Фундуклей подробно описал и Кирилловскую пещеру: "Она находится в лесу, на правой или киевской стороне оврага, лежащего по сю сторону бывшего Кирилловского монастыря, что ныне городское богоугодное заведение. <…>

Происхождение Кирилловской пещеры очень давнее. В простонародье она служит и поныне предметом баснословного рассказа о змее и о могучем киевском богатыре Кирилле кожемяке. Лютый змей, поселившийся в этой пещере, требовал от киевлян дань людей, и никто не мог противиться чудовищу, кроме Кирилла кожемяки".

О межигорской пещере Фундуклей писал, что находится она "…при спуске в Межигорье дорогою от Киева, на правой ее стороне. <…>

В этой пещере некогда была подземная церковь, обложенная по местам плитами красного камня и кирпичом. По этому камню и форме кирпича видно, что церковь эта принадлежит древнему времени. Близость бывшего здесь Белоспасского монастыря невольно внушает мысль, что ископание пещеры могло принадлежать подвижникам этой обители, когда она подверглась разорению в нашествие Батыя. <…>

В горах и лесах вокруг Киева есть еще и другие пещеры… Некоторые из них, вероятно, ископаны древними отшельниками, для молитвенного уединения; но иные, конечно, вырыты с тою же целью, как и варяжская, и отчасти принадлежат временам гайдаматчины".

Фундуклей оставил в Киеве о себе добрую память.

По свидетельству современников, он не только "щедро и часто раздавал людям свои сбережения, но делал это весьма тактично, чтобы никого не обидеть и не задеть самолюбия". Иван Иванович старался оказывать материальную помощь незаметно для посторонних, словно стеснялся своего благородного поступка.

Он хорошо владел девятью или десятью европейскими языками, но употреблял их лишь в общении с иностранцами. Фундуклей прекрасно играл на фортепиано, однако об этом мало кто знал.

Почти каждый день он обходил улицы и площади Киева, замечал хозяйственные неполадки и принимал решения. А свои решения Фундуклей умел претворять в жизнь.

С собой у него всегда был мешок с медными деньгами для раздачи нищим. За свой счет Иван Иванович впервые вымостил камнем Андреевский спуск, отремонтировал несколько административных зданий, благоустроил рыночные площади, построил фонтан с бассейном и мраморной чашей на Крещатике. Жители Киева назвали этот фонтан Фундуклеевским.

Немало денег гражданский губернатор пожертвовал на городские богоугодные заведения, на храмы и на улучшение содержания арестантов. Когда в 1845 году произошло разрушительное наводнение, Фундуклей не просто помог пострадавшим, а добился, чтобы подобная помощь стала традицией для губернского правления.

Иван Иванович приобрел городскую усадьбу (на углу улиц Богдана Хмельницкого и Пушкинской) и впоследствии подарил ее Первой женской киевской гимназии. Спустя годы она стала называться Фундуклеевской.

Перевод его в Варшаву многие киевляне восприняли как серьезную утрату. А на стене Варяжской пещеры появилась странная надпись: "Фундуклей, мы ждем тебя". Кто ее сделал — так и осталось загадкой.

Одни говорили, что это озорство студентов и гимназистов, другие указывали на Гната Чуприну и Степана Собко — давних приятелей Ивана Ивановича. Ну а любители мистики утверждали, что сами духи подземелья начертали свое пожелание. Надпись на стене пещеры многие годы оставалась не тронутой. И лишь после смерти Фундуклея словно сама собою исчезла.

Несмотря на отъезд своего покровителя, гробокопатель Гнат и колодезник Степан не прекращали исследований. При этом старались особо не привлекать к себе внимания. Губернское начальство стало с подозрением относиться к несанкционированным проникновениям в пещеры.

К середине XIX века в городских подземельях находили убежище не только местные преступники, но и уголовники из других губерний. Появилось немало знатоков киевских пещер, которые за деньги прятали желающих от полиции.

Но и стражи порядка не дремали. Как сообщал в те времена "Киевский телеграф", каждую весну в Печорской, Дворцовой и Плоской частях совершались массовые облавы. Полиция проникала в пещеры, вылавливая воров, бродяг, дезертиров и других подозрительных личностей. Конечно, полностью очистить от них киевские подземелья не удалось.

Помощники Фундуклея Гнат и Степан фиксировали на бумаге каждое свое проникновение в пещеры. Они рисовали схемы обследованных лазов и периодически отправляли отчеты в Варшаву. Наверное, Гнат и Степан получали от Ивана Ивановича инструкции и распоряжения.

Сам он, в силу занятости на новой службе, лишь несколько раз сумел посетить Киев.

Немало любопытствующих пытались выяснить, какие открытия совершили Степан и Гнат, о чем они докладывали Фундуклею, какие задания получали от него из Варшавы. Но гробокопатель и колодезник умели держать язык за зубами.