Таши Намгьял и Джамгон Конгтрул – авторы комментариев к текстам традиции махамудры – отмечают, что выполнение практик метода сутры закладывает основу для выполнения тантрической практики Ваджрасаттвы. Главное внимание в практиках метода сутры уделяется необходимости очищения (sbyang ba) потока ума от препятствий, мешающих духовному развитию. Существует два вида препятствий – проступки (sdig pa) и омрачения (sgrib pa). Следуя принятому обету бодхисаттвы, практикующие осознают свои прошлые негативные действия и другие проступки, а также их неизбежное развитие в ментальные факторы, которые будут препятствовать реализации истинной природы ума. Таши Намгьял предупреждает практикующих:

Вам придётся столкнуться со склонностью к негативным поступкам, причиной которой являются подобные [прошлые] негативные деяния, совершённые из-за слабости. [TN, 288]

Джамгон Конгтрул говорит об этом так:

В силу взаимосвязи между причиной и следствием у вас будет естественная склонность к принесению вреда, и в результате ваши страдания будут регулярно усиливаться. [Jamgön Kongtrül, 1977, 83]

Говоря кратко, от практикующих требуется размышлять о негативных последствиях (nyes byas) [TN, 238] прошлых и нынешних ситуаций, особенно о великой силе прошлых негативных кармических деяний, которую необходимо преодолеть. Без признания постоянного негативного влияния, которое оказывают эти факторы на процесс духовного развития, очень тяжело продвигаться вперёд:

Очень сложно добиться духовной реализации, постижения пути к всеведению и его плоду, страдая от омрачений, вызванных созреванием проступков, совершавшихся с безначальных времён. Эти [негативные ментальные факторы] обладают огромной силой. Если их не очистить, то в дальнейшем нам придётся страдать, бесконечно блуждая в сансаре. К чему нам страдания сансары [когда ситуацию можно исправить]? Это всё равно что расплёскивать воду из ведра. Поэтому необходимо приложить все усилия к тому, чтобы очистить все проступки и омрачения. [TN, 238][261]

Термины «проступки» и «омрачения» имеют строго определённые значения. Проступки – это нарушение какого-либо правила буддийской морали. Омрачения – это загрязняющие факторы, которые возникают в потоке ума и мешают реализации его истинной природы. Однако омрачения обычно не связаны с нарушениями моральной дисциплины. Оба явления классифицируются как препятствия, потому что мешают прогрессу на пути духовного развития.

Фундаментальными методами сутры являются раскаяние (gshags pa), самоконтроль (sdom pa) и молитва (gsol ba "debs pa). Раскаяние – это ментальное действие, которое следует непосредственно за одним из четырёх размышлений – в данном случае за размышлением о доктрине причины и следствия. Таши Намгьял пишет об этом так:

Раскаяние приходит от сожаления ["gyod pa] о проступках, совершённых прежде. [TN, 239]

Истинное раскаяние практикуется искренне, прочувствованно:

Сказать «Я совершил проступок» означает признать, что поступил плохо. Сказать это с искренним сожалением, испытывая при этом муки совести, означает раскаяться. Понятие «раскаяние» включает в себя уважение и почтительное отношение к тем, кто не совершал подобных проступков, стыд и сожаление о собственных дурных делах и непосредственно саму молитву: «Отнеситесь ко мне с состраданием и очистите мои проступки». [Jamgön Kongtrül, 1977, 84]

Хотя раскаяние и снижает потенциальную силу последствий предыдущих негативных действий, оно не может оградить практикующих от совершения подобных негативных действий в будущем. Когда возникает ситуация, способствующая совершению соответствующего негативного действия, практикующим следует приложить усилие и сдержаться. Раскаяние больше воздействует на уже совершённые действия – сглаживает их последствия. Самоконтроль же помогает предотвратить негативные действия в будущем.

Эффект применения методов раскаяния и самоконтроля основан на принципах доктрины причины и следствия. Четыре главных аспекта любого кармического действия заключаются в следующем: 1) следствие любого действия непременно проявится через определённое время; 2) действия приумножаются в своих последствиях; 3) действие, которое так и не было осуществлено, не влечёт следствий; 4) следствие любого действия никогда не теряет силы своего воздействия.[262]

Четыре противодействующие силы (stobs bzhi) [TN, 239–240] являются теми средствами, которые противопоставляются каждому их четырёх аспектов. Они представляют собой более систематический метод практики раскаяния и самоконтроля. Первая противодействующая сила – это «непрерывная практика, приводящая к ослаблению [последствий]» [TN, 239]. Ослабление (rnam par sun pa) – это процесс, который противопоставлен созреванию (rnam par smin ba); оно становится возможным в результате раскаяния и самоконтроля, которые осуществляются «с сожалением о ранее совершённых проступках» [TN, 239].

Вторая противодействующая сила – это «непрерывное применение противоядия» [TN, 239], необходимое для того, чтобы не позволить негативным кармическим склонностям приумножаться. Совершение благих действий не оставляет возможности предыдущим негативным действиям усиливать своё воздействие в будущем.

Третья противодействующая сила – это «поворот вспять обусловливающего негативного действия» посредством воздержания (sdom pa) от его повторного совершения в будущем [TN, 239]. Практикующие дают обещание: «Даже если моя собственная жизнь будет под угрозой, я никогда не совершу этого снова» [Jamgön Kongtrül, 1977, 84]. Это и есть самоконтроль. Поскольку созревание последствий никогда не останавливается, единственный способ добиться полного прекращения страдания – это достичь просветления.

Четвёртая противодействующая сила заключается в использовании принятия прибежища и бодхичитты в качестве опоры (rten) для духовного развития, результатом которого является просветление.

Другой распространённый способ устранения препятствий заключается в использовании шести противоядий (gnyen drug): рассказывать другим о драгоценных качествах будд и бодхисаттв; изготавливать алтари; совершать подношения, читать сутры и другие буддийские тексты; повторять мантры; разбираться в буддийских доктринах, таких как доктрина о пустотности [Jamgön Kongtrül, 1977, 85].

Молитва (gsol ba "deb pa) является ещё одним методом, используемым для очищения проступков. Раскаяние и самоконтроль – это позитивные действия, которые инициируются и совершаются самими практикующими. Молитва, хоть и инициируется самими практикующими, при этом обращена к кому-то другому – практикующие обращаются к высшему существу и просят устранить препятствия из потока их ума. В коренном тексте, посвящённом махамудре, Вангчуг Дордже показывает, как молитва становится движущей силой раскаяния:

Я принимаю прибежище в высшем существе.