Действия книги «Deus Ex: Чёрный свет» разворачиваются в 2029 году, в мире, который был перевернут в результате ужасающего «Панхейского инцидента». Главный герой, Адам Дженсен, бывший полицейский и глава службы безопасности корпорации, сам является аугментированным человеком и борется за понимание произошедших событий и восстановление своей жизни.
Теневые воротилы, ответственные за «Панхейский инцидент», вновь начинают манипулировать событиями с помощью террора и запугивания. Для того чтобы разобраться в том, что произошло, и найти тех, кто стоит за этими ужасами, Дженсен должен вернуться в прошлое и восстановить связи со старыми союзниками.
Но в мире, где все насыщено секретами и заговорами, правда может быть опасной и трудно принесена в свет. Дженсену придется рисковать всем, чтобы раскрыть правду и найти тех, кто стоит за всем происходящим.