Повесть начинается в 1922 году, когда белые офицеры, бежавшие из Европы, вступают в контакт с местными тойонами и начинают формировать антибольшевистские отряды. Якуты, привлеченные обещаниями золота и свободы, присоединяются к этим отрядам, не подозревая, что становятся инструментами в руках своих эксплуататоров.
Основной герой повести, молодой якут по имени Иннокентий, вступает в ряды белых, идя против своих собратьев. Он участвует в ряде боевых действий, видит много крови и страданий, но постепенно начинает задумываться о справедливости своего выбора.
События повести развиваются быстро, и Иннокентий понимает, что его истинные враги не в лице красных повстанцев, а в лице тойонов, которые использовали их как пушечное мясо в своих играх власти и богатства.
Иннокентий решает изменить свою судьбу и переходит на сторону красных повстанцев, борясь за свободу своего народа и за равноправие всех людей. В этом борении он находит новых друзей и становится символом пробуждения классового самосознания якутского народа.
Повесть "В тайге стреляют" рассказывает о том, как в условиях гражданской войны люди могут изменить свое мировоззрение, осознать свои ошибки и бороться за справедливость и свободу.