Все, о чем говорилось выше, повлияло на организационное строительство органов контрразведки и сужало задачу последней для защиты армейских секретов. На территории округов, не входивших в район театра военных действий (ТВД), продолжали функционировать контрразведывательные отделения (КРО) окружных штабов. Насущный вопрос об увеличении числа КРО, либо о создании подчиненных им органов в стратегически важных пунктах страны не был продуман и спланирован заранее.

Начало Первой мировой войны поставило военное командование перед необходимостью развертывания дополнительных контрразведывательных подразделений для оперативного обслуживания частей и соединений Действующей армии. Во второй половине 1914 г. были образованы контрразведывательные отделения штабов фронтов, армий, а несколько позднее и контрразведывательные пункты (КРП) при штабах корпусов.

Руководство разведывательной и контрразведывательной работой на фронте приняло на себя управление генерал-квартирмейстера Ставки Верховного главнокомандующего. На него замыкались не только КРО штабов фронтов, армий, но и контрразведывательные отделения штабов военных округов, на территории которых разворачивались боевые действия.

Контрразведывательную работу в масштабах того или иного фронта направляло КРО соответствующего штаба, одновременно оно отвечало и за борьбу со шпионажем в самом штабе и в его окружении. Контрразведывательные отделения входящих в состав фронта армий отвечали, в свою очередь, за борьбу со шпионажем в частях и соединениях армии и в армейском тылу. В необходимых случаях начальник КРО штаба армии принимал решение о развертывании в отдельных корпусах армии контрразведывательных пунктов.

В тыловых районах страны продолжала существовать прежняя система органов контрразведки, которая включала в себя КРО ГУГШ и контрразведывательные отделения штабов военных округов вне театра военных действий. Координация работы между фронтовыми и тыловыми органами контрразведки фактически отсутствовала. КРО ГУГШ являлось лишь центральным регистрационным органом, куда все контрразведывательные подразделения империи направляли информационные документы о выявленных иностранных шпионах и заподозренных в ведении шпионажа лицах. 9 августа 1915 г. КРО ГУГШ получило новое наименование, более соответствовавшее характеру решаемых задач: Центральное военно-регистрационное бюро (ЦВРБ ГУГШ).

Ситуация еще более осложнилась после образования военно-морской контрразведки. В сентябре 1915 г. было разработано «Положение о морских контрразведывательных отделениях», согласно которому были созданы КРО Морского Генерального штаба, Финляндское, Балтийское, Черноморское, Беломорское и Тихоокеанское контрразведывательные отделения, а также «Центральное морское регистрационное бюро». Организационно все перечисленные контрразведывательные органы входили в состав Военно-морского министерства.

Отсутствие единого руководства, а соответственно и координации, взаимодействия между контрразведывательными подразделениями тыла, фронта и флота негативно сказывались на эффективности борьбы со шпионажем.

Оперативно-розыскная работа органов российской контрразведки регламентировалась в период 1914–1916 г. несколькими ведомственными нормативными актами. В тыловых районах страны в полном объеме сохраняло свою силу «Положение о контрразведывательных отделениях» 1911 г. На театре военных действий основным руководящим документом стало «Наставление по контрразведке в военное время», утвержденное Верховным Главнокомандующим 6 июня 1915 г. В свою очередь, военно-морская контрразведка опиралась в своей работе на «Положение о морской контрразведывательной службе», подписанное морским министром генерал-адъютантом И. К. Григоровичем 28 декабря 1916 г. Февральская революция 1917 г. и связанные с нею события не могли не отразиться на судьбе органов российской контрразведки. 23 апреля новое правительство утверждает «Временное положение о контрразведывательной службе во внутреннем районе», а 2 мая 1917 г. — «Временное положение о контрразведывательной службе на театре военных действий».

Принятые нормативные акты вносили существенные изменения и в организационную структуру органов контрразведки.

Они сводились в основном к большей централизации и координации деятельности контрразведывательных органов. Общее руководство всей сухопутной контрразведывательной службой возлагалось на генерал-квартирмейстера Генерального штаба. Кроме того, он отвечал за координацию деятельности российских контрразведывательных органов в целом через посредство начальников штаба Верховного Главнокомандующего и Морского Генерального штаба.

В ГУГШ создавались Контрразведывательная часть обер-квартирмейстера (КРЧ), Центральное контрразведывательное отделение (ЦКРО) и Центральное бюро (ЦБ).

На КРЧ, в частности, возлагались контроль и координация деятельности контрразведывательных органов внутренних военных округов; ЦКРО занималось организацией заграничной контрразведывательной службы, противодействием иностранному «дипломатическому» шпионажу, а также выявлением и разработкой неприятельских агентов, проникших в высшие военные учреждения (за исключением военно-морских); Центральное бюро отвечало за сбор и обработку информации о разведывательно-подрывной деятельности иностранных разведок, поступавшей из местных органов контрразведки.

На театре военных действий за руководство контрразведывательной службой отвечал второй генерал-квартирмейстер штаба Верховного Главнокомандующего. Как и в ГУГШ, при штабе Верховного Главнокомандующего были образованы Контрразведывательная часть для руководства всеми КРО фронтов и армий, а также контрразведывательное отделение, отвечавшее за борьбу со шпионажем в районе дислокации самого штаба.

Проведенные организационные преобразования следует признать в целом положительными, так как они помогали отчасти разрешить застарелые проблемы, связанные с отсутствием единого руководства контрразведкой. Однако новое осложнение политической обстановки в стране, революция октября 1917 г. до основания потрясли вооруженные силы. К марту 1918 г. прекратили свое существование прежние штабы фронтов, военных округов, армий и корпусов, а вместе с ними было расформировано и большинство контрразведывательных подразделений.

Внешняя разведка на рубеже XIX–XX вв. осуществлялась в Российской империи силами многих ведомств. Но основной объем этой работы выполняли Министерство иностранных дел, Военное и Военно-морское министерства.

В рамках МИД координацией сбора интересовавшей российское правительство политической информации за рубежом занимался Департамент внешних сношений, в состав которого входили российские дипломатические представительства за рубежом. Последние и являлись фактически исполнительными органами внешнеполитической разведки на местах. По состоянию на 1912 г. всего за рубежом насчитывалось 175 штатных российских посольств, миссий, консульств и т. п. Специальных структур внутри МИД и в посольствах, которым бы поручали вести разведывательную работу, не существовало. В качестве непосредственных организаторов разведывательной работы за рубежом выступали главы российских дипломатических представительств.

В рамках центрального аппарата МИД активную работу проводил Цифирный отдел, решавший задачи по созданию шифров и дешифровке перехваченной российской разведкой иностранной дипломатической переписки.

Только в апреле 1916 г. в МИД был создан Осведомительный отдел, который занимался добыванием информации за рубежом, обобщал поступавшие из различных источников, включая агентурные, сведения и докладывал их руководству МИД и страны.

Общее руководство военной разведкой, как и военной контрразведкой, осуществляло Особое делопроизводство ГУГШ Военного министерства. Оно отвечало, в частности, за выработку единой программы разведывательной деятельности, а также ведало военными агентами (атташе) России за рубежом.

После завершения русско-японской войны 1904–1905 гг. при штабах военных округов были образованы разведывательные отделения, которые под общим руководством Особого делопроизводства ГУГШ вели разведку на сопредельной территории иностранных государств. Так, по состоянию на 1909 г. разведывательное отделение штаба Петербургского военного округа осуществляло разведку в Скандинавских странах и Великобритании, их коллеги из Варшавского военного округа — в Германии и частично в Австро-Венгрии.