также Государственную библиотеку им. В. И. Ленина. В его читательском формуляре значились труды Б. М. Шапошникова «На Висле: к истории кампании 1920 года», А. И. Верховского «Основы подготовки командиров», «Огонь, манёвр и маскировка», «Эволюция военного искусства» А. А. Свечина, «Мои воспоминания» А. А. Брусилова... С большим интересом наш герой прочитал биографии выдающихся русских полководцев А. В. Суворова, М. И. Кутузова, М. Д. Скобелева и других именитых военачальников.

В академии у Ватутина появилась тяга к штабной работе. Он с увлечением работал с картами, готовил донесения и распоряжения, проводил расчеты сил и средств. Причем все это Ватутин делал аккуратно, скрупулезно, как и положено штабному работнику. Уже тогда однокашники отметили в нем штабной склад ума. Сам Ватутин в то время еще и не предполагал, что штабная работа станет его призванием.

Большое влияние на Ватутина оказала и книга патриарха штабной работы Бориса Михайловича Шапошникова «Мозг армии». В этом фундаментальном труде Шапошников, являвшийся тогда начальником Штаба РККА, определил основные положения о характере будущей войны, раскрыл особенности руководства армией в войне и дал чёткое представление о роли, функциях и структуре Генерального штаба как органа Верховного главнокомандования по управлению вооружёнными силами.

Позже Ватутину посчастливилось служить под началом этого крупного военачальника. Как никто другой, Шапошников был наделен всеми необходимыми качествами для работы в «мозге армии» — прекрасным знанием военного дела, огромным трудолюбием, отменной штабной культурой и высоким чувством ответственности. Подкупали в нем и такие качества характера, как выдержанность, вежливость, скромность и тактичность в общении с подчиненными. Именно от Бориса Михайловича Ватутин получил солидный багаж знаний, особенно в области оперативного искусства. Одновременно приобрел и богатейший опыт штабной службы.

— Штабная работа, — часто любил повторять Шапошников, — должна помогать командиру организовывать бой. Штаб — первейший орган, с помощью которого командир проводит в жизнь свои решения... В современных условиях без четко сколоченного штаба нельзя думать о хорошем управлении войсками.

Эти мудрые слова стали для Ватутина своего рода девизом, когда он будет руководить различными штабами.

Между тем учеба Ватутина в академии близилась к завершению. Быстро пролетели три года, вобравшие в себя не только теоретические занятия, но и практические занятия на стрелковом, инженерном, химическом и артиллерийском полигонах. Кроме того, были еще выезды на учения и маневры, а также стажировки непосредственно в воинских частях. В преддверии выпуска Ватутин выступил со статьей в академическом журнале «Рупор». Заканчивалась статья такими словами: «Уходя из академии, мы желаем, чтобы опыт нашей работы был учтен, чтобы академия организовала прочную связь со своими питомцами, а о себе мы говорим: “Мы готовы к работе в РККА”».

Ватутин был в числе участников праздничного военного парада на Красной площади 1 мая 1929 года. Принимал парад нарком по военным и морским делам СССР К. Е. Ворошилов, командовал парадом командующий войсками Московского военного округа И. П. Уборевич. Под звуки торжественного марша выпускной курс по традиции прошел во главе остальных батальонов академии. На этом параде впервые была продемонстрирована техническая мощь Красной армии. В ровных колоннах прошли броневики, автомоточасти с пулеметами на грузовых и легковых машинах, артиллерия, легкие и тяжелые танки.

А через две недели начались выпускные экзамены. Ватутин сдал их успешно. В его выпускной аттестации было записано: «По своей подготовке и свойствам характера может быть единоначальником».

Пришло время прощания со столицей, с ее шумными улицами и уютными скверами, всегда многолюдной Красной площадью, шумной Тверской улицей, величественным Кремлем, Большим театром, Третьяковской галереей... Грустно было расставаться с академией, ставшей за три года родной. В соответствии с приказом наркома обороны К. Е. Ворошилова все выпускники академии получили новое назначение и убыли к местам дислокации своих воинских частей. Кто в Белоруссию, кто на Дальний Восток, кто в Среднюю Азию...

Ватутин опять отправился служить на Украину, в 7-ю стрелковую дивизию, куда его назначили на должность помощника начальника оперативной части штаба. Это назначение стало поворотным в его дальнейшей служебной карьере. Ведь раньше, как мы знаем, он занимал исключительно командные должности, теперь же ему предстояло заниматься штабной работой.