В нескольких других вопросах царь затронул фигуру Никона, бывшего патриарха, инициировавшего изменение обрядов и литургических текстов в соответствии с новыми правилами. Царя интересовала связь Разина и опального Никона, и особенно — возможная поддержка Никоном крестьянского восстания.

Признаки потенциальной вовлеченности Никона в крестьянское движение лежали на поверхности. Во время основных событий крестьянской войны Разин и его окружение пустили слух о присоединении свергнутого патриарха к восставшим. Самозванец, выдававший себя за Никона, сопровождал Разина в походе наряду с «чудом оставшимся в живых наследником престола», лже-Алексеем, и представлялся восставшим символом правомерности их выступления против боярства и клики церковников.

Царские вопросы имели целью определить степень участия бывшего патриарха в восстании и выяснить причины обращения Разина к образу опального священника. «За что Никона хвалил, а нынешнева [патриарха Иоасафа. — Прим. автора] бесчестил?» — звучал один из царских вопросов. «За что вселенских [патриархов. — Прим. автора] хотел побить, что они по правде извергли Никона?» — этот вопрос царя отсылал к событиям Большого Московского собора 1666–1667 годов. Тогда в Москву приехали Александрийский патриарх Паисий и Антиохийский патриарх Макарий III для решения вопроса о низвержении Никона с патриаршего престола. По всей видимости, Разин угрожал патриархам за их участие в отстранении Никона от церковных дел.

Следующие вопросы звучали уже более конкретно: «И старец Сергий от Никона по зиме нынешней прешедшей приезжал ли?» Во время допросов Разин подтвердил прибытие под Симбирск, в расположение восставших, некоего старца с наказом идти вверх по Волге навстречу Никону. Однако правдивость этих слов вызывает сомнения. Никон не обладал ни властными, ни человеческими ресурсами, чтобы выступить из северного Ферапонтова монастыря на подмогу мятежным отрядам Разина. В свою очередь уже после подавления восстания Никон поведал о визите к нему в далекую северную обитель трех казаков, которые звали его завладеть казной и оружием Кириллова монастыря и отправиться походом на Волгу. Этому сообщению также нельзя полностью доверять — Никон мог выдумать этот эпизод ради того, чтобы показать свою непричастность к мятежу и тем самым повысить лояльность власти к себе.

Другие царские вопросы касались судьбы пленных после возвращения казаков из Каспийского похода, рассылки «прелестных грамот» в корельской земле, кабардинского князя Капсулата и его неготовности присоединяться к восставшим, семейной жизни Степана Разина.

6 (16) июня 1671 года на Красной площади Степану и Фролу Разиным зачитали приговор. В обвинительном документе перечислялись все основные злодеяния Разина, начиная с похода «за зипунами» и заканчивая неудачным штурмом симбирской крепости. В хронологическом порядке были приведены преступления, совершенные Разиным и его отрядами в Царицыне, Астрахани, Саратове, Самаре, под Симбирском. Приговор пестрел перечислением убийств и издевательств над воеводами Семеном Беклемишевым, Иваном Прозоровским, Иваном Хвостовым, Тимофеем Тургеневым, Иваном Сергиевским и многими другими воеводами, стрелецкими головами и иными военными чинами.

Масштабная рассылка «прелестных писем» в приговоре была отмечена несколько раз. При этом указывалось на их распространение не только среди жителей районов, охваченных восстанием, но и среди служилых людей царских войск: «Да ты ж вор и богоотступник, и единомышленники твои писали воровские многие письма в полки боярина и воеводы князя Юрья Алексеевича Долгоруково с товарыщи к ратным людем, хотя привесть на прелесть и на измену многих людей».

В приговоре нашел отражение и эпизод о поддержке восстания «оставшимся в живых царевичем Алексеем Алексеевичем»:

История участия в рядах восставших свергнутого патриарха Никона также получила закрепление в приговоре как одно из злодеяний: «Да ты ж, вор, вмещал всяким людем на прелесть, бутто с тобою Никон манах, и тем прельщал всяких людей. А Никон манах по указу великого государя по суду святейших вселенских патриарх и всего Освященного престола послан на Белоозеро в Ферапонтов монастырь, и ныне в том монастыре».

Наиболее страшным по тем временам преступлением, вмененным Степану Разину и его брату Фролу, стало вероотступничество и наведение хулы на Церковь:

Такой набор злодеяний в рамках свода законов государства — Соборного уложения 1649 года — карался смертной казнью. Приговор завершался логичным для того времени выводом о виновности братьев Разиных и назначении высшей меры наказания: «И за такие ваши злые и мерские пред господем богом дела и к великому государю царю и великому князю Алексею Михайловичю за измену и ко всему Московскому государству за разоренье по указу великого государя бояре приговорили казнить злою смертью — четвертовать».

После оглашения приговора наказание было приведено в исполнение. При виде казни Степана его брат Фрол не выдержал и прокричал «слово и дело государево». Это означало, что ему были известны обстоятельства государственной важности, о которых он готов доложить. По бытовавшим тогда правилам его должны были доставить в сыскное ведомство и тщательно допросить. Такая уловка позволила Фролу на несколько лет отсрочить наказание. После казни останки Степана Разина были насажены на колья и выставлены на Болотной площади «до исчезнутия» (впрочем, еще в 1676 году их можно было увидеть).

Восстание было жестоко подавлено. Последним городом, находившимся в руках мятежников, стала Астрахань. Город пал после продолжительной осады только к декабрю 1671 года, спустя полгода после смерти предводителя восстания.

В память о Степане Разине в народном творчестве сохранился цикл песен, в которых отражены удалые походы атамана и горечь от его пленения. Одну из них, вошедшую в число народных, по преданию написал сам Разин углем на стене темницы: