В настоящее время в классификации вирусов насчитывается 9 порядков, 127 семейств, 44 подсемейства, 782 рода, 4686 видов и свыше 3000 ещё не классифицированных вирусов.
Когда расшифровывали геномы человека и животных, оказалось, что в их составе очень много повторяющихся элементов, имеющих сходство с инфекционными вирусами. У человека они составляют довольно существенную часть — около 8 % генома. Такие элементы называют эндогенными ретровирусами, в отличие от тех ретровирусов, что существуют в природе вне организмов (их называют экзогенными ретровирусами).
За миллионы лет эволюции встроившиеся в геном части вирусов также изменились, и сейчас остались в основном дефектные их части или очень короткие фрагменты. Мутации, накопившиеся в ходе эволюции в эндогенных ретровирусах, не позволяют им образовывать новые инфекционные вирусные частицы.
Коронавирусы
Так называется семейство, включающее на январь 2020 года 40 видов РНК-содержащих вирусов, объединенных в два подсемейства, которые поражают человека и животных.
Эти вирусы похожи на шарик с шиповидными отростками, несколько напоминающий корону. Эти отростки помогают вирусу проникнуть через мембрану клетки путем имитации молекул, на которые реагируют рецепторы клеток. Когда клеточный рецептор захватывает поддельную молекулу с «короны», он продавливается вирусом в клетку, и за ним РНК вируса входит в клетку.
Самые известные представители:
— вирус SARS-CoV, возбудитель атипичной пневмонии, которая всех напугала в 2002 году. Всего заболели 8273 человека, 775 умерло. То есть летальность составила 9,6 %. Считается, что источником инфекции были летучие мыши, которые переносили вирусы пальмовым циветтам, китайским барсукам и енотовидным собакам, продаваемым для еды на рынках в провинции Гуандун в Китае. Люди, которые разделывали или ели этих животных, заразились и распространяли вирус, передавая от человека человеку. После запрета продажи и употребления в пищу животных-переносчиков вспышка угасла, новые случаи SARS давно не регистрировались;
— вирус MERS-CoV, возбудитель ближневосточного респираторного синдрома. С 2012 по 2019 год ВОЗ получила уведомления в общей сложности о 2,5 тысячах подтвержденных случаев заражения, из которых 851 закончился смертельным исходом (летальность 34 %). Всего случаи ближневосточного синдрома были выявлены в 27 странах, но примерно 80 % случаев — в Саудовской Аравии. Вирус, вызывающий ближневосточный синдром, передается человеку преимущественно от инфицированных одногорбых верблюдов-дромадеров, однако возможна передача вируса и от человека человеку;
— вирус SARS-CoV-2, ответственный за пандемию 2020 года. Пока летальность при нем держится на уровне 2,2 %.
Вообще же коронавирусы вызывают заболевания млекопитающих (кошек, собак, свиней, крупного рогатого скота) и птиц. У людей до последнего времени были известны четыре разновидности коронавируса (229E, NL63, OC43 и HKU1), заражение которыми протекает обычно в легкой или вовсе незаметной форме, и два более опасных: SARS и MERS.
Впервые коронавирус человека был выделен в 1965 году от больных ОРВИ. До 2002 года широкой общественности о них практически не было известно, и только когда началась вспышка атипичной пневмонии (другое название: тяжелый острый респираторный синдром), об этих вирусах узнал весь мир. Заболевание вызывалось вирусом SARS-CoV.
Второй раз о коронавирусах заговорили 10 лет спустя, когда вирус MERS-CoV стал возбудителем ближневосточного респираторного синдрома (MERS), первые случаи которого были зарегистрированы в 2012 году. Поскольку этот вирус не передается от человека к человеку, а передается только от верблюда к человеку, то отдельные случаи этого заболевания регистрируют время от времени.
И в третий раз о коронавирусах заговорили в декабре 2019 года, когда в Китае началась вспышка пневмонии, вызванная вирусом SARS-CoV-2. Вскоре она распространилась на другие страны. ВОЗ присвоила этому заболеванию официальное название COVID-19. CO — это «коронавирус», VI — «вирус» и D (disease) означает «заболевание».
Источником коронавирусных инфекций могут быть больной человек или животные. Возможные механизмы передачи: воздушно-капельный, воздушно-пылевой, фекально-оральный, контактный. Заболеваемость растет зимой и ранней весной. В структуре госпитализированных с различными вирусными инфекциями больных коронавирусная инфекция составляет в среднем 12 %. Иммунитет после перенесенной болезни непродолжительный, как правило, не защищает от повторного инфицирования.
При этом надо знать, что специфические антитела к различным коронавирусам выявлены у 80 % людей. То есть эти люди болели одной из подобных инфекций либо были ее носителем.
Коронавирусы поражают эпителиальные клетки дыхательных путей и желудочно-кишечного тракта, соответственно выделение вирусов также производится дыхательной и пищеварительной системами и возможен воздушно-капельный, контактный и пищевой/водный пути передачи. В клинике нынешней эпидемии преобладают воздушно-капельный и контактный пути.
Инкубационный период COVID-2019 сейчас считается равным периоду от 2 до 14 дней. Кроме того, если число антител G небольшое, то иммунитет может оказаться не стойким, и выздоровевший человек, с отрицательными тестами, может заболеть повторно.
Показатель R0 для коронавируса, то есть количество человек, которое может заразить один заболевший, если ни у кого нет иммунитета к инфекции, составляет 1,5–6,5. Примерно 25 % случаев заболевания протекают тяжело. При этом лишь треть заразившихся имеют клиническую симптоматику, то есть две трети зараженных вирусом никак этого не ощущают и чувствуют себя здоровыми. При этом они являются носителями и могут заражать других людей.
Откуда взялся вирус SARS-CoV-2