Также в Болгарию со временем уехали архиепископ Полтавский и Переяславский Феофан (Быстров), до 1922 г. служивший на подворьях русских афонских обителей в Константинополе, и епископ Лубенский Серафим (Соболев), некоторое время преподававший догматическое богословие в Высшей Духовной школе Константинопольского Патриархата на острове Халки.

Согласно указу Местоблюстителя Вселенского Патриархата от 2 декабря 1920 г. русские общины на территории Турции имели автономный статус, и до 1924 г. состоявший из них русский Константинопольский церковный округ фактически существовал в виде самостоятельной епархии, которой руководили архиепископ Анастасий и Епископский совет. Владыке Анастасию подчинялись и общины в русских военных лагерях на греческих островах Лесбос и Лимнос; 24 апреля 1922 г. он был избран председателем объединявшего 34 общественные организации Русского комитета в Турции. В 1923 г. архиепископу нанес официальный визит Гибралтарский епископ Англиканской Церкви⁴².

Как уже говорилось, в мае-июне 1923 г. Владыка Анастасий принял участие в проходившем в Стамбуле Всеправославном совещании, где выступил в качестве руководителя оппозиции против предложенных Вселенским Патриархом «противоречивших православной традиции» реформ. Данный конфликт резко ухудшил отношения русских общин с Константинопольским Патриархатом. После завершения Всеправославного совещания Патриарх Мелетий указал архиеп. Анастасию, что он в будущем должен поминать за богослужением только Вселенского Патриарха. Это требование оказалось неприемлемым для архиепископа и выполнено не было⁴³.

На отношение к русским приходам повлияла и лояльная к советскому правительству политика Константинополя. 29 марта 1924 г. Владыка Анастасий получил грамоту Вселенской Патриархии, в которой русским клирикам на территории Патриархата предписывалось избегать «проявлений политического свойства, равно как возношения имен и особ, указывающих на политические упования и предпочтения и потому могущих причинить серьезный вред и в частности, и вообще». Разъясняя содержание этой грамоты, секретарь Константинопольского Синода писал, что здесь «запрещается касаться большевизма со всех точек зрения, даже как ярко выраженного антирелигиозного и антиморального начала, так как это могло бы набросить тень на советскую власть, признанную законной всем русским народом и Патриархом Тихоном»⁴⁴.

Кроме того, в связи с признанием Константинопольской Патриархией обновленческого Синода в СССР, русским архиереям в Стамбуле было строго запрещено возносить имя Патриарха Тихона за богослужением и поминать зарубежный Русский Архиерейский Синод. Архиепископы Анастасий (Грибановский) и Александр (Немоловский) отказались повиноваться этому указу. В результате Патриарх Григорий VII 31 марта назначил особую следственную комиссию из трех митрополитов по делу русских архиереев, которые, по его мнению, незаконно вторглись в область компетенции Вселенского Патриархата по окормлению эмигрантов из России, и обратился к Сербскому Патриарху Димитрию с предложением упразднить Зарубежный Русский Синод, но сочувствия не нашел. 30 апреля, ввиду отказа пребывавших в Стамбуле русских архиереев прекратить поминовение Патриарха Тихона и признать советскую власть, Константинопольский Синод запретил в служении архиепископов Анастасия Кишиневского и Александра Алеутского и Северо-Американского. В этот же день Патриарх Григорий VII заявил о неканоничности Русского Архиерейского Синода за границей: «Существование и деятельность Русского Синода в чужой церковной области… никакой канонической силы иметь не может, и… он должен как можно скорее прекратить свое существование согласно… постановлению Патриарха Тихона»⁴⁵.

8 мая 1924 г. Синодальная следственная комиссия направила Владыке Анастасию угрожающее письмо: «Постановление о Вас о немедленном пресечении священнодействования и церковнодействования здесь принято… не просто на основании только что поданных против Вас жалоб, но также и главным образом вследствие данных, существующих уже давно, о том, что, к сожалению, Ваше Высокопреосвященство и отчасти и Высокопреосвященнейший Архиепископ Северо-Американский Александр в церковной деятельности Вашей здесь, в архиепископии Константинопольской, превышаете нормы, указанные в грамоте патриархии от 2 декабря 1920 г. за № 9084, возможной церковной деятельности Вашей здесь, как беженцев и гостящих в чужой епархии архиереев.

Существует уже достаточно данных, свидетельствующих, что Ваше Высокопреосвященство, вопреки вышеупомянутой грамоте и воспрещению общего Патриаршего и Синодального циркуляра об архиереях-беженцах, который и Вы в свое время получили к сведению, действуете здесь с превышением своих прав, поступая как архиереи правящие и имеющие права власти церковной административной и судебной, что, конечно, не может быть допущено канонически, как несовместимое с вашим положением архиереев-беженцев, гостящих в чужой епархии. Известно также, что Вами или через Вас произведено много хиротоний, пострижений в монашество и т. п. Также из многократных данных удостоверено использование Вами Церкви при служениях и в проповедях для политических выступлений, несовместимых с церковным характером и по другим соображениям весьма неуместных здесь.

По этим причинам, а не просто из-за поданных только что жалоб, Священный Синод счел необходимым пресечь немедленно данное ранее Вам разрешение священнодействовать и вообще исполнять какую бы то ни было церковно-административную власть здесь, до представления Вами удовлетворительного ответа по всем пунктам обвинений, предъявленных Вам… В заключение комиссия замечает Вам, что поднятый неуместно шум для извращения сущности вопроса может составить новые элементы ответственности». В результате Владыка Анастасий после Пасхи 1924 г. был вынужден покинуть Стамбул и через Францию выехал в Болгарию, где участвовал в освящении Александро-Невского собора в Софии, а потом переехал в Сремски Карловцы для участия в очередном Архиерейском Соборе. По поручению последнего архиепископ был направлен в Иерусалим (прибыл туда в декабре 1924 г.), и до 1935 г. наблюдал за деятельностью Русской Духовной Миссии в Палестине⁴⁶.

В 1930-е гг. митрополит Евлогий (Георгиевский), видимо пытаясь обелить Константинопольский Патриархат (в юрисдикции которого он тогда находился), вспоминал эти события 1924 г. следующим образом: «Епископа Анастасия только что выслали из Константинополя. Там он произносил зажигательные политические речи на Афонском подворье. Константинопольский Патриарх предостерегал его, советовал учитывать обстановку, помнить, что пользуется гостеприимством турецкой державы, но владыка Анастасий с этим предостережением не посчитался, и потому ему запретили священнослужение. Он уехал из Константинополя»⁴⁷.

Таким образом, в середине 1920-х гг. еще сохранившимся в Турции русским общинам пришлось признать юрисдикцию Вселенского Патриархата. Бедственное материальное и жилищное положение беженцев, прекращение французскими оккупационными властями продовольственной помощи и ультиматум турецких властей о поголовной депортации военных спровоцировали отъезд русских из зоны черноморских проливов, – в основном в Королевство сербов, хорватов и словенцев и Болгарию. В конце 1921 г. в Константинополе осталось 30 тыс. русских, а в сентябре 1922 г. – 18 тыс. При этом в городе все еще было много православного духовенства, – так, на 26 октября 1921 г. из 30 тыс. беженцев 150 являлись священнослужителями⁴⁸.

Укрепление в Турции власти светского правительства генерала Мустафы Кемаля (Ататюрка) и его сближение с Советской Россией существенно сказалось на положении эмигрантов. По Лозаннскому договору 1923 г. между Турцией и европейскими государствами был урегулирован вопрос Константинополя и проливов. Они оказались демилитаризованы, а город вскоре возвращен под управление турецких властей. К началу 1924 г. в Стамбуле и его окрестностях осталось около 10 тыс. русских эмигрантов. В дальнейшем их число неуклонно сокращалось: в 1926 г. – 5 тыс., 1928 г. – 1747, 1934 г. – 1695, а в 1937 г. – 1200⁴⁹.

Это во многом было связано с постепенным ужесточением турецкой политики в отношении русских беженцев. Весной 1925 г. правительство приняло несколько декретов, на основании которых иностранцы не имели права заниматься целым рядом ремесел и профессий. Кроме того, русским эмигрантам было предписано до 1 января 1927 г. принять советское или турецкое гражданство.

Протесты и вмешательство международной общественности привели лишь к продлению этого срока до августа 1927 г. Только в мае 1928 г. из-за обострившейся политической ситуации из Стамбула в Югославию переселилось 440 русских беженцев⁵⁰.

Быстро уменьшилось и количество церквей – сначала до прежних шести, а потом до трех – при подворьях русских афонских обителей. После установления в 1923 г. дипломатических отношений Турции с Советской Россией все здания российского посольства заняли советские дипломаты, которые сразу же закрыли церкви свт. Николая и свв. Константина и Елены (ее осквернили, устроив в ней бойлерную). В 1923 г. турецкие власти передали Советской России и здание Никольской больницы, церковь которой была закрыта через несколько лет. Впоследствии больница и храм при ней оказались проданы и позднее снесены турками⁵¹.

В 1923–1925 гг. советское правительство пыталось овладеть и подворьями русских афонских обителей, но, так как они официально находились в юрисдикции Вселенского Патриарха и никогда не принадлежали российскому государству, успеха не добилось. Монахи охотно предоставляли в своих зданиях приют беженцам, и постепенно при подворьях образовались большие русские общины (считавшие себя принадлежащими к РПЦЗ). Самой многочисленной и активной из них была община при церкви св. Илии. В 1923 г. в эту общину вошли прихожане закрытой посольской церкви свт. Николая. Настоятелем Ильинской церкви в 1920–40-е гг. служил архимандрит Серафим (Палайда).

Настоятелем Андреевского храма с конца XIX в. по 1934 г. являлся архимандрит Софроний (Баринов), затем иеромонах Мелетий, а с 1940 г. – иеромонах Никон. Один из русских беженцев так писал о своем пребывании на Андреевском подворье в 1920-е гг.: «Здесь не пресеклось православное уставное богослужение, чинное, благоговейное, странно спокойное на фоне всеобщего разрушения, при пении не многолюдного, но дивного хора… Здесь – старая Россия, даже этот запах трапезы в часы стола, эта старая афонская, такая вдумчивая, такая любвеобильная и смиренная вежливость». В 1928–1929 гг. настенные росписи церкви в «нестеровском стиле» выполнил художник Н.П. Перов. Он же написал восемь образов в иконостасе⁵².

В Пантелеимоновском храме весь XX век служили монахи Свято-Пантелеимоновского монастыря. Этот храм славился своим прекрасным хором, основанным в 1925 г. музыкантом Б.Б. Разумовским. Регентом хора долгое время был художник Н.К. Перов, украсивший в 1920-е гг. стены церкви росписями. Умерших в Стамбуле русских эмигрантов хоронили на русском участке греческого кладбища в северном квартале Шили, где была построена небольшая часовня⁵³.

В конце 1929 г. турецкие власти, пытаясь возместить ущерб, нанесенный национализацией собственности турецких граждан в СССР, реквизировали все три подворья и опечатали их храмы. Подворья заняли турецкие учреждения и квартиросъемщики. В связи с этим советское правительство предприняло новую попытку завладеть подворским имуществом. Только в 1934 г., благодаря заступничеству Вселенского Патриарха и помощи Европейской комиссии, улаживавшей споры турок с греками, суд принял решение вернуть русским монахам их здания, и богослужения возобновились (при этом исчезнувшую церковную утварь вернуть не удалось). Правда, полностью опасность не была устранена. 6 октября 1935 г. архиепископ Дамиан (Говоров) писал Архиерейскому Собору в Сремских Карловцах, что в Константинополе русские церкви не ограждены от большевиков, и необходима апелляция по делу их имущества к стамбульским властям Свято-Владимирского братства⁵⁴.

В 1939 г. была образована приходская община при Пантелеимоновской церкви, а в 1943 г. – при Андреевском храме. Летом 1940 г. архимандрит Серафим (Палайда) был принят Константинопольским Патриархом, что обсуждалось на заседании Архиерейского Синода РПЦЗ от 22 августа⁵⁵. После оккупации весной 1941 г. Югославии связь русских общин с Архиерейским Синодом в Белграде была надолго прервана. Только 9 декабря 1941 г. Первоиерарх РПЦЗ митрополит Анастасий получил первое письмо от своей паствы из Стамбула, переданное через немецкого лютеранского священника в Белграде⁵⁶.

27 июля 1942 г. Первоиерарх неканоничной автокефальной Хорватской Православной Церкви митрополит Гермоген (Максимов) сообщил архимандриту Серафиму (Палайде) о создании возглавляемой им Церкви и предложил занять пост епископа в ней, однако о. Серафим ответил отказом⁵⁷.